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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6n0z | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Anaerolinea thermophila mevalonate 5-phosphate decarboxylase N20K H194M mutant complexed with (R)-MVAPP | |||||||||
要素 | Diphosphomevalonate decarboxylase | |||||||||
キーワード | LYASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / kinase activity / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Anaerolinea thermophila | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Noel, J.P. / Thomas, S.T. / Louie, G.V. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019 タイトル: Substrate Specificity and Engineering of Mevalonate 5-Phosphate Decarboxylase. 著者: Thomas, S.T. / Louie, G.V. / Lubin, J.W. / Lundblad, V. / Noel, J.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6n0z.cif.gz | 415.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6n0z.ent.gz | 337.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6n0z.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6n0z_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6n0z_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6n0z_validation.xml.gz | 88.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6n0z_validation.cif.gz | 128.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0z | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35752.770 Da / 分子数: 6 / 変異: D20K, H194M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Anaerolinea thermophila (strain DSM 14523 / JCM 11388 / NBRC 100420 / UNI-1) (バクテリア) 株: DSM 14523 / JCM 11388 / NBRC 100420 / UNI-1 / 遺伝子: mvaD, ANT_19910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8N6F3, diphosphomevalonate decarboxylase #2: 化合物 | ChemComp-DP6 / ( #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.75 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M acetic acid pH 4.5 3-5% PEG 20,000 0.3 M ammonium acetate 5 mM (R)-MVAPP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月26日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→46.03 Å / Num. obs: 131416 / % possible obs: 79 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.624 / Num. unique obs: 10659 / % possible all: 65.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2HK2 解像度: 1.95→45.567 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.567 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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