PDB-6nbm: CRYSTAL STRUCTURE OF ENOLASE FROM LEGIONELLA PNEUMOPHILA BOUND TO...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6nbm

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF ENOLASE FROM LEGIONELLA PNEUMOPHILA BOUND TO PHOSPHATE AND MAGNESIUM

要素

Enolase

キーワード

LYASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / cell surface / magnesium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF ENOLASE FROM LEGIONELLA PNEUMOPHILA BOUND TO PHOSPHATE AND MAGNESIUM
著者: Davies, D.R. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Horanyi, P.S.

履歴

登録	2018年12月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年1月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6nbm.cif.gz	343.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6nbm.ent.gz	279.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6nbm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6nbm_validation.pdf.gz	436.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6nbm_full_validation.pdf.gz	437.4 KB	表示
XML形式データ	6nbm_validation.xml.gz	34.4 KB	表示
CIF形式データ	6nbm_validation.cif.gz	50.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/6nbm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6nb2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4ewj-d 5ohg-1 4z17-d 3cts-1 2pu0-1 1csi-1 1jcq-d 3e37-d 6bfy-3 1e9i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-LEPNA.01024.A.B1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Enolase

B: Enolase

ヘテロ分子

94.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.770, 116.770, 142.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Enolase / 2-phospho-D-glycerate hydro-lyase / 2-phosphoglycerate dehydratase 分子量: 47298.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア) 遺伝子: eno, C3927_09475 / プラスミド: LEPNA.01024.A.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2S6F4U1, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.18 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MORPHEUS H3 (50 MM IMIDAZOLE, 50 MM MES PH 6.5, 20 MM L-GLUTAMIC ACID, 20 MM ALANINE, 20 MM GLYCINE, 20 MM LYSINE;, 20 MM SERINE, 20% GLYCEROL, 10% PEG 4000, TRAY 297444H3 PUCK RLK3-10 PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月5日
放射	モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 77934 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.62 % / B_iso Wilson estimate: 33.76 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / R_merge(I) obs: 0.529 / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique obs: 31590 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	DEV_3318	精密化
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6NB2

6nb2

解像度: 1.9→45.19 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 19.72

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.195	4396	6.01 %
R_work	0.161	-	-
obs	0.163	73107	93.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6439	0	14	502	6955

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.3252	121	0.2949	2059	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9216-1.9442	0.3142	121	0.2631	1945	X-RAY DIFFRACTION	80
1.9442-1.9679	0.2921	124	0.2224	2026	X-RAY DIFFRACTION	84
1.9679-1.9928	0.239	146	0.206	2046	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9928-2.0191	0.2248	143	0.2062	2105	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0191-2.0467	0.2621	133	0.2054	2158	X-RAY DIFFRACTION	89
2.0467-2.076	0.2654	138	0.197	2135	X-RAY DIFFRACTION	89
2.076-2.1069	0.248	122	0.1912	2199	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1069-2.1399	0.2189	142	0.1836	2232	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1399-2.175	0.2314	145	0.1807	2233	X-RAY DIFFRACTION	93
2.175-2.2125	0.2289	147	0.1834	2182	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2125-2.2527	0.2569	139	0.1892	2258	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2527-2.296	0.2225	142	0.1765	2190	X-RAY DIFFRACTION	91
2.296-2.3429	0.2024	152	0.1598	2305	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3429-2.3938	0.219	139	0.1689	2321	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3938-2.4495	0.2016	144	0.1715	2313	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4495-2.5108	0.1921	147	0.1602	2369	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5108-2.5786	0.1961	132	0.1602	2359	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5786-2.6545	0.1967	173	0.1639	2340	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6545-2.7402	0.211	168	0.1648	2339	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7402-2.8381	0.1804	155	0.1552	2397	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8381-2.9517	0.1956	156	0.165	2406	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9517-3.086	0.1716	144	0.1629	2415	X-RAY DIFFRACTION	98
3.086-3.2487	0.1976	170	0.1577	2405	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2487-3.4521	0.2079	163	0.1611	2426	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4521-3.7186	0.1759	157	0.1485	2447	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7186-4.0926	0.1616	152	0.1323	2470	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0926-4.6842	0.1345	168	0.1216	2484	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6842-5.8996	0.1772	159	0.1425	2537	X-RAY DIFFRACTION	99
5.8996-45.2068	0.2006	154	0.1621	2610	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5689	0.1148	-0.2491	0.9852	0.011	0.7033	0.2322	0.1637	0.3106	-0.0395	-0.0204	0.0274	-0.8869	-0.2803	-0.0022	0.8513	0.2355	0.1855	0.1878	0.1055	0.4036	40.5374	38.9598	28.289
2	2.1228	0.0808	-1.4066	0.3991	-0.1083	2.1349	-0.036	0.1043	-0.0965	-0.009	0.0175	-0.0273	-0.0254	-0.0778	0.0168	0.254	0.0327	0.027	0.1285	0.0048	0.2185	47.9262	10.4839	18.0754
3	0.7215	-0.2448	-0.1503	1.0503	0.5331	0.2794	0.1202	0.324	0.2625	-0.1062	0.0479	-0.0548	-0.6765	-0.3283	-0.0563	0.5348	0.1564	0.091	0.2596	0.1062	0.3044	43.7023	29.7856	13.7264
4	4.0061	-1.4976	0.8319	2.8228	-0.818	0.5163	0.1304	0.3681	0.0952	-0.2015	0.0369	0.1858	-0.3874	-0.5141	-0.1143	0.3716	0.1817	0.0677	0.3379	0.0793	0.2461	31.2175	22.2061	22.5439
5	1.9113	-0.8402	0.0927	1.8941	-0.5565	0.2014	-0.0306	-0.0329	0.031	0.0041	0.1231	0.2165	-0.3824	-0.7797	0.0024	0.3431	0.2318	0.0385	0.5145	0.0778	0.2866	20.2228	17.9296	39.306
6	2.0276	-0.3387	-0.0186	0.7468	-0.2141	1.5519	0.0158	-0.055	0.0527	0.0745	0.0691	0.1016	-0.4354	-0.3653	-0.033	0.3415	0.1671	0.0839	0.2594	0.0513	0.2134	33.5754	20.9114	48.4134
7	1.2065	0.1918	-0.0591	1.2299	-0.8369	2.6702	0.0573	-0.2015	-0.1068	0.0873	0.0127	-0.0006	-0.0941	-0.0453	-0.0604	0.2108	0.083	0.0343	0.2272	0.0186	0.1847	42.5473	9.1042	60.5662
8	1.3754	-0.4249	-0.6467	1.0338	-0.424	0.9847	0.0645	-0.2395	0.203	0.1401	0.0726	-0.0075	-0.621	-0.1952	-0.0974	0.4469	0.1538	0.0692	0.2822	0.0055	0.2675	34.7646	25.5324	52.881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 6 THROUGH 158 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 159 THROUGH 310 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 311 THROUGH 380 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 381 THROUGH 428 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 79 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 80 THROUGH 221 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 222 THROUGH 350 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 351 THROUGH 428 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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