PDB-6n39: Crystal structure of an dephospho-CoA kinase CoaE from Mycobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n39

タイトル

Crystal structure of an dephospho-CoA kinase CoaE from Mycobacterium paratuberculosis

要素

Dephospho-CoA kinase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / dephospho-CoA kinase / CoaE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

dephospho-CoA kinase / dephospho-CoA kinase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of an dephospho-CoA kinase CoaE from Mycobacterium paratuberculosis
著者: Mayclin, S.J. / Irwin, R.M. / Abendroth, J. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2018年11月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年11月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n39.cif.gz	176.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n39.ent.gz	139.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n39.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n39_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n39_full_validation.pdf.gz	443.1 KB	表示
XML形式データ	6n39_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	6n39_validation.cif.gz	28.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/6n39 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/6n39	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5zcu-1 6rre-4 6emg-d 2f9t-d 5gwo-1 1ycs-d 3mwp-2 3apy-3 5zch-1 3mwt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Dephospho-CoA kinase

ヘテロ分子

45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.170, 85.170, 198.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-699- HOH
2	1	A-759- HOH
3	1	A-816- HOH

#1: タンパク質	Dephospho-CoA kinase / Dephosphocoenzyme A kinase 分子量: 45236.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium paratuberculosis (strain ATCC BAA-968 / K-10) (バクテリア) 株: ATCC BAA-968 / K-10 / 遺伝子: coaE, MAP_1326 / プラスミド: MypA.19484.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q740M4, dephospho-CoA kinase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: SaltRX H9 opt (290572d2): 100 mM Bis-Tris Propane HCl pH 6.5, 4 M Ammonium acetate: MypaA.19484.a.B1.PW38003 at 19.5 mg/mL: direct cryo: puck id mae2-10

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月4日

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 40765 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.565 % / B_iso Wilson estimate: 46.251 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_rim(I) all: 0.067 / Χ²: 1.034 / Net I/σ(I): 21.24

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.15-2.21	9.852	0.584	4.01	2933	0.92	0.617	100
2.21-2.27	9.833	0.486	4.82	2886	0.948	0.513	100
2.27-2.33	9.854	0.384	6.02	2794	0.959	0.406	100
2.33-2.4	9.847	0.292	7.83	2740	0.977	0.308	100
2.4-2.48	9.843	0.241	9.26	2630	0.984	0.254	100
2.48-2.57	9.807	0.191	11.34	2583	0.991	0.202	100
2.57-2.67	9.782	0.148	14.27	2489	0.995	0.156	100
2.67-2.78	9.793	0.133	16.05	2370	0.995	0.141	100
2.78-2.9	9.74	0.109	19.3	2308	0.996	0.115	100
2.9-3.04	9.651	0.084	23.88	2211	0.997	0.089	100
3.04-3.21	9.562	0.068	28.87	2091	0.998	0.071	100
3.21-3.4	9.427	0.059	32.62	2012	0.998	0.063	100
3.4-3.63	9.33	0.049	37.9	1873	0.999	0.052	100
3.63-3.93	9.247	0.045	40.27	1759	0.999	0.048	100
3.93-4.3	9.134	0.042	42.72	1647	0.999	0.045	100
4.3-4.81	9.166	0.04	44.33	1490	0.999	0.043	100
4.81-5.55	9.117	0.038	44.49	1327	0.999	0.04	100
5.55-6.8	8.914	0.039	43.16	1148	0.999	0.042	100
6.8-9.62	8.575	0.034	45.5	921	0.999	0.036	100
9.62-39.143	7.089	0.035	41.32	553	0.998	0.038	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
PHASER		位相決定
BUCCANEER		位相決定
ARP/wARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.15→45 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.12

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1928	1981	4.87 %
R_work	0.1697	-	-
obs	0.1708	40667	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 164.07 Å² / B_iso mean: 54.0214 Å² / B_iso min: 22.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.15→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3021	0	24	308	3353
B_iso mean	-	-	56.06	50.78	-
残基数	-	-	-	-	404

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.15-2.2038	0.2097	141	0.1896	2689
2.2038-2.2634	0.2082	138	0.181	2712
2.2634-2.33	0.1945	145	0.1773	2704
2.33-2.4052	0.2018	144	0.1678	2711
2.4052-2.4911	0.2228	129	0.1824	2736
2.4911-2.5908	0.2293	126	0.1747	2737
2.5908-2.7087	0.2306	154	0.1831	2706
2.7087-2.8515	0.2027	129	0.1983	2761
2.8515-3.0301	0.2376	136	0.197	2766
3.0301-3.2639	0.199	153	0.1883	2748
3.2639-3.5922	0.1906	142	0.1717	2779
3.5922-4.1115	0.1769	151	0.1511	2787
4.1115-5.1781	0.1646	139	0.1409	2845
5.1781-50	0.1843	154	0.1723	3005

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5438	-1.0705	0.6795	3.2146	-1.4739	7.366	-0.0876	-0.3684	-0.2134	1.0349	0.2056	-0.1634	0.3427	0.4984	-0.1104	0.6203	0.0488	0.0137	0.2869	-0.0029	0.3069	67.8997	-3.1663	42.7445
2	4.7709	-1.1916	4.069	4.3499	-3.8624	6.1797	1.4309	-1.7671	-1.3141	2.528	-0.6245	-0.3365	2.0559	-0.952	-0.4862	1.5758	-0.3439	-0.2814	1.0106	0.2594	1.1013	74.1091	-10.4099	66.2065
3	7.7926	1.8701	-3.3842	6.8397	-2.9386	9.5273	0.7453	-0.9751	-0.1725	1.4336	-0.6663	0.4068	-0.8448	0.4769	0.0105	0.7992	-0.1137	-0.0303	0.4914	-0.0768	0.4705	76.2218	-0.0575	56.2322
4	2.3096	-0.1063	0.0837	2.898	1.5408	2.2793	-0.4275	-0.5288	-0.5051	0.9755	0.1239	0.5513	0.9203	-0.2556	0.1393	0.7667	-0.0055	0.2318	0.3769	0.1118	0.4452	55.6468	-3.3498	45.2268
5	1.9425	-0.7188	-0.4275	2.4651	1.1967	0.9365	-0.1212	0.2832	0.1146	-0.3752	0.1797	0.0735	0.1256	-0.0309	-0.0522	0.4373	-0.0343	0.0077	0.3066	0.0234	0.2655	60.1615	6.1515	27.7508
6	1.5189	-0.2597	-0.4781	3.2041	-0.7216	2.5984	0.022	0.0257	0.1305	-0.0408	0.0426	0.1855	-0.0906	-0.116	-0.0541	0.235	0.0086	-0.0024	0.2149	-0.003	0.2347	59.8983	27.6109	35.8514
7	2.6528	0.9579	-0.2512	4.6732	0.3072	5.7509	-0.0122	0.1312	0.0009	-0.4292	0.1455	0.5835	-0.1882	-0.5659	-0.0794	0.2891	0.0423	-0.0321	0.3314	0.0942	0.4101	47.3599	33.4087	27.4435

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 39 )	A	-1 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 40 through 76 )	A	40 - 76
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 77 through 101 )	A	77 - 101
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 102 through 178 )	A	102 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 179 through 219 )	A	179 - 219
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 220 through 340 )	A	220 - 340
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 341 through 407 )	A	341 - 407

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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