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万見
- PDB-6n94: Methylmalonyl-CoA decarboxylase in complex with 2-nitronate-propi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n94
タイトルMethylmalonyl-CoA decarboxylase in complex with 2-nitronate-propionyl-amino(dethia)-CoA
要素Methylmalonyl-CoA decarboxylase
キーワードLYASE / crotonase / beta-keto / isostere
機能・相同性
機能・相同性情報


methyl/ethyl malonyl-CoA decarboxylase activity / 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離 / carboxy-lyase activity / fatty acid beta-oxidation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / : / Chem-KGJ / NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Methylmalonyl-CoA decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Stunkard, L.M. / Dixon, A.D. / Huth, T.J. / Lohman, J.R.
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Sulfonate/Nitro Bearing Methylmalonyl-Thioester Isosteres Applied to Methylmalonyl-CoA Decarboxylase Structure-Function Studies.
著者: Stunkard, L.M. / Dixon, A.D. / Huth, T.J. / Lohman, J.R.
履歴
登録2018年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
B: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
C: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
D: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
E: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
F: Methylmalonyl-CoA decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,61924
ポリマ－175,1436
非ポリマー8,47618
水33,0581835
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28560 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area51290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.046, 114.816, 193.732
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Methylmalonyl-CoA decarboxylase / MMCD / Transcarboxylase


分子量: 29190.557 Da / 分子数: 6 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: scpB, mmcD, ygfG, b2919, JW2886 / プラスミド: pRSF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P52045, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離

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非ポリマー , 8種, 1853分子

#2: 化合物
ChemComp-KGJ / [1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylamino]-1-oxidanylidene-propan-2-ylidene]-bis(oxidanidyl)azanium


分子量: 850.537 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H39N9O19P3
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1835 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.67 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 50 mM sodium chloride, 100 mM imidazole, 0.4 M Monosodium phosphate/1.6 M Dipotassium phosphate, 2% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月21日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 1422149 / Num. obs: 194971 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.135 / Rsym value: 0.125 / Χ2: 0.907 / Net I/av σ(I): 15.346 / Net I/σ(I): 5.2 / Num. measured all: 1422149
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 1.489 / Mean I/σ(I) obs: 1.312 / Num. unique obs: 9703 / Rsym value: 1.489 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0230位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6N92

6n92


解像度: 1.75→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / Matrix type: sparse / SU B: 2.31 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.0967 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.095
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1777 9164 5 %RANDOM
Rwork0.1457 ---
obs0.1473 175192 94.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.7 Å2 / Biso mean: 21.86 Å2 / Biso min: 5.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.75→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12246 0 550 1893 14689
Biso mean--40.1 34.19 -
残基数----1560
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.01313761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01712757
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8681.69318875
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5091.59729706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3651752
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65322.287717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.169152354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1451590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.21831
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022878
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.851.9976453
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8511.9976452
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7192.9868111
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.748-1.7930.2733690.25169311425251.2210.235
1.793-1.8420.2534710.23399761389775.1740.214
1.842-1.8950.2586510.222119681356293.0470.2
1.895-1.9530.2316500.205123211312998.7970.181
1.953-2.0160.2346050.19121511277699.8430.164
2.016-2.0860.2216540.179117071236499.9760.156
2.086-2.1640.1976050.167112861189299.9920.145
2.164-2.2510.1915700.15510962115321000.134
2.251-2.350.1865380.14110503110411000.123
2.35-2.4630.1885070.143100581056999.9620.126
2.463-2.5940.1845170.14895671008599.990.131
2.594-2.7480.1964710.1499088956599.9370.137
2.748-2.9340.1814220.1548586901299.9560.146
2.934-3.1640.1974220.1658002842599.9880.162
3.164-3.4570.2024230.1627359778699.9490.165
3.457-3.8510.1633460.1456726708399.8450.154
3.851-4.4190.1493100.1256005633599.6840.142
4.419-5.3470.132750.1135133542099.7790.137
5.347-7.3040.172180.1534124434499.9540.19
7.304-19.9680.1821380.1542627277699.6040.199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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