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万見
- PDB-6mza: Solution NMR structure of a putative thioredoxin (trxA) in the re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mza
タイトルSolution NMR structure of a putative thioredoxin (trxA) in the reduced state from Rickettsia prowazekii, the etiological agent responsible for typhus. Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease target RiprA.00029.a
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / INFECTIOUS DISEASES / SSGCID / typhus / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin / protein-disulfide reductase activity / Thioredoxin, conserved site / Thioredoxin family active site. / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thioredoxin
機能・相同性情報
生物種Rickettsia prowazekii (発疹チフスリケッチア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics / simulated annealing
データ登録者Buchko, G.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201200025C 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272200700057C 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Solution NMR structure of reduced Rickettsia prowazekii thioredoxin.
著者: Buchko, G.W. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J.
履歴
登録2018年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02019年12月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Polymer sequence
カテゴリ: entity_poly / pdbx_SG_project ...entity_poly / pdbx_SG_project / pdbx_database_related / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_database_status.SG_entry ..._entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_database_status.SG_entry / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 2.12019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2871
ポリマ－15,2871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Size exclusion chromatography suggests it is a monomer in solution.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin / Trx


分子量: 15287.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia prowazekii (strain Madrid E) (発疹チフスリケッチア)
株: Madrid E / 遺伝子: trxA, RP002 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9ZEE0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HN(CA)CB
131isotropic13D HNCA
141isotropic13D C(CO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CO
191isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
171isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
1103isotropic1DEUTERIUM EXCHANGE
1111isotropic12D 1H-13C HSQC
1122isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution1100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] R29, 93% H2O/7% D2ODouble-labeledSample_193% H2O/7% D2O
solution2100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 0.5 mM [U-10% 13C; U-100% 15N] R29, 93% H2O/7% D2OSample_293% H2O/7% D2O
solution3100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 1 mM DTT, 0.5 mM [U-99% 15N] R29, 100% D2OSample_3100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
100 mMsodium chloridenatural abundance1
20 mMTRISnatural abundance1
1 mMDTTnatural abundance1
0.8 mMR29[U-99% 13C; U-99% 15N]1
100 mMsodium chloridenatural abundance2
20 mMTRISnatural abundance2
1 mMDTTnatural abundance2
0.5 mMR29[U-10% 13C; U-100% 15N]2
100 mMsodium chloridenatural abundance3
20 mMTRISnatural abundance3
1 mMDTTnatural abundance3
0.5 mMR29[U-99% 15N]3
試料状態イオン強度: 0.12 M / Label: cond_1 / pH: 7 / PH err: 0.2 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 750 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger A. T. et.al.精密化
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Sparky3.13Goddardデータ解析
PSVS1.5Bhattacharya and Montelioneデータ解析
Sparky3.13Goddardpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号詳細
torsion angle dynamics2STRUCTURE DETERMINATION WAS PERFORMED ITERATIVELY USING CYANA (AUTOMATED NOESY ASSIGNMENTS). A TOTAL OF 20 STRUCTURES OUT OF 100 WITH LOWEST TARGET FUNCTION FROM THE FINAL CYANA CALCULATION WERE TAKEN AND REFINED BY RESTRAINED MOLECULAR DYNAMICS/ENERGY MINIMIZATION IN EXPLICIT WATER (CNS) AFTER ADDING 0% TO THE UPPER BOUNDARY LIMIT OF THE DISTANCE RESTRAINTS AND THE VDW
simulated annealing1refinement in explicit water. Oberserved clashes due to this refinement process.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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