PDB-6ndr: Crystal structure of dTDP-6-deoxy-D-glucose-3,5-epimerase RmlC fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ndr

タイトル

Crystal structure of dTDP-6-deoxy-D-glucose-3,5-epimerase RmlC from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with dTDP-4-KETO-L-RHAMNOSE

要素

dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / SSGCID / dTDP-4-dehydrorhamnose 3 / 5-epimerase / dTDP-6-deoxy-D-glucose-3 / RmlC / lpg0756 / Legionella pneumophila / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / : / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of dTDP-6-deoxy-D-glucose-3,5-epimerase RmlC from Legionella pneumophila Philadelphia 1 in complex with dTDP-4-KETO-L-RHAMNOSE
著者: Abendroth, J. / Schulze, M.-S. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年12月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ndr.cif.gz	187.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ndr.ent.gz	146.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ndr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6ndr_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ndr_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6ndr_validation.xml.gz	22.4 KB	表示
CIF形式データ	6ndr_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6ndr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6ndr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2ixiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cho-d 6cck-d 6chn-d 2v7m-d 1gn8-d 6c46-1 5ts2-3 4ktw-d 6chp-d 1xiy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LepnA.18372.a

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

B: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

ヘテロ分子

46.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.380, 46.160, 102.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.290, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase 分子量: 22442.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 (バクテリア) 遺伝子: lpg0756 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5ZXH5
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-TDO / DTDP-4-KETO-L-RHAMNOSE / dTDP-4-ケトラムノ-ス分子量: 546.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₄N₂O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化	温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Microlytic MCSG1 screen, condition E4: 200mM Lithium sulfate, 25% PEG 3350, 100mM Tris base / HCl pH 8.5: LepnA.18372.a.B1.PW38444 at 17.2mg/ml. Cryo: 20% EG: tray: 300303e4g8: puck uhg9-6.

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月26日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→47.202 Å / Num. obs: 57363 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 4.036 % / B_iso Wilson estimate: 26.104 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.03 / R_rim(I) all: 0.033 / Χ²: 1.007 / Net I/σ(I): 24.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	2.835	0.359	3.02	3853	0.896	0.442	88.9
1.64-1.69	2.906	0.285	3.82	3837	0.919	0.349	91.1
1.69-1.74	2.986	0.218	4.99	3822	0.951	0.266	92.6
1.74-1.79	3.059	0.17	6.12	3785	0.973	0.206	94.5
1.79-1.85	3.148	0.138	7.68	3756	0.982	0.167	96.4
1.85-1.91	3.233	0.103	10.03	3655	0.992	0.123	97.8
1.91-1.98	3.32	0.083	12.51	3568	0.993	0.099	99.1
1.98-2.07	3.408	0.063	16.32	3495	0.996	0.074	99.7
2.07-2.16	3.517	0.052	20.94	3368	0.997	0.061	99.7
2.16-2.26	3.669	0.045	24.57	3199	0.997	0.053	99.3
2.26-2.39	3.9	0.04	28.2	3009	0.998	0.047	98.9
2.39-2.53	4.165	0.038	32.01	2859	0.999	0.043	99.3
2.53-2.7	4.52	0.033	36.37	2737	0.999	0.037	99.5
2.7-2.92	4.891	0.031	40.85	2495	0.999	0.034	100
2.92-3.2	5.644	0.028	47.85	2361	0.999	0.031	99.7
3.2-3.58	6.945	0.025	62.1	2112	0.999	0.027	99.8
3.58-4.13	7.307	0.022	68.87	1879	1	0.024	99.7
4.13-5.06	7.297	0.021	72.21	1603	1	0.023	99.8
5.06-7.16	7.185	0.023	69.04	1255	1	0.025	99.7
7.16-47.202	6.75	0.024	69.54	715	1	0.026	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
XDS		データ削減
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
MoRDa		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2ixi as per MorDa

2ixi

解像度: 1.6→47.202 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.17

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1763	1949	3.4 %	0
R_work	0.1505	-	-	-
obs	0.1514	57344	97.06 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 87.86 Å² / B_iso mean: 24.2081 Å² / B_iso min: 10.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→47.202 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3008	0	117	539	3664
B_iso mean	-	-	34.85	35.76	-
残基数	-	-	-	-	376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	3343
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.019	4571
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.821	2003
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	490
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	605

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.64	0.2255	109	0.2024	3591	3700	89
1.64-1.6844	0.2414	152	0.1888	3659	3811	91
1.6844-1.7339	0.2194	140	0.1791	3728	3868	93
1.7339-1.7899	0.2396	132	0.184	3837	3969	95
1.7899-1.8539	0.2172	130	0.1799	3943	4073	96
1.8539-1.9281	0.1928	141	0.1653	3976	4117	98
1.9281-2.0159	0.1926	160	0.155	4019	4179	100
2.0159-2.1221	0.1847	141	0.1553	4026	4167	100
2.1221-2.2551	0.1895	125	0.15	4089	4214	100
2.2551-2.4292	0.1839	160	0.1494	4023	4183	99
2.4292-2.6736	0.1629	121	0.1559	4077	4198	99
2.6736-3.0605	0.1856	143	0.1567	4096	4239	100
3.0605-3.8556	0.1605	138	0.1303	4120	4258	100
3.8556-47.2228	0.1435	157	0.1365	4211	4368	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.956	-0.4514	-0.522	2.718	0.7829	4.0268	0.1302	-0.0131	0.323	0.1777	0.1278	0.0163	-0.6182	-0.1035	-0.2566	0.1728	0.031	0.0284	0.0847	-0.0345	0.1659	17.2947	-2.3469	44.9281
2	2.5293	0.0719	1.0698	0.9672	-0.1757	3.4234	0.0648	0.3416	0.1333	-0.2006	-0.0322	0.0659	-0.6906	-0.0797	0.002	0.2811	0.0479	0.0024	0.119	0.0117	0.1857	18.1075	1.3693	27.2532
3	1.2976	0.4015	-0.2114	0.8294	-0.0434	2.0868	-0.0203	-0.0146	-0.0234	-0.0362	-0.0401	0.0024	0.0139	0.0418	0.0536	0.0781	0.0278	0.0056	0.1018	-0.0077	0.1316	22.3527	-14.9394	35.7426
4	1.1214	-0.0016	0.1767	0.7331	-0.4182	2.815	-0.0059	0.0222	0.0055	-0.0252	-0.0224	-0.0067	-0.0457	-0.158	0.0197	0.0747	0.0091	-0.0012	0.1003	-0.0049	0.1249	13.5788	-12.3452	40.612
5	0.5883	0.1378	-0.9059	0.5484	-0.5916	1.5593	-0.0538	-0.0006	-0.2034	-0.0978	-0.0158	0.0221	0.2662	-0.0601	0.0604	0.1486	-0.0094	-0.0094	0.1127	-0.0203	0.1826	20.8468	-21.5301	34.9641
6	1.5939	-0.2515	-0.1352	4.4783	0.7532	3.3522	0.04	0.081	-0.244	-0.1485	-0.1002	0.161	0.2966	-0.4161	0.0299	0.1115	-0.0712	0.0131	0.1738	-0.0332	0.2061	4.8269	-23.23	41.7625
7	6.6015	4.321	0.7948	7.5318	0.9423	0.9995	0.1003	-0.4458	-0.4755	0.1169	-0.1326	-0.3912	0.1514	-0.0264	-0.0179	0.1154	0.0021	0.0092	0.1329	0.032	0.1336	20.4315	-25.3795	52.0251
8	2.2698	0.2593	-1.4044	1.4724	-0.4725	3.2623	-0.1752	0.0856	-0.2056	-0.1217	0.025	0.0764	0.4249	-0.1326	0.2977	0.2025	0.012	0.0087	0.1144	-0.0275	0.1685	25.1054	-20.5328	17.1328
9	2.6734	0.9359	-0.0835	3.102	1.5176	5.8458	0.0012	0.1449	-0.2939	-0.0834	0.0166	-0.2706	0.2597	0.6138	-0.0457	0.1694	0.0437	0.0046	0.2554	0.0007	0.1773	35.4409	-15.7732	23.6232
10	1.0982	0.1697	-0.3227	0.8	-0.2186	2.3987	0.0115	0.0726	0.0416	-0.0376	-0.029	-0.0529	-0.1924	0.0214	0.0177	0.1633	0.0073	0.0053	0.129	0.0092	0.1223	26.1114	-5.6242	12.0741
11	0.1625	0.3145	-0.5885	0.6777	-0.8042	2.2434	0.0679	0.1232	0.1797	0.0549	-0.0501	-0.0098	-0.541	0.0644	0.0211	0.2657	-0.0014	0.0194	0.1515	0.0155	0.1908	27.546	0.6784	18.794
12	2.6889	0.369	-1.3873	4.779	0.9791	3.7663	0.1568	0.2624	0.2345	-0.1555	-0.1434	0.1252	-0.3984	-0.2361	-0.0528	0.2877	0.0787	0.0032	0.1724	0.0473	0.1339	21.665	2.4054	2.6199
13	9.2256	-2.1247	1.3722	5.3265	-1.3401	5.9901	0.0728	0.2966	0.154	0.1767	-0.2263	-0.2532	-0.3656	0.6514	0.1773	0.2523	-0.0764	0.0186	0.2433	0.0507	0.1299	38.5445	4.9688	6.053

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 11 )	A	0 - 11
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 12 through 31 )	A	12 - 31
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 32 through 70 )	A	32 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 71 through 125 )	A	71 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 126 through 145 )	A	126 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 146 through 169 )	A	146 - 169
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 170 through 187 )	A	170 - 187
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 0 through 31 )	B	0 - 31
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 32 through 46 )	B	32 - 46
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 47 through 125 )	B	47 - 125
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 126 through 145 )	B	126 - 145
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 146 through 169 )	B	146 - 169
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 170 through 187 )	B	170 - 187

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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