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万見
- PDB-6n8u: DRAFT model of Schistosoma japonicum Glutathione S-transferase ex... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n8u
タイトルDRAFT model of Schistosoma japonicum Glutathione S-transferase expression tag
要素Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
キーワードTRANSFERASE / expression tag / purification tag
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
類似検索 - 構成要素
生物種Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Tempel, W. / Dong, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: DRAFT model of Schistosoma japonicum Glutathione S-transferase expression tag
著者: Tempel, W. / Dong, C.
履歴
登録2018年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme
B: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6522
ポリマ－56,6522
非ポリマー00
水00
1
A: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme

B: Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6522
ポリマ－56,6522
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_457x-1/2,-y+1/2,-z+21
Buried area2750 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.917, 102.772, 48.788
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Glutathione S-transferase class-mu 26 kDa isozyme / GST 26 / Sj26 antigen / SjGST


分子量: 28326.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schistosoma japonicum (にほんじゅうけつきゅうちゅう)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08515, glutathione transferase
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→46.96 Å / Num. obs: 34664 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.121 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 227858 / Scaling rejects: 10
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.96-2.016.71.2391559323280.5340.5141.3431.398.9
8.98-46.965.80.05225364380.9990.0220.05637.499.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
Aimless0.7.3データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.96→46.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 5.024 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.167
詳細: solved by sad with SHELXD, PHASER, PARROT. automated model building with ARP/WARP. REFINEMENT with COOT, REFMAC, MOLPROBITY. Model is not fully refined. For example, ordered solvent has not been modeled.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2564 1711 4.9 %
Rwork0.2121 --
obs0.2142 32909 99.78 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 85.35 Å2 / Biso mean: 33.7 Å2 / Biso min: 18.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.73 Å20 Å2
3---1.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.96→46.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3489 0 0 0 3489
残基数----433
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0173309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6451.6524868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2441.5757683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.525431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.69922.655177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09715573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7581516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6083.4821730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6093.481729
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5765.2082159
LS精密化 シェル解像度: 1.96→2.01 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 100 -
Rwork0.296 2355 -
all-2455 -
obs--98.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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