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万見
- PDB-6mz3: mCherry pH sensitive mutant - M66T (mCherryTYG) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mz3
タイトルmCherry pH sensitive mutant - M66T (mCherryTYG)
要素PAmCherry1 protein
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Fluorescent protein / beta barrel / biosensor
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PAmCherry1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.088 Å
データ登録者Haynes, E.P. / Tantama, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Anal.Chem. / 年: 2019
タイトル: Quantifying Acute Fuel and Respiration Dependent pH Homeostasis in Live Cells Using the mCherryTYG Mutant as a Fluorescence Lifetime Sensor.
著者: Haynes, E.P. / Rajendran, M. / Henning, C.K. / Mishra, A. / Lyon, A.M. / Tantama, M.
履歴
登録2018年11月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PAmCherry1 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5601
ポリマ－30,5601
非ポリマー00
水5,639313
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.806, 42.782, 61.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 PAmCherry1 protein


分子量: 30560.250 Da / 分子数: 1 / 変異: M66T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Discosoma sp. (イソギンチャク)
遺伝子: PAmCherry, PAmCherry1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1MPT3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.32 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 100 mM NaOAc, 30% PEG 4000, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.088 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.088 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.088→19.979 Å / Num. obs: 76260 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.09→1.21 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
autoPROC1.0.5データ収集
XDSデータ削減
Aimless0.5.31データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.088→19.979 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1776 2001 2.62 %
Rwork0.1668 --
obs0.1671 76260 78.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.088→19.979 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1764 0 0 313 2077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9922611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.577753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096270
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006342
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0882-1.11540.4214140.3148569X-RAY DIFFRACTION8
1.1154-1.14550.2933510.27751730X-RAY DIFFRACTION26
1.1455-1.17920.2736760.24812896X-RAY DIFFRACTION43
1.1792-1.21730.21851150.22214017X-RAY DIFFRACTION59
1.2173-1.26080.22391330.20265484X-RAY DIFFRACTION81
1.2608-1.31130.19431740.19156409X-RAY DIFFRACTION95
1.3113-1.37090.20681860.17886531X-RAY DIFFRACTION96
1.3709-1.44320.16811720.17266591X-RAY DIFFRACTION97
1.4432-1.53360.17991750.1686563X-RAY DIFFRACTION97
1.5336-1.65190.16511760.15966426X-RAY DIFFRACTION95
1.6519-1.81810.16441790.16336701X-RAY DIFFRACTION98
1.8181-2.08090.17431810.15386762X-RAY DIFFRACTION99
2.0809-2.62080.16431820.16596781X-RAY DIFFRACTION99
2.6208-19.98230.17551870.15816799X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21780.0323-0.20.48630.02880.2545-0.01260.03060.03760.04480.04510.0433-0.0459-0.00040.00240.10650.0105-0.00120.09420.00070.100836.731921.733620.5692
20.3955-0.0613-0.12820.2244-0.19820.268-0.00720.01490.0716-0.1099-0.03050.0615-0.2221-0.0813-0.00220.11370.0037-0.00010.0923-0.00540.09138.561824.81019.7622
30.1858-0.162-0.01770.1814-0.11530.2787-0.0293-0.0531-0.0274-0.0417-0.046-0.06320.01450.0514-0.17910.0816-0.00620.00640.0815-0.00290.07650.252216.41889.8648
40.14150.0304-0.08820.087-0.01560.3003-0.0048-0.0069-0.0017-0.0006-0.0081-0.0057-0.0118-0.032100.09510.00050.00290.0901-0.00390.09241.222714.21347.5988
50.2192-0.0099-0.13620.4337-0.1740.6073-0.0097-0.0220.00060.00450.0213-0.0094-0.0060.01280.00110.0770.00760.00030.0752-0.00630.076442.432515.082717.5701
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 138 through 192 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 193 through 225 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 4 through 24 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 25 through 72 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 73 through 137 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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