[日本語] English
万見
- PDB-6n5z: Crystal structure of the SNX5 PX domain in complex with the Sema4C -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n5z
タイトルCrystal structure of the SNX5 PX domain in complex with the Sema4C
要素Sorting nexin-5,Semaphorin-4C
キーワードENDOCYTOSIS / sorting nexin / SNX / endosome
機能・相同性
機能・相同性情報


cell migration in hindbrain / retromer, tubulation complex / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / semaphorin receptor binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex ...cell migration in hindbrain / retromer, tubulation complex / epidermal growth factor catabolic process / pinocytosis / cytoplasmic side of early endosome membrane / tubular endosome / macropinocytic cup / semaphorin receptor binding / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / retromer complex / positive regulation of stress-activated MAPK cascade / chemorepellent activity / muscle cell differentiation / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / neural crest cell migration / negative chemotaxis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / brush border / semaphorin-plexin signaling pathway / dynactin binding / regulation of macroautophagy / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / D1 dopamine receptor binding / phagocytic cup / negative regulation of blood pressure / ruffle / phosphatidylinositol binding / axon guidance / cerebellum development / neural tube closure / intracellular protein transport / postsynaptic density membrane / cytoplasmic side of plasma membrane / synaptic vesicle membrane / endosome / postsynaptic density / positive regulation of cell migration / cadherin binding / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SNX5, PX domain / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Semaphorin / Phox-like domain / PX Domain / PX domain profile. / PX domain ...SNX5, PX domain / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Semaphorin / Phox-like domain / PX Domain / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Plexin repeat / Plexin repeat / Sema domain / semaphorin domain / Sema domain / Sema domain superfamily / Sema domain profile. / AH/BAR domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Semaphorin-4C / Sorting nexin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Collins, B. / Paul, B. / Weeratunga, S.
引用ジャーナル: Nat.Cell Biol. / 年: 2019
タイトル: Molecular identification of a BAR domain-containing coat complex for endosomal recycling of transmembrane proteins.
著者: Simonetti, B. / Paul, B. / Chaudhari, K. / Weeratunga, S. / Steinberg, F. / Gorla, M. / Heesom, K.J. / Bashaw, G.J. / Collins, B.M. / Cullen, P.J.
履歴
登録2018年11月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-5,Semaphorin-4C
B: Sorting nexin-5,Semaphorin-4C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6553
ポリマ－40,6202
非ポリマー351
水1,33374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.520, 87.698, 100.487
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Sorting nexin-5,Semaphorin-4C


分子量: 20309.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNX5, SEMA4C, KIAA1739, SEMAI, UNQ5855/PRO34487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y5X3, UniProt: Q9C0C4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1 M Tris (pH 8.0), 5% Cymal-7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→43.6 Å / Num. obs: 14370 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.45→2.55 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→43.596 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2736 1345 9.96 %
Rwork0.2248 --
obs0.2297 13501 93.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→43.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2581 0 1 74 2656
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092651
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3333592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.3461601
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01463
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4493-2.53690.35131200.29971058X-RAY DIFFRACTION83
2.5369-2.63840.36671270.29431100X-RAY DIFFRACTION86
2.6384-2.75850.37011150.27871128X-RAY DIFFRACTION89
2.7585-2.90390.30391300.25741173X-RAY DIFFRACTION91
2.9039-3.08580.3561330.27671215X-RAY DIFFRACTION95
3.0858-3.32390.3121390.26291255X-RAY DIFFRACTION97
3.3239-3.65830.26391380.22761244X-RAY DIFFRACTION96
3.6583-4.18730.25151430.20071283X-RAY DIFFRACTION98
4.1873-5.27410.23651440.1851302X-RAY DIFFRACTION99
5.2741-43.60250.24191560.20791398X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る