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- PDB-6n4d: The crystal structure of neuramindase from A/canine/IL/11613/2015... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n4d
タイトルThe crystal structure of neuramindase from A/canine/IL/11613/2015 (H3N2) influenza virus.
要素Neuraminidase
キーワードVIRAL PROTEIN / Neuraminidase / canine influenza virus
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Sialidase, Influenza viruses A/B / Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yang, H. / Stevens, J.
引用ジャーナル: J. Infect. Dis. / 年: 2017
タイトル: Assessment of Molecular, Antigenic, and Pathological Features of Canine Influenza A(H3N2) Viruses That Emerged in the United States.
著者: Pulit-Penaloza, J.A. / Simpson, N. / Yang, H. / Creager, H.M. / Jones, J. / Carney, P. / Belser, J.A. / Yang, G. / Chang, J. / Zeng, H. / Thor, S. / Jang, Y. / Killian, M.L. / Jenkins-Moore, ...著者: Pulit-Penaloza, J.A. / Simpson, N. / Yang, H. / Creager, H.M. / Jones, J. / Carney, P. / Belser, J.A. / Yang, G. / Chang, J. / Zeng, H. / Thor, S. / Jang, Y. / Killian, M.L. / Jenkins-Moore, M. / Janas-Martindale, A. / Dubovi, E. / Wentworth, D.E. / Stevens, J. / Tumpey, T.M. / Davis, C.T. / Maines, T.R.
履歴
登録2018年11月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_mod_residue / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
D: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,84820
ポリマ－174,8144
非ポリマー7,03516
水5,080282
1
A: Neuraminidase
D: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
D: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,84820
ポリマ－174,8144
非ポリマー7,03516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
Buried area22690 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area47780 Å2
手法PISA
2
B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
ヘテロ分子

B: Neuraminidase
C: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,84820
ポリマ－174,8144
非ポリマー7,03516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
Buried area22780 Å2
ΔGint10 kcal/mol
Surface area47700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.451, 110.562, 126.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _ / Auth seq-ID: 82 - 469 / Label seq-ID: 10 - 397

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Neuraminidase


分子量: 43703.434 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0H3YBU9

-
糖 , 3種, 12分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-f1_d2-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 286分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 282 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 0.2M Calcium acetate, 0.1M TrispH7.0, 20% (w/v) PEG3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 143267 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Net I/σ(I): 25
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.8→49.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.262 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23753 7193 5 %RANDOM
Rwork0.21002 ---
obs0.2114 136074 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.456 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----1.07 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→49.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12044 0 460 282 12786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01912888
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.0211400
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8471.95517580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.143326132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.72851556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.423.741588
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.668151956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.6051592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21956
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0214584
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.023100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.021.8596224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0191.8586223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1172.7767780
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.1162.7767781
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3912.1876664
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3912.1876664
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.643.1959801
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.23315.69414301
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.23715.66214247
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A237180.01
12B237180.01
21A237180.01
22C237180.01
31A237700.01
32D237700.01
41B237890
42C237890
51B237160.01
52D237160.01
61C237140.01
62D237140.01
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.319 478 -
Rwork0.293 9741 -
obs--96.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.57470.0136-0.04610.2448-0.00240.00770.0154-0.00940.2095-0.00940.01050.02830.0090.0032-0.0260.03640.00240.01920.0324-0.0080.1905-3.129927.3377-16.6817
20.33480.02260.07910.2928-0.01120.02410.0176-0.0318-0.03980.02760.0106-0.01540.0114-0.0056-0.02820.12680.0119-0.02390.0780.00760.0533-50.475728.2074-50.0278
30.2636-0.02550.01350.27930.07780.02910.0084-0.01930.01290.0310.0238-0.03950.00560.0164-0.03220.0744-0.0126-0.0080.1278-0.02430.0592-28.171360.0369-50.0286
40.2575-0.01750.00480.5616-0.05260.00970.01110.0058-0.03730.00480.01750.2021-0.0030.0121-0.02860.0115-0.00450.00820.0540.02050.1852-27.3151-3.1298-16.679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A82 - 469
2X-RAY DIFFRACTION1A501 - 510
3X-RAY DIFFRACTION2B82 - 469
4X-RAY DIFFRACTION2B501 - 510
5X-RAY DIFFRACTION3C82 - 469
6X-RAY DIFFRACTION3C501 - 510
7X-RAY DIFFRACTION4D82 - 469
8X-RAY DIFFRACTION4D501 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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