PDB-6nd3: wild-type choline TMA lyase in complex with betaine aldehyde

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nd3

タイトル

wild-type choline TMA lyase in complex with betaine aldehyde

要素

Choline trimethylamine-lyase

キーワード

LYASE / radical / barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

choline trimethylamine-lyase / choline trimethylamine lyase activity / carbon-nitrogen lyase activity / choline catabolic process / choline binding / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfovibrio alaskensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.364 Å

データ登録者

Funk, M.A. / Drennan, C.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Structure-Guided Identification of a Small Molecule That Inhibits Anaerobic Choline Metabolism by Human Gut Bacteria.
著者: Orman, M. / Bodea, S. / Funk, M.A. / Campo, A.M. / Bollenbach, M. / Drennan, C.L. / Balskus, E.P.

履歴

登録	2018年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nd3.cif.gz	2.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nd3.ent.gz	2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nd3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6nd3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nd/6nd3	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5fauS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5fau-2 4mtj-d 5a0u-2 5a0u-5 6xs4-d 5fau-1 1r8w-d 5a0u-6 1r9d-d 5a0u-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Choline trimethylamine-lyase

B: Choline trimethylamine-lyase

C: Choline trimethylamine-lyase

D: Choline trimethylamine-lyase

E: Choline trimethylamine-lyase

F: Choline trimethylamine-lyase

G: Choline trimethylamine-lyase

H: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

761 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Choline trimethylamine-lyase

C: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
190 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Choline trimethylamine-lyase

D: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

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190 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Choline trimethylamine-lyase

G: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

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190 kDa, 2 ポリマー
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4

F: Choline trimethylamine-lyase

H: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
190 kDa, 2 ポリマー
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5

A: Choline trimethylamine-lyase

B: Choline trimethylamine-lyase

C: Choline trimethylamine-lyase

D: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
380 kDa, 4 ポリマー
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6

E: Choline trimethylamine-lyase

F: Choline trimethylamine-lyase

G: Choline trimethylamine-lyase

H: Choline trimethylamine-lyase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
380 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.218, 234.700, 159.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.04, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Choline trimethylamine-lyase / Choline TMA-lyase / Choline utilization protein C / Glycyl radical enzyme CutC / GRE CutC 分子量: 95002.961 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio alaskensis (strain G20) (バクテリア) 株: G20 / 遺伝子: cutC, Dde_3282 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q30W70, choline trimethylamine-lyase
#2: 化合物	ChemComp-BTL / BETAINE ALDEHYDE / [FORMYLMETHYL]TRIMETHYL-AMMONIUM / N,N,N-TRIMETHYL AMMONIUM ACETALDEHYDE / ベタインアルデヒド分子量: 102.155 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂NO
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.5 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 16-19% PEG 8000, 0.2-0.4 M LiCl, and 0.1 M Tris pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 293583 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.79 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5FAU

5fau

解像度: 2.364→49.73 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.43

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2157	8775	2.99 %	random
R_work	0.1858	-	-	-
obs	0.1867	293033	98.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.364→49.73 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	50188	0	0	1813	52001

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	51470
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.544	69768
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.299	30950
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	7502
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	9078

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3638-2.3906	0.3513	231	0.2796	7670	X-RAY DIFFRACTION	80
2.3906-2.4188	0.3041	298	0.2732	9459	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4188-2.4483	0.296	293	0.2723	9625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4483-2.4793	0.308	286	0.2709	9460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4793-2.5119	0.2888	298	0.2584	9518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5119-2.5463	0.2699	273	0.2489	9531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5463-2.5827	0.2762	304	0.2503	9546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5827-2.6212	0.2882	293	0.2476	9576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6212-2.6622	0.2666	288	0.2419	9488	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6622-2.7058	0.2647	304	0.2361	9544	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7058-2.7525	0.2688	276	0.2379	9568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7525-2.8025	0.2627	294	0.2275	9472	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8025-2.8564	0.2815	301	0.2379	9515	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8564-2.9147	0.27	316	0.2204	9504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9147-2.9781	0.2547	292	0.2139	9538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9781-3.0473	0.2458	293	0.2136	9554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0473-3.1235	0.2413	280	0.218	9573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1235-3.208	0.2805	281	0.2182	9557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.208-3.3024	0.2368	291	0.218	9598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3024-3.4089	0.2494	316	0.2067	9491	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4089-3.5307	0.2269	337	0.1931	9476	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5307-3.6721	0.2202	278	0.1798	9472	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6721-3.8391	0.1817	306	0.1668	9515	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8391-4.0414	0.1747	285	0.1563	9631	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0414-4.2945	0.1782	319	0.1405	9555	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2945-4.6259	0.1729	278	0.1439	9600	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6259-5.091	0.1604	289	0.144	9578	X-RAY DIFFRACTION	100
5.091-5.8267	0.1847	285	0.158	9550	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8267-7.3372	0.1869	320	0.1662	9581	X-RAY DIFFRACTION	100
7.3372-49.7412	0.1667	270	0.1378	9513	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8382	0.1037	-0.0923	1.3151	0.7336	0.7489	0.0914	0.3109	-0.1552	-0.6395	-0.116	0.6136	-0.4756	-0.3959	0.1375	-0.0167	-0.0229	-0.1461	0.4567	-0.1349	0.4714	82.0599	-36.8776	129.9273
2	1.1271	0.1982	-0.669	1.8167	0.3722	1.0656	0.2064	0.1142	0.11	-0.3939	-0.0997	0.2268	-0.3821	-0.1738	-0.0423	0.4755	0.0866	-0.0904	0.4742	-0.0002	0.3657	91.6954	-21.054	120.1297
3	0.4175	0.4487	-0.2927	2.2273	0.0765	0.2134	0.1116	-0.0587	-0.1187	0.3772	-0.0877	0.1084	-0.0779	-0.0464	-0.048	0.2446	-0.0013	0.0259	0.4054	-0.0244	0.2895	92.9019	-33.0587	146.5915
4	0.7256	-0.1692	-0.5777	1.6052	0.3254	1.0024	-0.018	0.0748	-0.3374	-0.0174	-0.0316	0.1739	0.0763	-0.096	0.017	0.1819	-0.0345	-0.0472	0.4038	-0.0434	0.4295	96.4737	-51.4548	134.5512
5	0.612	-0.1393	-0.7898	1.1743	0.0585	2.3147	0.1144	0.1406	-0.0209	-0.5901	-0.0177	-0.0945	-0.1879	0.1807	-0.0624	0.4445	-0.0417	0.0273	0.4253	-0.0462	0.2828	111.0752	-30.6666	116.5664
6	1.3498	-0.3698	-0.3073	1.4991	0.5997	2.1756	0.094	0.3071	-0.2139	-0.7499	-0.0084	-0.0614	0.0386	-0.0425	-0.0712	0.6805	-0.0471	0.0439	0.5164	-0.0757	0.4171	113.1706	-40.7507	104.9737
7	2.4781	-0.1379	0.2676	2.8698	-1.1496	1.2576	0.0449	0.3235	-0.368	-0.6206	0.1477	0.3747	0.2055	-0.234	-0.1418	0.5218	-0.045	-0.0734	0.5684	-0.1501	0.5431	101.6473	-55.8578	113.6191
8	0.7205	0.2929	0.4078	0.4148	-0.2207	0.6306	-0.1366	-0.4463	0.044	0.7078	0.2802	-0.8002	-0.0894	0.5528	-0.1163	0.5723	-0.0692	-0.3002	0.5733	-0.2049	0.6084	149.7913	-9.3053	179.3614
9	1.2146	0.2087	0.9089	1.4873	0.1856	0.7382	0.0777	-0.2316	0.0791	-0.0393	0.1334	-0.6084	0.0838	0.1756	-0.0694	0.3218	-0.0658	-0.0635	0.5382	-0.1904	0.8237	156.2837	-12.2023	160.0672
10	0.5331	0.0275	-0.1187	1.1166	0.6062	0.9858	0.0338	-0.1875	-0.1646	0.5472	-0.0056	-0.2345	-0.0017	0.0459	-0.1471	0.4902	-0.019	-0.097	0.511	-0.038	0.4366	131.9675	-18.2739	174.8151
11	0.4681	-0.1085	0.0336	1.6046	0.249	0.7496	-0.026	-0.3803	0.2346	0.4892	0.1099	-0.2717	-0.2541	0.1729	0.0169	0.7891	-0.0216	-0.1019	0.6009	-0.1658	0.458	132.7238	3.947	180.1612
12	0.7828	-0.7662	-0.061	1.1181	0.5809	0.8757	0.0728	-0.0652	0.2704	-0.0946	0.1063	-0.5688	-0.3567	0.1735	-0.0533	0.4282	-0.1442	0.0244	0.3957	-0.1447	0.6295	144.4588	3.3142	150.1108
13	0.9906	-0.047	-0.3709	0.083	0.1179	0.6101	0.1051	-0.066	0.5216	-0.1399	0.1146	-0.695	-0.6393	0.2868	0.2244	0.7486	-0.2454	0.0963	0.4691	-0.1807	0.9006	148.5253	18.2729	150.5709
14	1.4186	-0.3859	-0.684	0.4507	0.4984	1.7305	-0.1322	-0.3522	0.4018	0.2362	0.203	-0.5359	-0.4517	0.257	-0.0717	0.8211	-0.1498	-0.115	0.5878	-0.2778	0.8503	143.8198	20.6994	170.6421
15	0.7611	0.367	-0.0104	3.6797	0.3027	0.2979	0.0499	0.0377	0.1347	-0.6047	-0.0181	0.2947	-0.3496	-0.1145	-0.0449	0.5697	0.0258	-0.0032	0.4626	0.0194	0.3389	92.6738	12.7678	128.8821
16	1.4205	0.4293	0.2454	3.8697	-0.3355	3.1951	-0.0478	0.0963	0.0382	-0.1888	-0.0355	0.3864	0.3372	-0.3853	0.0268	0.2873	-0.0198	0.0517	0.3983	-0.0433	0.4035	85.8803	-3.6541	139.8389
17	0.4217	0.0721	-0.223	2.2896	0.4487	0.2202	0.052	0.0923	0.0013	-0.431	0.0664	-0.2401	-0.16	0.0913	-0.0994	0.5575	-0.0612	0.1481	0.5017	-0.0225	0.3459	110.1966	3.0936	125.5282
18	0.4529	0.1443	-0.0482	1.7799	0.0052	0.7302	0.0848	0.1204	0.2077	-0.2203	0.0535	-0.1195	-0.2983	0.0383	-0.1305	0.5418	-0.0443	0.1708	0.3948	-0.0189	0.3849	109.3378	22.1612	138.2202
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精密化 TLSグループ

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30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'E' and (resid 162 through 207 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'E' and (resid 208 through 284 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'E' and (resid 285 through 504 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'E' and (resid 505 through 625 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'E' and (resid 626 through 736 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'E' and (resid 737 through 846 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'F' and (resid 53 through 161 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'F' and (resid 162 through 207 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'F' and (resid 208 through 284 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'F' and (resid 285 through 504 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'F' and (resid 505 through 665 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'F' and (resid 666 through 846 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'G' and (resid 52 through 161 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'G' and (resid 162 through 207 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'G' and (resid 208 through 284 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'G' and (resid 285 through 504 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'G' and (resid 505 through 625 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'G' and (resid 626 through 736 )
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50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'H' and (resid 162 through 207 )
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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