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- PDB-6n1n: Crystal structure of class D beta-lactamase from Sebaldella termi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1n
タイトルCrystal structure of class D beta-lactamase from Sebaldella termitidis ATCC 33386
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / antibiotic resistance / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sebaldella termitidis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.601 Å
データ登録者Michalska, K. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700060C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of class D beta-lactamase from Sebaldella termitidis ATCC 33386
著者: Michalska, K. / Tesar, C. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Satchell, K.J. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2018年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5144
ポリマ－30,2301
非ポリマー2843
水4,936274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.510, 97.546, 40.328
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-658-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30230.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sebaldella termitidis (バクテリア)
株: ATCC 33386 / NCTC 11300 / 遺伝子: Sterm_0301 / プラスミド: pMCSG53 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3) / 参照: UniProt: D1ALR7, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0. 2 M Li2SO4, ).1 M Tris/HCl, pH 8.5, 25% PEG3350, cryo 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月19日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 32985 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 1.338 / Mean I/σ(I) obs: 1.51 / Num. unique obs: 1543 / CC1/2: 0.603 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc1_3161: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SBC-Collectデータ収集
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.601→27.916 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 1645 5 %
Rwork0.1598 --
obs0.1619 32929 97.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.601→27.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2096 0 16 274 2386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092208
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0612975
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9691330
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6008-1.64790.29871080.25862445X-RAY DIFFRACTION93
1.6479-1.70110.3021330.23282484X-RAY DIFFRACTION95
1.7011-1.76180.23171430.21762522X-RAY DIFFRACTION95
1.7618-1.83240.27161180.19982551X-RAY DIFFRACTION96
1.8324-1.91580.21561410.18282527X-RAY DIFFRACTION96
1.9158-2.01670.20511120.16292597X-RAY DIFFRACTION97
2.0167-2.1430.17451350.14462601X-RAY DIFFRACTION98
2.143-2.30840.19751660.14612593X-RAY DIFFRACTION99
2.3084-2.54060.17971470.14062688X-RAY DIFFRACTION100
2.5406-2.90790.15731380.15392712X-RAY DIFFRACTION100
2.9079-3.66230.21171470.14252710X-RAY DIFFRACTION100
3.6623-27.92050.18781570.14712854X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1197-0.04790.0120.1080.10190.12150.0202-0.07830.0913-0.0231-0.02030.0137-0.1077-0.0411-0.00870.13110.01770.01040.07350.00470.106315.95132.534934.7102
20.0177-0.0670.04680.3139-0.1120.54440.03380.0064-0.0282-0.0969-0.0010.05240.06280.05410.04730.0692-0.0025-0.00550.0584-0.00160.068820.96968.474917.0219
30.1105-0.0367-0.00830.05870.02510.00560.06290.1201-0.0093-0.0369-0.07440.0934-0.0149-0.0375-0.00150.1069-0.0369-0.00740.1116-0.00640.13259.0975.872119.9824
40.105-0.0191-0.02280.02330.03440.0344-0.00620.0018-0.0057-0.00840.00670.03750.0233-0.0928-0.0060.0585-0.0179-0.00650.0850.00350.0758.504616.515223.842
50.01680.01040.01020.0970.06490.07680.1034-0.0924-0.03040.08440.0012-0.00650.1591-0.0290.03020.1343-0.0289-0.00520.09910.02280.097317.12025.32234.8412
60.06620.03880.04120.0586-0.02170.02810.03330.0216-0.045-0.0279-0.00390.036-0.01110.06510.00780.0683-0.0041-0.00410.1110.00650.079922.846821.457625.7248
70.0513-0.0106-0.02990.03370.02850.0299-0.0274-0.06370.10150.0377-0.02260.0221-0.1129-0.06350.00020.10280.0058-0.01620.0978-0.00760.089720.616626.570730.9952
80.0334-0.0084-0.03670.0740.00420.0396-0.06450.1025-0.02130.01080.0033-0.054-0.1330.177800.1267-0.0273-0.01040.11730.00810.10626.532131.206224.6082
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 15 through 58 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 59 through 116 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 117 through 136 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 137 through 172 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 173 through 188 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 189 through 222 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 223 through 238 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 239 through 264 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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