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- PDB-6n1x: BshA from Staphylococcus aureus complexed with UDP and N-acetylgl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1x
タイトルBshA from Staphylococcus aureus complexed with UDP and N-acetylglucosamine
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Bacillithiol / Glycosyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine / GT-B
機能・相同性
機能・相同性情報


bacillithiol biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase BshA / Glycosyltransferase Family 4 / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus CN1 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Royer, C.R. / Cook, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM117488 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2019
タイトル: A structural and functional analysis of the glycosyltransferase BshA from Staphylococcus aureus: Insights into the reaction mechanism and regulation of bacillithiol production.
著者: Royer, C.J. / Cook, P.D.
履歴
登録2018年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,1613
ポリマ－42,5361
非ポリマー6252
水1,31573
1
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子

A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子

A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子

A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,64512
ポリマ－170,1444
非ポリマー2,5018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation4_556x,-y,-z+11
Buried area20850 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area47020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.143, 135.143, 135.143
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number195
Space group name H-MP23

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase


分子量: 42535.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus CN1 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: SAKOR_01400 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: T1Y9F7, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#3: 糖 ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.56 % / 解説: medium cubes
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.05 M sodium formate, 6% polyethylene glycol 3350, 2.5 mM UDP-N-acetylglucosamine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→30 Å / Num. obs: 34569 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.4 % / Biso Wilson estimate: 39.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.192 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.197 / Χ2: 1.222 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 773023
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.3921.91.97917130.7050.4322.0261.013100
2.39-2.4322.41.79816880.740.3881.841.01100
2.43-2.4822.51.56917150.7970.3381.6051.042100
2.48-2.5322.61.30616950.8570.281.3351.052100
2.53-2.5922.71.15717170.8740.2481.1841.06100
2.59-2.6522.80.99417060.9030.2131.0171.083100
2.65-2.7122.70.82317210.940.1760.8421.094100
2.71-2.7922.80.71917180.9470.1540.7361.109100
2.79-2.8722.70.617230.960.1280.6141.131100
2.87-2.9622.80.45517150.9770.0970.4651.177100
2.96-3.0722.80.37417330.9850.080.3821.199100
3.07-3.1922.60.31717120.9890.0680.3241.211100
3.19-3.3322.80.23517190.9940.050.2411.271100
3.33-3.5122.70.17817110.9970.0380.1831.307100
3.51-3.7322.70.13217410.9980.0280.1351.373100
3.73-4.0222.50.09717190.9990.0210.0991.429100
4.02-4.4222.40.07417640.9990.0160.0761.485100
4.42-5.0622.10.05717480.9990.0120.0591.464100
5.06-6.3621.90.06517680.9990.0140.0661.453100
6.36-3019.10.045184310.0110.0461.49199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6D9T

6d9t


解像度: 2.35→27.029 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1963 1882 5.45 %
Rwork0.1733 --
obs0.1746 34554 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.39 Å2 / Biso mean: 42.0749 Å2 / Biso min: 23.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→27.029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2935 0 40 73 3048
Biso mean--35.11 40.13 -
残基数----377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083031
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9134109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6241817
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.349-2.41250.28061530.25625012654
2.4125-2.48340.27581410.228324672608
2.4834-2.56350.24331250.215125052630
2.5635-2.6550.24851380.215125132651
2.655-2.76120.23431390.195924692608
2.7612-2.88680.22771110.198925442655
2.8868-3.03880.22021590.193424702629
3.0388-3.22890.24691500.198525002650
3.2289-3.47770.21271670.192424882655
3.4777-3.82680.19831420.157625262668
3.8268-4.37850.13751460.144525252671
4.3785-5.50880.15811280.135425642692
5.5088-27.03040.17731830.159126002783

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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