PDB-6n10: Crystal structure of Arabidopsis thaliana mevalonate 5-diphosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n10

タイトル

Crystal structure of Arabidopsis thaliana mevalonate 5-diphosphate decarboxylase 1 complexed with (R)-MVAPP

要素

Diphosphomevalonate decarboxylase MVD1, peroxisomal

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol biosynthetic process / peroxisome / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Noel, J.P. / Thomas, S.T. / Louie, G.V.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Substrate Specificity and Engineering of Mevalonate 5-Phosphate Decarboxylase.
著者: Thomas, S.T. / Louie, G.V. / Lubin, J.W. / Lundblad, V. / Noel, J.P.

履歴

登録	2018年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n10.cif.gz	164.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n10.ent.gz	129.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n10.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n10_validation.pdf.gz	726.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n10_full_validation.pdf.gz	732.6 KB	表示
XML形式データ	6n10_validation.xml.gz	17.7 KB	表示
CIF形式データ	6n10_validation.cif.gz	24.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/6n10 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/6n10	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n0xC 6n0yC 6n0zC 3d4jS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f0n-d 6xr5-4 6weu-1 6g4g-3 6wfj-1 6xr5-2 4ebb-4 6wet-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diphosphomevalonate decarboxylase MVD1, peroxisomal

ヘテロ分子

46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diphosphomevalonate decarboxylase MVD1, peroxisomal

ヘテロ分子

A: Diphosphomevalonate decarboxylase MVD1, peroxisomal

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.630, 106.630, 166.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Diphosphomevalonate decarboxylase MVD1, peroxisomal / Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase 1 / AtMVD1 分子量: 45925.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: MVD1, MDD1, MVD, At2g38700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O23722, diphosphomevalonate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-DP6 / (3R)-3-HYDROXY-5-{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}-3-METHYLPENTANOIC ACID / ジホスホメバロン酸分子量: 308.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₀P₂
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M sodium citrate tribasic pH 5.6 0.2 M potassium sodium tartrate 2.0 M ammonium sulfate 5mM (R)-MVAPP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月4日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→53.315 Å / Num. obs: 42293 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.536 / Num. unique obs: 2744 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
MOSFLM	7.1.0	データ削減
Aimless	0.2.7	データスケーリング
MOLREP	11.2.08	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3D4J

3d4j

解像度: 2.3→49.168 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.69

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2254	4793	6.03 %
R_work	0.1897	-	-
obs	0.1918	42182	97.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.168 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3137	0	38	101	3276

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	3230
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.457	4377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.812	1208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.066	492
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	559

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.3843	181	0.3253	2462	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3261-2.3535	0.3487	151	0.3262	2408	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3535-2.3822	0.3191	149	0.3156	2441	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3822-2.4124	0.3493	142	0.3038	2456	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4124-2.4441	0.2782	136	0.2902	2413	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4441-2.4776	0.2773	147	0.3034	2460	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4776-2.513	0.3759	167	0.2945	2405	X-RAY DIFFRACTION	95
2.513-2.5505	0.3302	161	0.2785	2421	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5505-2.5903	0.342	157	0.2664	2423	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5903-2.6328	0.3137	160	0.2562	2389	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6328-2.6782	0.2846	152	0.2497	2365	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6782-2.7269	0.2812	159	0.2393	2407	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7269-2.7793	0.2676	158	0.2443	2428	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7793-2.8361	0.2487	147	0.2321	2517	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8361-2.8977	0.2961	172	0.2253	2478	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8977-2.9651	0.2951	164	0.2312	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.0393	0.2546	163	0.237	2509	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0393-3.1214	0.2648	174	0.2185	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1214-3.2133	0.2424	158	0.2249	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2133-3.3169	0.2511	162	0.2085	2520	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3169-3.4355	0.2198	167	0.1906	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4355-3.573	0.2407	169	0.1824	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
3.573-3.7355	0.2056	153	0.1895	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7355-3.9324	0.2098	179	0.1625	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9324-4.1787	0.1848	159	0.1434	2541	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1787-4.5011	0.1601	159	0.1341	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5011-4.9537	0.1519	158	0.1277	2540	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9537-5.6696	0.1692	167	0.1445	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6696-7.1396	0.2089	163	0.1621	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1396-49.179	0.1911	159	0.1604	2563	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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