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- PDB-6n3z: Crystal structure of an epoxide hydrolase from Trichoderma reesei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n3z
タイトルCrystal structure of an epoxide hydrolase from Trichoderma reesei in complex with inhibitor 4
要素Epoxide hydrolase TrEH
キーワードHYDROLASE / epoxide hydrolase / Trichoderma reesei / inhibitor
機能・相同性epoxide hydrolase activity / Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / Chem-KC4 / Predicted protein
機能・相同性情報
生物種Trichoderma reesei QM9414 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.238 Å
データ登録者de Oliveira, G.S. / Adriani, P.P. / Ribeiro, J.A. / Morisseau, C. / Hammock, B.D. / Dias, M.V. / Chambergo, F.S.
資金援助 ブラジル, 米国, 10件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/03329-9 ブラジル
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)NIEHS-R01 ES002710 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)P42 ES 04699 米国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/24107-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2017/25705-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/09188-8 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2018/00351-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2016/12859-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2013/15906-5 ブラジル
Fundacao para a Ciencia e a Tecnologia142311/2016-2 ブラジル
引用ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2019
タイトル: The molecular structure of an epoxide hydrolase from Trichoderma reesei in complex with urea or amide-based inhibitors.
著者: de Oliveira, G.S. / Adriani, P.P. / Ribeiro, J.A. / Morisseau, C. / Hammock, B.D. / Dias, M.V.B. / Chambergo, F.S.
履歴
登録2018年11月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxide hydrolase TrEH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9862
ポリマ－37,5351
非ポリマー4511
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.527, 77.635, 86.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Epoxide hydrolase TrEH


分子量: 37534.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Trichoderma reesei QM9414 (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0R7E2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-KC4 / N-methyl-4-{[trans-4-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]carbamoyl}amino)cyclohexyl]oxy}benzamide


分子量: 451.439 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24F3N3O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.78 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 50 mM 3-morpholinopropane-1-sulfonic acid (MOPS) pH 6.5, 40 mM potassium bromide and 44.6% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.48 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.48 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→43.67 Å / Num. obs: 17077 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 29.23 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 176333 / Scaling rejects: 14
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.24-2.318.70.9215220.795199.1
8.95-43.676.50.1163200.992199

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.74 Å43.67 Å
Translation6.74 Å43.67 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.5.27データスケーリング
PHASER2.6.0位相決定
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5uro

5uro


解像度: 2.238→38.062 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2614 824 4.85 %
Rwork0.202 --
obs0.2047 16996 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 64.41 Å2 / Biso mean: 30.5133 Å2 / Biso min: 18.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.238→38.062 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 32 121 2790
Biso mean--36.75 31.55 -
残基数----336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6313725
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.331623
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2382-2.37840.32941190.256726462765100
2.3784-2.5620.2941510.237126392790100
2.562-2.81970.27581620.224326412803100
2.8197-3.22760.26661200.200927062826100
3.2276-4.06560.24541220.181827272849100
4.0656-38.06770.23831500.1872813296399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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