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- PDB-6mzf: Structural Basis of Tubulin Recruitment and Assembly by Microtubu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mzf
タイトルStructural Basis of Tubulin Recruitment and Assembly by Microtubule Polymerases with Tumor Overexpressed Gene (TOG) Domain Arrays
要素
  • Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
  • Protein Stu2p/Alp14p
  • Tubulin alpha-1A chain
  • Tubulin beta chain
キーワードCELL CYCLE / Microtubule / Tubulin / Tubulin polymerization / Heat repeats / Microtubule polymerase / TOG arrays / and Wheel-like assembly.
機能・相同性
機能・相同性情報


supramolecular complex / microtubule plus end polymerase / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / microtubule plus-end binding / motile cilium / spindle organization / microtubule polymerization / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration ...supramolecular complex / microtubule plus end polymerase / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / microtubule plus-end binding / motile cilium / spindle organization / microtubule polymerization / structural constituent of cytoskeleton / microtubule cytoskeleton organization / neuron migration / mitotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XMAP215 family / : / XMAP215/Dis1/CLASP, TOG domain / TOG domain / TOG / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin ...XMAP215 family / : / XMAP215/Dis1/CLASP, TOG domain / TOG domain / TOG / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Protein Stu2p/Alp14p / Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 (菌類)
Escherichia coli (大腸菌)
Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Nithianantham, S. / Al-Bassam, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM110283 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structural basis of tubulin recruitment and assembly by microtubule polymerases with Tumor Overexpressed Gene (TOG) domain arrays.
著者: Nithianantham, S. / Cook, B.D. / Beans, M. / Guo, F. / Chang, F. / Al-Bassam, J.
履歴
登録2018年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Tubulin alpha-1A chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1A chain
D: Tubulin beta chain
E: Protein Stu2p/Alp14p
F: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
G: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
H: Tubulin alpha-1A chain
I: Tubulin beta chain
J: Tubulin alpha-1A chain
K: Tubulin beta chain
L: Protein Stu2p/Alp14p
M: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
N: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
O: Tubulin alpha-1A chain
P: Tubulin beta chain
Q: Tubulin alpha-1A chain
R: Tubulin beta chain
S: Protein Stu2p/Alp14p
T: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
U: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
V: Tubulin alpha-1A chain
W: Tubulin beta chain
X: Tubulin alpha-1A chain
Y: Tubulin beta chain
Z: Protein Stu2p/Alp14p
a: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
b: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,205,29760
ポリマ－1,197,17728
非ポリマー8,12032
水00
1
A: Tubulin alpha-1A chain
B: Tubulin beta chain
C: Tubulin alpha-1A chain
D: Tubulin beta chain
E: Protein Stu2p/Alp14p
F: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
G: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
H: Tubulin alpha-1A chain
I: Tubulin beta chain
J: Tubulin alpha-1A chain
K: Tubulin beta chain
L: Protein Stu2p/Alp14p
M: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
N: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,64830
ポリマ－598,58814
非ポリマー4,06016
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
O: Tubulin alpha-1A chain
P: Tubulin beta chain
Q: Tubulin alpha-1A chain
R: Tubulin beta chain
S: Protein Stu2p/Alp14p
T: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
U: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
V: Tubulin alpha-1A chain
W: Tubulin beta chain
X: Tubulin alpha-1A chain
Y: Tubulin beta chain
Z: Protein Stu2p/Alp14p
a: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
b: Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,64830
ポリマ－598,58814
非ポリマー4,06016
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)218.800, 107.650, 282.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain C
31chain H
41chain J
51chain O
61chain Q
71chain V
81chain X
12chain B
22chain D
32chain I
42chain K
52chain P
62chain R
72chain W
82chain Y
13chain E
23(chain L and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))
33(chain S and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))
43(chain Z and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))
14(chain F and (resid 13 through 149 or (resid 150...
24(chain G and (resid 13 through 149 or (resid 150...
34(chain M and (resid 13 through 149 or (resid 150...
44(chain N and (resid 13 through 149 or (resid 150...
54(chain T and (resid 13 through 149 or (resid 150...
64(chain U and (resid 13 through 149 or (resid 150...
74chain a
84(chain b and (resid 13 through 149 or (resid 150...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111ARGARGMGMGchain AAA - DA2 - 6012
211ARGARGMGMGchain CCC - HA2 - 6012
311ARGARGMGMGchain HHH - LA2 - 6012
411ARGARGMGMGchain JJJ - PA2 - 6012
511ARGARGMGMGchain OOO - TA2 - 6012
611ARGARGMGMGchain QQQ - XA2 - 6012
711ARGARGMGMGchain VVV - BB2 - 6012
811ARGARGMGMGchain XXX - FB2 - 6012
112METMETMGMGchain BBB - FA1 - 6011
212METMETMGMGchain DDD - JA1 - 6011
312METMETMGMGchain III - NA1 - 6011
412METMETMGMGchain KKK - RA1 - 6011
512METMETMGMGchain PPP - VA1 - 6011
612METMETMGMGchain RRR - ZA1 - 6011
712METMETMGMGchain WWW - DB1 - 6011
812METMETMGMGchain YYY - HB1 - 6011
113LEULEUVALVALchain EEE14 - 54314 - 543
213LEULEUGLUGLU(chain L and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))LL14 - 26214 - 262
223ASPASPVALVAL(chain L and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))LL300 - 543300 - 543
313LEULEUGLUGLU(chain S and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))SS14 - 26214 - 262
323ASPASPVALVAL(chain S and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))SS300 - 543300 - 543
413LEULEUGLUGLU(chain Z and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))ZZ14 - 26214 - 262
423ASPASPVALVAL(chain Z and (resid 14 through 262 or resid 300 through 543))ZZ300 - 543300 - 543
114ASPASPALAALA(chain F and (resid 13 through 149 or (resid 150...FF13 - 14913 - 149
124PHEPHEPHEPHE(chain F and (resid 13 through 149 or (resid 150...FF150150
134ASPASPLYSLYS(chain F and (resid 13 through 149 or (resid 150...FF13 - 16713 - 167
144ASPASPLYSLYS(chain F and (resid 13 through 149 or (resid 150...FF13 - 16713 - 167
154ASPASPLYSLYS(chain F and (resid 13 through 149 or (resid 150...FF13 - 16713 - 167
164ASPASPLYSLYS(chain F and (resid 13 through 149 or (resid 150...FF13 - 16713 - 167
214ASPASPALAALA(chain G and (resid 13 through 149 or (resid 150...GG13 - 14913 - 149
224PHEPHEPHEPHE(chain G and (resid 13 through 149 or (resid 150...GG150150
234ASPASPLYSLYS(chain G and (resid 13 through 149 or (resid 150...GG13 - 16713 - 167
244ASPASPLYSLYS(chain G and (resid 13 through 149 or (resid 150...GG13 - 16713 - 167
254ASPASPLYSLYS(chain G and (resid 13 through 149 or (resid 150...GG13 - 16713 - 167
264ASPASPLYSLYS(chain G and (resid 13 through 149 or (resid 150...GG13 - 16713 - 167
314ASPASPALAALA(chain M and (resid 13 through 149 or (resid 150...MM13 - 14913 - 149
324PHEPHEPHEPHE(chain M and (resid 13 through 149 or (resid 150...MM150150
334ASPASPLYSLYS(chain M and (resid 13 through 149 or (resid 150...MM13 - 16713 - 167
344ASPASPLYSLYS(chain M and (resid 13 through 149 or (resid 150...MM13 - 16713 - 167
354ASPASPLYSLYS(chain M and (resid 13 through 149 or (resid 150...MM13 - 16713 - 167
364ASPASPLYSLYS(chain M and (resid 13 through 149 or (resid 150...MM13 - 16713 - 167
414ASPASPALAALA(chain N and (resid 13 through 149 or (resid 150...NN13 - 14913 - 149
424PHEPHEPHEPHE(chain N and (resid 13 through 149 or (resid 150...NN150150
434ASPASPLYSLYS(chain N and (resid 13 through 149 or (resid 150...NN13 - 16713 - 167
444ASPASPLYSLYS(chain N and (resid 13 through 149 or (resid 150...NN13 - 16713 - 167
454ASPASPLYSLYS(chain N and (resid 13 through 149 or (resid 150...NN13 - 16713 - 167
464ASPASPLYSLYS(chain N and (resid 13 through 149 or (resid 150...NN13 - 16713 - 167
514ASPASPALAALA(chain T and (resid 13 through 149 or (resid 150...TT13 - 14913 - 149
524PHEPHEPHEPHE(chain T and (resid 13 through 149 or (resid 150...TT150150
534ASPASPLYSLYS(chain T and (resid 13 through 149 or (resid 150...TT13 - 16713 - 167
544ASPASPLYSLYS(chain T and (resid 13 through 149 or (resid 150...TT13 - 16713 - 167
554ASPASPLYSLYS(chain T and (resid 13 through 149 or (resid 150...TT13 - 16713 - 167
564ASPASPLYSLYS(chain T and (resid 13 through 149 or (resid 150...TT13 - 16713 - 167
614ASPASPALAALA(chain U and (resid 13 through 149 or (resid 150...UU13 - 14913 - 149
624PHEPHEPHEPHE(chain U and (resid 13 through 149 or (resid 150...UU150150
634ASPASPLYSLYS(chain U and (resid 13 through 149 or (resid 150...UU13 - 16713 - 167
644ASPASPLYSLYS(chain U and (resid 13 through 149 or (resid 150...UU13 - 16713 - 167
654ASPASPLYSLYS(chain U and (resid 13 through 149 or (resid 150...UU13 - 16713 - 167
664ASPASPLYSLYS(chain U and (resid 13 through 149 or (resid 150...UU13 - 16713 - 167
714ASPASPLYSLYSchain aaAA13 - 16713 - 167
814ASPASPALAALA(chain b and (resid 13 through 149 or (resid 150...bBA13 - 14913 - 149
824PHEPHEPHEPHE(chain b and (resid 13 through 149 or (resid 150...bBA150150
834ASPASPLYSLYS(chain b and (resid 13 through 149 or (resid 150...bBA13 - 16713 - 167
844ASPASPLYSLYS(chain b and (resid 13 through 149 or (resid 150...bBA13 - 16713 - 167
854ASPASPLYSLYS(chain b and (resid 13 through 149 or (resid 150...bBA13 - 16713 - 167
864ASPASPLYSLYS(chain b and (resid 13 through 149 or (resid 150...bBA13 - 16713 - 167

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 28分子 ACHJOQVXBDIKPRWYELSZFGMNTUab

#1: タンパク質
Tubulin alpha-1A chain / Alpha-tubulin 1 / Tubulin alpha-1 chain


分子量: 50121.266 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P02550
#2: タンパク質
Tubulin beta chain / Beta-tubulin


分子量: 49907.770 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P02554
#3: タンパク質
Protein Stu2p/Alp14p


分子量: 63099.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein was obtained from cDNA (Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 chromosome)
由来: (組換発現) Lachancea kluyveri NRRL Y-12651 (菌類)
遺伝子: SKLU-Cont10078 / プラスミド: pLIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A493R6X8*PLUS
#4: タンパク質
Designed ankyrin repeat protein (DARPIN) D1


分子量: 18068.439 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Darpin was synthesized and inserted into bacterial expression vector.
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: pET303 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21

-
非ポリマー , 3種, 32分子

#5: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 % / 解説: Cube-shaped crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 50 mM PIPES, 100 mM MgCl2 [pH 7.0], and 10-15% PEG-8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月25日
放射モノクロメーター: Cryo-Cooled double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.12
反射解像度: 4.4→96.592 Å / Num. obs: 80099 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 82.7 Å2 / Rpim(I) all: 0.112 / Rrim(I) all: 0.198 / Rsym value: 0.144 / Net I/av σ(I): 3.9 / Net I/σ(I): 4.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
4.4-4.642.80.4781.4115670.3860.6750.47894.8
4.64-4.922.70.312.2106320.2580.4480.3192.3
4.92-5.2630.3152.2106720.2510.4420.31598.6
5.26-5.682.90.3162.2100270.2530.4450.31698.5
5.68-6.222.80.2512.985830.2070.3630.25192.6
6.22-6.962.90.1784.180630.140.2470.17895.6
6.96-8.0330.1076.373180.080.1420.10798.2
8.03-9.842.80.0599.558150.0410.0710.05991.3
9.84-13.9130.05210.748460.0340.060.05298.4
13.91-96.5922.80.0616.125760.0380.0690.06192.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 4.4→96.592 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.13 / 位相誤差: 29.13 / 詳細: The twin fractions were adjusted during refinement
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2515 3571 5.25 %
Rwork0.2247 --
obs0.2331 68039 80.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / Bsol: 59.6 Å2 / ksol: 0.31 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 432.2 Å2 / Biso mean: 108.3886 Å2 / Biso min: 22.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.4→96.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数77534 0 496 0 78030
Biso mean--78.51 --
残基数----9989
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.566
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.784
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A10344X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
12C10344X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
13H10344X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
14J10344X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
15O10344X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
16Q10344X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
17V10344X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
18X10344X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
21B10384X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
22D10384X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
23I10384X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
24K10384X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
25P10384X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
26R10384X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
27W10384X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
28Y10384X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
31E5936X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
32L5936X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
33S5936X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
34Z5936X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
41F3704X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
42G3704X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
43M3704X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
44N3704X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
45T3704X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
46U3704X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
47a3704X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
48b3704X-RAY DIFFRACTION4.695TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)Rfactor Rfree error
4.403-4.47890.2673180.239184520
4.4789-4.56030.2986270.239141234
4.5603-4.6480.3045560.225181443
4.648-4.74290.2487770.2213207150
4.7429-4.8460.2496980.2171254961
4.846-4.95870.2451390.2144311274
4.9587-5.08270.24961540.223344682
5.0827-5.22010.27661800.2361375891
5.2201-5.37360.32551890.2381396194
5.3736-5.5470.3042130.2431387093
5.547-5.74520.30332310.2431383592
5.7452-5.97510.31762600.252375389
5.9751-6.24690.29621750.2541350583
6.2469-6.57610.28372240.25053650870
6.5761-6.98780.28722450.24823884920
6.9878-7.52680.26052480.2449388692
7.5268-8.28330.25452430.22423879910
8.2833-9.47970.22011860.2042356384
9.4797-11.9350.19432250.18753959920
11.935-72.94170.26942380.2689383887

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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