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- PDB-6ndp: Crystal structure of the dark-adapted full-length bacteriophytoch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ndp
タイトルCrystal structure of the dark-adapted full-length bacteriophytochrome XccBphP mutant L193Q from Xanthomonas campestris
要素Bacteriophytochrome
キーワードSIGNALING PROTEIN / PHOTORECEPTOR / BACTERIAL PROTEIN / PHOTOSENSOR / RED/FAR-RED LIGHT / PHYTOCHROME / SIGNAL TRANSDUCTION / PHYTOPATHOGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of visible light / photoreceptor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / PAS fold / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain ...: / PAS fold / Phytochrome / Phytochrome, PHY domain superfamily / PAS fold-2 / PAS fold / Phytochrome, central region / Phytochrome region / GAF domain / Phytochrome chromophore attachment domain / Phytochrome chromophore attachment site domain profile. / PAS domain / PAS domain / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BILIVERDINE IX ALPHA / Bacteriophytochrome
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas campestris pv. campestris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Otero, L.H. / Sirigu, S. / Klinke, S. / Rinaldi, J. / Conforte, V. / Malamud, F. / Goldbaum, F.A. / Chavas, L. / Bonomi, H.R.
資金援助 アルゼンチン, 1件
組織認可番号国
National Agency for the Promotion of Science and Technology of Argentina (ANPCyT)PICT 2016-1425 - National Agency for the Promotion of Science and Technology of Argentina (ANPCyT) アルゼンチン
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Pr-favoured variants of the bacteriophytochrome from the plant pathogen Xanthomonas campestris hint on light regulation of virulence-associated mechanisms.
著者: Conforte, V. / Otero, L.H. / Toum, L. / Sirigu, S. / Antelo, G.T. / Rinaldi, J. / Foscaldi, S. / Klinke, S. / Chavas, L.M.G. / Vojnov, A.A. / Goldbaum, F.A. / Malamud, F. / Bonomi, H.R.
履歴
登録2018年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月4日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rsym_value / _reflns_shell.pdbx_Rsym_value
改定 1.22021年6月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年11月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriophytochrome
B: Bacteriophytochrome
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,7284
ポリマ－142,5622
非ポリマー1,1652
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8860 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area51540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.220, 103.220, 344.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Bacteriophytochrome / BphP / XccBphP


分子量: 71281.141 Da / 分子数: 2 / 変異: L193Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. campestris (strain 8004) (バクテリア)
株: 8004 / 遺伝子: bphP, XC_4241 / プラスミド: PET-24A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 参照: UniProt: A0A0H2XCS3
#2: 化合物 ChemComp-BLA / BILIVERDINE IX ALPHA / 19,24-ジヒドロ-1-ヒドロキシ-3,7,13,18-テトラメチル-2,17-ジビニル-19-オキソ-22H-ビリ(以下略)


分子量: 582.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H34N4O6
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 9% (w/v) PEG 4000, 100mM Tris pH 8.3, 200 mM sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月29日 / 詳細: KIRKPATRICK-BAEZ PAIR OF BI-MORPH MIRRORS
放射モノクロメーター: CHANNEL CUT CRYOGENICALLY COOLED MONOCROMATOR CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.89→50 Å / Num. obs: 17904 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 20 % / Biso Wilson estimate: 151.45 Å2 / Rsym value: 0.327 / Net I/σ(I): 8.52
反射 シェル解像度: 3.89→4.03 Å / 冗長度: 19 % / Mean I/σ(I) obs: 1.04 / Num. unique obs: 1710 / Rsym value: 0.3116 / % possible all: 97.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AKP

5akp


解像度: 3.89→49.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.756
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 895 5 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.216 17904 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 212.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6734 Å20 Å20 Å2
2---4.6734 Å20 Å2
3---9.3468 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.89→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9321 0 86 0 9407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.019626HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2113133HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4419SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes228HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1482HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9626HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.76
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion4.14
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1238SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact11413SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.89→4.13 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2465 138 4.99 %
Rwork0.2388 2628 -
all0.2392 2766 -
obs--97.67 %
精密化 TLS

T12: -0.152 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72050.6894-0.15081.8032-1.42943.5230.1997-0.1327-0.1318-0.0963-0.2046-0.31980.20720.54420.0049-0.10510.0022-0.13660.0114-0.186130.643566.0877-6.4001
21.59080.5998-2.05381.3848-1.19554.93350.2243-0.07070.25470.22550.09570.3034-0.3312-0.418-0.32-0.24910.0451-0.152-0.152-0.15087.427366.1757-8.903
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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