PDB-6nc4: FtsY-NG high-resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nc4

タイトル

FtsY-NG high-resolution

要素

Signal recognition particle receptor FtsY

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / FtsY / SRP / Signal recognition particle receptor / SR

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle binding / signal-recognition-particle GTPase / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / stringent response / protein targeting / cytoplasmic side of plasma membrane / GTPase activity / GTP binding / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Ataide, S.F. / Faoro, C.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the G-loop dynamics of E. coli FtsY NG domain.
著者: Faoro, C. / Ataide, S.F.

履歴

登録	2018年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.2	2020年3月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nc4.cif.gz	375.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nc4.ent.gz	310.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nc4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nc4_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nc4_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6nc4_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	6nc4_validation.cif.gz	42.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6nc4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/6nc4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n5iC 6n5jC 6n6nC 6n9bC 6nc1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n9b-1 6n5i-2 5niy-d 6n5j-2 1j8m-d 6nc1-1 6l93-5 3fyd-d 6nc1-2 7l5d-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#135 - 2011年3月インテグラーゼ (Integrase) 類似性 (1) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Signal recognition particle receptor FtsY

B: Signal recognition particle receptor FtsY

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Signal recognition particle receptor FtsY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Signal recognition particle receptor FtsY

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
34.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.817, 75.905, 108.403
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.39, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Signal recognition particle receptor FtsY / SRP receptor 分子量: 33101.043 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: ftsY, b3464, JW3429 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P10121

-
非ポリマー , 6種, 487分子

#2: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NH4 / AMMONIUM ION / アンモニウム分子量: 18.038 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄N
#5: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.05 %
結晶化	温度: 297.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 6.6 , 190 mM Ammonium Acetate, 22% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→44.06 Å / Num. obs: 74276 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.01454 / R_pim(I) all: 0.01454 / R_rim(I) all: 0.02056 / Net I/σ(I): 15.92
反射シェル	解像度: 1.6→1.6 Å / R_merge(I) obs: 0.1109 / CC_1/2: 0.97 / R_pim(I) all: 0.1109 / R_rim(I) all: 0.1568

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→44.059 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.46

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1887	3741	5.04 %
R_work	0.1585	-	-
obs	0.1601	74261	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.059 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4650	0	118	456	5224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4850
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.031	6542
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.615	2936
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.059	758
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	844

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6203	0.2499	114	0.1927	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6203-1.6416	0.2148	147	0.1884	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6416-1.6641	0.219	137	0.1859	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6641-1.6878	0.2377	168	0.178	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6878-1.713	0.2393	138	0.1823	2605	X-RAY DIFFRACTION	100
1.713-1.7398	0.2063	166	0.1721	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7398-1.7683	0.2099	158	0.1759	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7683-1.7988	0.2104	118	0.1745	2600	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7988-1.8315	0.213	149	0.1691	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8315-1.8668	0.1776	147	0.1716	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8668-1.9049	0.2149	118	0.1627	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9049-1.9463	0.205	126	0.1666	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9463-1.9916	0.1841	125	0.1641	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9916-2.0414	0.2128	128	0.1652	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0414-2.0966	0.1841	131	0.1586	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0966-2.1582	0.2054	136	0.1571	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1582-2.2279	0.2026	124	0.1569	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2279-2.3075	0.2121	135	0.1532	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3075-2.3999	0.1935	142	0.1548	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3999-2.5091	0.1724	149	0.1582	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5091-2.6414	0.1776	136	0.1568	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6414-2.8069	0.1886	134	0.1555	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8069-3.0235	0.1926	131	0.1656	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0235-3.3277	0.1876	150	0.1585	2619	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3277-3.809	0.1663	147	0.1431	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.809-4.798	0.1498	127	0.1307	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.798-44.0756	0.1962	160	0.1755	2683	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 3.9921 Å / Origin y: -14.0214 Å / Origin z: 26.4033 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1134 Å²	-0.0127 Å²	-0.0269 Å²	-	0.1504 Å²	0.0067 Å²	-	-	0.1196 Å²
L	0.1461 °²	-0.0805 °²	-0.1512 °²	-	0.8348 °²	0.2313 °²	-	-	0.1934 °²
S	0.0194 Å °	0.0186 Å °	0.021 Å °	0.018 Å °	-0.0107 Å °	-0.0249 Å °	-0.0196 Å °	-0.0138 Å °	-0.0127 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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