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- PDB-6mzp: Zebrafish betaglycan orphan domain structure from orthorhombic cr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mzp
タイトルZebrafish betaglycan orphan domain structure from orthorhombic crystal form
要素Transforming growth factor beta receptor III
キーワードPROTEIN BINDING / Proteoglycan / cytokine receptor / co-receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / TGFBR3 PTM regulation / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / transforming growth factor beta receptor activity / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / somite development / type II transforming growth factor beta receptor binding ...FGFR1b ligand binding and activation / FGFR1c ligand binding and activation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / TGFBR3 PTM regulation / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / TGFBR3 regulates FGF2 signaling / transforming growth factor beta receptor activity / regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / somite development / type II transforming growth factor beta receptor binding / glycosaminoglycan binding / sprouting angiogenesis / bone mineralization / epithelial to mesenchymal transition / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cell migration / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Zona pellucida domain, conserved site / ZP domain signature. / : / : / ZP-N domain / Zona pellucida, ZP-C domain / ZP-C domain / Zona pellucida (ZP) domain / ZP domain profile. / Zona pellucida domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta receptor III / Transforming growth factor beta receptor type 3 precursor
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Hinck, A.P. / Kim, S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM58670 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA172886 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Structural Adaptation in Its Orphan Domain Engenders Betaglycan with an Alternate Mode of Growth Factor Binding Relative to Endoglin.
著者: Kim, S.K. / Whitley, M.J. / Krzysiak, T.C. / Hinck, C.S. / Taylor, A.B. / Zwieb, C. / Byeon, C.H. / Zhou, X. / Mendoza, V. / Lopez-Casillas, F. / Furey, W. / Hinck, A.P.
履歴
登録2018年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transforming growth factor beta receptor III
B: Transforming growth factor beta receptor III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6382
ポリマ－75,6382
非ポリマー00
水1,42379
1
A: Transforming growth factor beta receptor III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8191
ポリマ－37,8191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transforming growth factor beta receptor III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8191
ポリマ－37,8191
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.520, 107.270, 113.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transforming growth factor beta receptor III


分子量: 37819.184 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: tgfbr3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0H3UK16, UniProt: E7FDB6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.77 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 9.2% v/v PEG 5K mono methyl ether, 4.6% w/v PEG 20K, 0.1M MES pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9692 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9692 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.98 Å / Num. obs: 45850 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 6 / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 46.52 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.126 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / 冗長度: 11.2 % / Rmerge(I) obs: 2.493 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3715 / CC1/2: 0.565 / Rpim(I) all: 1.069 / Rrim(I) all: 2.719 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
MOSFLM7.2.2データ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→40.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.206 / SU Rfree Blow DPI: 0.173 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.176
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 2267 4.94 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.233 45850 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.72 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.3303 Å20 Å20 Å2
2---10.7446 Å20 Å2
3---5.4143 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→40.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4803 0 0 79 4882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014912HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.176670HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2265SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes117HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes692HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4912HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.52
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion647SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5168SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 157 4.73 %
Rwork0.244 3160 -
all0.244 3317 -
obs--99.38 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0563.2380.91970.97113.78297.0869-0.0159-0.4633-0.18290.351-0.0925-0.10810.28550.06180.1084-0.0548-0.1782-0.03690.2170.1287-0.133818.6638-6.851117.39
24.0308-0.9093-1.46623.53280.64865.76960.30170.02440.31070.1375-0.16930.0933-0.4634-0.2126-0.1324-0.15090.07540.09080.0018-0.0907-0.0678-9.11610.7938-1.3055
39.0217-0.97416.73424.0408-0.335810.22970.0549-0.3103-0.0932-0.1595-0.0052-0.18030.02290.3307-0.0497-0.1108-0.1792-0.02040.06580.1166-0.263119.729-5.779215.4685
45.7010.6305-1.49992.9909-0.53926.29840.28930.0801-0.5139-0.3651-0.0812-0.32250.80280.1886-0.2082-0.15910.0091-0.0403-0.1140.0335-0.248625.0342-8.3445.3756
51.4607-2.1022.04722.7546-0.93829.10440.094-0.5947-0.50620.55190.2056-0.16430.78210.0489-0.2996-0.05960.1019-0.0103-0.029-0.0479-0.22548.0273-4.4936-11.3222
64.37281.21341.153414.11389.463611.7724-0.20840.4803-0.6539-1.281.7364-2.0293-1.24791.9012-1.528-0.2805-0.33050.17920.0581-0.4103-0.079128.773120.5266-25.9033
72.8530.67431.03464.9023-4.96879.02470.1039-0.3353-0.46610.38590.1658-0.29180.5505-0.0042-0.2698-0.18170.066-0.0158-0.2086-0.0953-0.27589.4965-5.4944-12.4981
83.85990.40662.36564.83752.01814.89540.59960.3653-0.673-0.08240.4361-0.04431.84030.8332-1.0357-0.11560.2041-0.1679-0.178-0.1821-0.26277.6484-10.1018-23.7636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|30 - A|48 }A30 - 48
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|49 - A|215 }A49 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|216 - A|232 }A216 - 232
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|233 - A|359 }A233 - 359
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|30 - B|48 }B30 - 48
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|49 - B|215 }B49 - 215
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|216 - B|231 }B216 - 231
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|234 - B|357 }B234 - 357

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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