PDB-6n0x: Crystal structure of Anaerolinea thermophila mevalonate 5-phospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6n0x

タイトル

Crystal structure of Anaerolinea thermophila mevalonate 5-phosphate decarboxylase complexed with (R)-MVAP

要素

Diphosphomevalonate decarboxylase

キーワード

LYASE

機能・相同性

機能・相同性情報

diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / kinase activity / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Anaerolinea thermophila

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Noel, J.P. / Thomas, S.T. / Louie, G.V.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2019
タイトル: Substrate Specificity and Engineering of Mevalonate 5-Phosphate Decarboxylase.
著者: Thomas, S.T. / Louie, G.V. / Lubin, J.W. / Lundblad, V. / Noel, J.P.

履歴

登録	2018年11月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6n0x.cif.gz	718.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6n0x.ent.gz	601.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6n0x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6n0x_validation.pdf.gz	495.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6n0x_full_validation.pdf.gz	520.8 KB	表示
XML形式データ	6n0x_validation.xml.gz	88.9 KB	表示
CIF形式データ	6n0x_validation.cif.gz	132.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/6n0x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6n0yC 6n0zC 6n10C 2hk2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n0z-1 6n0z-3 1evi-d 3cuk-3 6n0z-2 5wx2-2 1dao-1 1dao-4 6n0y-1 4qfc-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diphosphomevalonate decarboxylase

B: Diphosphomevalonate decarboxylase

C: Diphosphomevalonate decarboxylase

D: Diphosphomevalonate decarboxylase

E: Diphosphomevalonate decarboxylase

F: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

216 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Diphosphomevalonate decarboxylase

E: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation
71.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Diphosphomevalonate decarboxylase

F: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 2 ポリマー
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3

C: Diphosphomevalonate decarboxylase

D: Diphosphomevalonate decarboxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
71.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.600, 135.630, 105.700
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Diphosphomevalonate decarboxylase 分子量: 35744.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Anaerolinea thermophila (strain DSM 14523 / JCM 11388 / NBRC 100420 / UNI-1) (バクテリア) 株: DSM 14523 / JCM 11388 / NBRC 100420 / UNI-1 / 遺伝子: mvaD, ANT_19910 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8N6F3, diphosphomevalonate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PMV / (3R)-3-HYDROXY-3-METHYL-5-(PHOSPHONOOXY)PENTANOIC ACID / PHOSPHOMEVALONATE 分子量: 228.137 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃O₇P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2029 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.34 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M acetic acid pH 4.5 3-5% PEG 20,000 0.3 M ammonium acetate 5 mM (R)-MVAP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月5日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.44→37.57 Å / Num. obs: 361184 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.3
反射シェル	解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 1.2 % / R_merge(I) obs: 0.84 / Num. unique obs: 11325 / % possible all: 57.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
MOSFLM	7.1.0	データ削減
Aimless	0.2.7	データスケーリング
MOLREP	11.2.05	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2HK2

2hk2

解像度: 1.44→37.566 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.54 / 位相誤差: 23.37

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1961	18015	5.02 %
R_work	0.1722	-	-
obs	0.1734	359162	89.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.44→37.566 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14647	0	84	2029	16760

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	15052
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.173	20500
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.384	5429
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	2367
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2622

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.44-1.4564	0.3886	345	0.4008	7100	X-RAY DIFFRACTION	56
1.4564-1.4735	0.3804	375	0.3882	7356	X-RAY DIFFRACTION	58
1.4735-1.4915	0.3922	425	0.3696	7673	X-RAY DIFFRACTION	61
1.4915-1.5103	0.3808	408	0.356	8135	X-RAY DIFFRACTION	64
1.5103-1.5302	0.3431	460	0.3367	8643	X-RAY DIFFRACTION	68
1.5302-1.5512	0.3212	483	0.316	9310	X-RAY DIFFRACTION	74
1.5512-1.5733	0.3275	503	0.3021	9269	X-RAY DIFFRACTION	74
1.5733-1.5968	0.3135	489	0.2823	9324	X-RAY DIFFRACTION	74
1.5968-1.6218	0.2904	548	0.2628	10682	X-RAY DIFFRACTION	84
1.6218-1.6484	0.2572	618	0.2474	12195	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6484-1.6768	0.2554	645	0.2391	12227	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6768-1.7073	0.2509	695	0.2346	12194	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7073-1.7401	0.2566	657	0.2258	12415	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7401-1.7756	0.2366	655	0.2109	12478	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7756-1.8143	0.245	651	0.1994	12521	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8143-1.8565	0.2157	676	0.1876	12535	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8565-1.9029	0.2192	697	0.1842	12491	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9029-1.9543	0.1974	680	0.1786	12562	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9543-2.0118	0.1972	686	0.1703	12538	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0118-2.0768	0.1934	656	0.1617	12662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0768-2.151	0.171	644	0.1597	12696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.151-2.2371	0.1842	694	0.1552	12540	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2371-2.3389	0.186	657	0.1493	12667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3389-2.4622	0.1829	678	0.1503	12658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4622-2.6164	0.1923	631	0.1528	12662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6164-2.8184	0.1744	680	0.1493	12694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8184-3.1019	0.1715	678	0.1562	12647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1019-3.5504	0.1754	663	0.1546	12720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5504-4.472	0.161	667	0.1358	12757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.472-37.579	0.1747	671	0.1608	12796	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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