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- PDB-6n2u: IL-8 Structure from Bacterial Expression Source -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n2u
タイトルIL-8 Structure from Bacterial Expression Source
要素Interleukin-8
キーワードIMMUNE SYSTEM / IL-8
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / positive regulation of cellular biosynthetic process / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / CXCR chemokine receptor binding / embryonic digestive tract development / induction of positive chemotaxis ...regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / regulation of entry of bacterium into host cell / interleukin-8 receptor binding / positive regulation of cellular biosynthetic process / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / CXCR chemokine receptor binding / embryonic digestive tract development / induction of positive chemotaxis / neutrophil activation / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / Interleukin-10 signaling / cellular response to interleukin-1 / regulation of cell adhesion / response to endoplasmic reticulum stress / Peptide ligand-binding receptors / neutrophil chemotaxis / calcium-mediated signaling / response to molecule of bacterial origin / receptor internalization / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / cellular response to tumor necrosis factor / heparin binding / G alpha (i) signalling events / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / intracellular signal transduction / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.254 Å
データ登録者Park, H. / Jung, J.H. / Luo, J.L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: IL-8 Structure from Bacterial Expression Source
著者: Park, H. / Jung, J.H. / Luo, J.L.
履歴
登録2018年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1161
ポリマ－11,1161
非ポリマー00
水1,62190
1
A: Interleukin-8

A: Interleukin-8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2322
ポリマ－22,2322
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)39.701, 39.701, 89.971
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-8 / IL-8 / C-X-C motif chemokine 8 / Chemokine (C-X-C motif) ligand 8 / Emoctakin / Granulocyte ...IL-8 / C-X-C motif chemokine 8 / Chemokine (C-X-C motif) ligand 8 / Emoctakin / Granulocyte chemotactic protein 1 / GCP-1 / Monocyte-derived neutrophil chemotactic factor / MDNCF / Monocyte-derived neutrophil-activating peptide / MONAP / Neutrophil-activating protein 1 / NAP-1 / Protein 3-10C / T-cell chemotactic factor


分子量: 11116.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CXCL8, IL8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10145
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2.4 M Ammonium Phosphate dibasic, 0.1 M Tris HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.254→32.12 Å / Num. obs: 13693 / % possible obs: 58.82 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.02608 / Rpim(I) all: 0.02608 / Rrim(I) all: 0.03688 / Net I/σ(I): 15.99
反射 シェル解像度: 1.254→1.299 Å / Rmerge(I) obs: 0.3216 / Num. unique obs: 122 / CC1/2: 0.752 / Rpim(I) all: 0.752 / Rrim(I) all: 0.3216 / % possible all: 5.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2_3472: ???)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D14

5d14


解像度: 1.254→32.12 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2233 1205 8.8 %
Rwork0.1874 --
obs0.1905 13688 58.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.254→32.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数567 0 0 90 657
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01578
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99775
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.141230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08585
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00698
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.2541-1.30440.3327130.2993130X-RAY DIFFRACTION6
1.3044-1.36370.2841230.2788239X-RAY DIFFRACTION10
1.3637-1.43560.2851390.2515413X-RAY DIFFRACTION18
1.4356-1.52560.2557680.2602723X-RAY DIFFRACTION31
1.5256-1.64340.24171340.23981417X-RAY DIFFRACTION60
1.6434-1.80870.25842210.22152305X-RAY DIFFRACTION99
1.8087-2.07040.20622280.18772350X-RAY DIFFRACTION100
2.0704-2.60840.22752330.17872387X-RAY DIFFRACTION100
2.6084-32.120.21622460.17582519X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.267-0.5632-1.94085.5702-1.11173.36230.30450.01730.22460.163-0.54880.3765-0.5581-0.47430.36630.2033-0.02730.01240.3936-0.03470.2269-22.001816.882918.2521
23.35961.0602-0.17682.0333-0.54746.6597-0.02850.252-0.1166-0.17670.0340.10820.32190.24350.00970.09270.0083-0.0280.1316-0.00670.0908-12.60729.87086.3003
31.76570.1090.0521.44070.96384.6258-0.06640.0223-0.0057-0.0454-0.01380.1090.1874-0.22840.05120.1273-0.05320.00190.1363-0.00770.1212-16.857311.526814.1607
44.17481.39470.72442.65630.63463.15110.1816-0.0183-0.5457-0.09950.0376-0.65420.51520.35770.03030.15380.0357-0.02040.0967-0.03080.2011-5.32165.59589.0164
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 10 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 11 through 26 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 27 through 53 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 54 through 69 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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