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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n9i | ||||||
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タイトル | Structure of the Quorum Quenching lactonase from Parageobacillus caldoxylosilyticus - free | ||||||
要素 | Putative hydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / lactonase / quorum sensing / thermophile / MLL / quorum quenching / AHL | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Parageobacillus caldoxylosilyticus NBRC 107762 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | ||||||
データ登録者 | Bergonzi, C. / Schwab, M. / Elias, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2019 タイトル: The Structural Determinants Accounting for the Broad Substrate Specificity of the Quorum Quenching Lactonase GcL. 著者: Bergonzi, C. / Schwab, M. / Naik, T. / Elias, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n9i.cif.gz | 413.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n9i.ent.gz | 336.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n9i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6n9i_validation.pdf.gz | 517.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6n9i_full_validation.pdf.gz | 538.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6n9i_validation.xml.gz | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6n9i_validation.cif.gz | 61.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n9i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n9/6n9i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 34378.914 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Parageobacillus caldoxylosilyticus NBRC 107762 (バクテリア) 遺伝子: GCA01S_030_00190 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A023DFE8 |
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-非ポリマー , 8種, 705分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-EDO / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PGE / #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Concentrated protein samples 10mg.mL-1, ammonium sulfate 1 to 2.25M, 0.1M sodium acetate. Diffraction quality crystals appeared after 1 d at 292 K PH範囲: 4.0 to 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03323 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.03323 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→63.93 Å / Num. obs: 602221 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.17 % / CC1/2: 0.1 / Rrim(I) all: 0.033 / Net I/σ(I): 26.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 4.15 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 23974 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.645 / % possible all: 99.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2r2d 解像度: 1.6→63.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 4.1 / SU ML: 0.06 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.224 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→63.93 Å
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拘束条件 |
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