PDB-6n0y: Crystal structure of Anaerolinea thermophila mevalonate 5-phospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n0y

タイトル

Crystal structure of Anaerolinea thermophila mevalonate 5-phosphate decarboxylase complexed with (R)-MVAPP

要素

Diphosphomevalonate decarboxylase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaerolinea thermophila

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Noel, J.P. / Thomas, S.T. / Louie, G.V.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Substrate Specificity and Engineering of Mevalonate 5-Phosphate Decarboxylase.
著者: Thomas, S.T. / Louie, G.V. / Lubin, J.W. / Lundblad, V. / Noel, J.P.

履歴

登録	2018年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n0y.cif.gz	399.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n0y.ent.gz	328.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n0y_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n0y_full_validation.pdf.gz	3.5 MB	表示
XML形式データ	6n0y_validation.xml.gz	83.1 KB	表示
CIF形式データ	6n0y_validation.cif.gz	115.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n0xC 6n0zC 6n10C 2hk2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n0z-3 6n0x-2 6n0x-3 6e2u-1 6e2v-1 3ma6-d 4z7y-2 6e2y-1 3qt5-d 6eow-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diphosphomevalonate decarboxylase

B: Diphosphomevalonate decarboxylase

C: Diphosphomevalonate decarboxylase

D: Diphosphomevalonate decarboxylase

E: Diphosphomevalonate decarboxylase

F: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

216 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Diphosphomevalonate decarboxylase

E: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
72.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Diphosphomevalonate decarboxylase

F: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.1 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Diphosphomevalonate decarboxylase

D: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.480, 137.500, 106.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.67, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Diphosphomevalonate decarboxylase 分子量: 35744.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaerolinea thermophila (strain DSM 14523 / JCM 11388 / NBRC 100420 / UNI-1) (バクテリア) 株: DSM 14523 / JCM 11388 / NBRC 100420 / UNI-1 / 遺伝子: mvaD, ANT_19910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8N6F3, diphosphomevalonate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-DP6 / (3R)-3-HYDROXY-5-{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}-3-METHYLPENTANOIC ACID / ジホスホメバロン酸分子量: 308.117 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₁₀P₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1096 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.83 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M acetic acid pH 4.5 3-5% PEG 20,000 0.3 M ammonium acetate 5 mM (R)-MVAPP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月26日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→52.075 Å / Num. obs: 103991 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.457 / Num. unique obs: 3426 / % possible all: 59.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
MOSFLM	7.1.1	データ削減
Aimless	0.2.7	データスケーリング
MOLREP	11.2.08	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HK2

2hk2

解像度: 2.2→52.075 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 22.74

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2118	10290	5 %
R_work	0.1724	-	-
obs	0.1744	103892	89.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→52.075 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14739	0	108	1096	15943

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	15282
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.089	20847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.217	5596
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	2380
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	2660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.225	0.3076	236	0.2657	4355	X-RAY DIFFRACTION	60
2.225-2.2512	0.312	244	0.261	4341	X-RAY DIFFRACTION	60
2.2512-2.2786	0.2959	244	0.2565	4348	X-RAY DIFFRACTION	60
2.2786-2.3075	0.3255	228	0.2386	4336	X-RAY DIFFRACTION	59
2.3075-2.3378	0.2871	206	0.2359	4354	X-RAY DIFFRACTION	60
2.3378-2.3699	0.2406	219	0.2434	4394	X-RAY DIFFRACTION	60
2.3699-2.4037	0.2895	273	0.2346	4535	X-RAY DIFFRACTION	63
2.4037-2.4396	0.2663	396	0.2239	7161	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4396-2.4777	0.2646	360	0.2171	7052	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4777-2.5184	0.2712	361	0.2262	7164	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5184-2.5618	0.2805	385	0.2187	7065	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5618-2.6084	0.2611	336	0.2114	7170	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6084-2.6585	0.2426	357	0.201	7145	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6585-2.7128	0.253	382	0.1961	7108	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7128-2.7718	0.2473	395	0.1867	7143	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7718-2.8362	0.245	354	0.1959	7166	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8362-2.9072	0.2389	387	0.1953	7121	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9072-2.9858	0.2348	349	0.1898	7225	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9858-3.0736	0.2477	404	0.1834	7109	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0736-3.1728	0.2233	395	0.1711	7111	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1728-3.2862	0.2039	412	0.1721	7131	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2862-3.4177	0.1997	370	0.1698	7094	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4177-3.5732	0.1858	356	0.1632	7230	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5732-3.7616	0.1862	389	0.1517	7179	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7616-3.9972	0.1863	356	0.1426	7209	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9972-4.3057	0.1654	383	0.1279	7234	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3057-4.7387	0.1675	341	0.1274	7256	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7387-5.4238	0.1574	381	0.1341	7219	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4238-6.831	0.18	398	0.1611	7199	X-RAY DIFFRACTION	99
6.831-52.0893	0.164	393	0.1444	7211	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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