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万見
- PDB-6ndl: Crystal structure of Staphylococcus aureus biotin protein ligase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ndl
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus biotin protein ligase in complex with a sulfonamide inhibitor
要素Biotin Protein Ligaseビオチン
キーワードLIGASE/LIGASE INHIBITOR / BPL inhibitor / sulfonamide analogue / amino sulfonylurea / antibiotic (抗生物質) / LIGASE (リガーゼ) / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase / biotin-[acetyl-CoA-carboxylase] ligase activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Bifunctional ligase/repressor BirA / Helix-turn-helix, type 11 / HTH domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Transcriptional repressor, C-terminal / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Bifunctional ligase/repressor BirA / Helix-turn-helix, type 11 / HTH domain / Biotin--acetyl-CoA-carboxylase ligase / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) catalytic domain profile. / Biotin/lipoate A/B protein ligase family / Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL), catalytic domain / Transcriptional repressor, C-terminal / SH3 type barrels. - #100 / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / SH3 type barrels. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BQX / Bifunctional ligase/repressor BirA
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Marshall, A.C. / Polyak, S.W. / Bruning, J.B. / Lee, K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Sulfonamide-Based Inhibitors of Biotin Protein Ligase as New Antibiotic Leads.
著者: Lee, K.J. / Tieu, W. / Blanco-Rodriguez, B. / Paparella, A.S. / Yu, J. / Hayes, A. / Feng, J. / Marshall, A.C. / Noll, B. / Milne, R. / Cini, D. / Wilce, M.C.J. / Booker, G.W. / Bruning, J.B. ...著者: Lee, K.J. / Tieu, W. / Blanco-Rodriguez, B. / Paparella, A.S. / Yu, J. / Hayes, A. / Feng, J. / Marshall, A.C. / Noll, B. / Milne, R. / Cini, D. / Wilce, M.C.J. / Booker, G.W. / Bruning, J.B. / Polyak, S.W. / Abell, A.D.
履歴
登録2018年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Biotin Protein Ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0597
ポリマ－38,0721
非ポリマー9876
水8,359464
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: homology, Biological dimer is formed with symmetry-mate
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.031, 94.031, 130.977
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-754-

HOH

21A-961-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Biotin Protein Ligase / ビオチン


分子量: 38071.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q2G258*PLUS, biotin-[biotin carboxyl-carrier protein] ligase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-BQX / 1-[4-(6-aminopurin-9-yl)butylsulfamoyl]-3-[4-[(4~{S})-2-oxidanylidene-1,3,3~{a},4,6,6~{a}-hexahydrothieno[3,4-d]imidazol-4-yl]butyl]urea


分子量: 526.636 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30N10O4S2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 464 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.65 % / 解説: square rod
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 14% PEG8000, 0.1M Tris pH 8.5, 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月7日 / 詳細: Ce-/Nd-doped Yttrium Aluminium Garnet (YAG) crystal
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.66 Å / Num. obs: 40406 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 28.4 % / Biso Wilson estimate: 52.77 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 16.1 / Num. measured all: 1149362
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2-2.0529.56.7298617329190.2041.2446.8440.7100
8.94-46.6621.70.0361166753710.0070.03661.398.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.57 Å46.66 Å
Translation6.57 Å46.66 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6APW

6apw


解像度: 2→46.657 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2218 2028 5.03 %
Rwork0.1699 38312 -
obs0.1726 40340 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 156.47 Å2 / Biso mean: 71.2871 Å2 / Biso min: 32.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→46.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2610 0 100 464 3174
Biso mean--76.59 85.98 -
残基数----323
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0001-2.05010.37571420.363726882830100
2.0501-2.10550.39481250.343826832808100
2.1055-2.16750.31661530.295526812834100
2.1675-2.23740.32521460.279627012847100
2.2374-2.31740.31251540.259626782832100
2.3174-2.41020.28871500.231727052855100
2.4102-2.51990.28461550.209127052860100
2.5199-2.65270.24711220.190627252847100
2.6527-2.81890.24291390.185327302869100
2.8189-3.03650.2351120.188627692881100
3.0365-3.3420.21711580.163327412899100
3.342-3.82540.22171510.149227572908100
3.8254-4.81880.18531540.129327962950100
4.8188-46.670.19831670.15732953312099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.678-0.776-3.80425.9632.87037.70940.155-0.22610.4307-0.05630.0997-0.459-0.0874-0.167-0.23420.53550.18240.08240.63550.11390.526124.628924.459746.3907
22.56290.4137-0.49244.8954-0.13493.60330.05760.1170.38630.02950.22960.2082-0.5447-0.1616-0.28610.32610.02740.04710.46610.08610.381342.387417.627922.2486
33.72560.6918-1.55253.7387-0.29677.3718-0.00160.64650.4882-0.5690.36030.6747-0.6468-0.8455-0.35750.50560.0299-0.0530.60730.20.544539.081118.369410.1123
42.57332.7436-4.31848.5338-2.68068.7303-0.14420.5831-0.0558-0.60850.2499-0.5510.05520.2153-0.04620.7408-0.15240.10440.8117-0.01020.47752.727716.4037-0.7987
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 62 )A2 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 240 )A63 - 240
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 241 through 288 )A241 - 288
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 289 through 324 )A289 - 324

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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