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- PDB-6myc: Room-temperature structure of deuterated Tetdron (isomorph 2) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6myc
タイトルRoom-temperature structure of deuterated Tetdron (isomorph 2)
要素Photoswitchable protein Tetdron
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Tetdron / Photo-Switchable Protein / Beta-Barrel
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / metal ion binding / identical protein binding / Fluorescent protein Dronpa
機能・相同性情報
生物種Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.396 Å
データ登録者Dajnowicz, S. / Kovalevsky, A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Room-temperature in crystallo photo-induced deprotonation and tetramerization of photo-switchable protein Padron2.0
著者: Dajnowicz, S. / Langan, P.S. / Weiss, K.L. / Ivanov, I.N. / Kovalevsky, A.
履歴
登録2018年11月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月18日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / struct / struct_keywords
Item: _entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor ..._entity.pdbx_description / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title / _struct_keywords.text
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photoswitchable protein Tetdron
B: Photoswitchable protein Tetdron
C: Photoswitchable protein Tetdron
D: Photoswitchable protein Tetdron
E: Photoswitchable protein Tetdron
F: Photoswitchable protein Tetdron
G: Photoswitchable protein Tetdron
H: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,6478
ポリマ－203,6478
非ポリマー00
水4,720262
1
A: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4561
ポリマ－25,4561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4561
ポリマ－25,4561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4561
ポリマ－25,4561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4561
ポリマ－25,4561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4561
ポリマ－25,4561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4561
ポリマ－25,4561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4561
ポリマ－25,4561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Photoswitchable protein Tetdron


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4561
ポリマ－25,4561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.988, 138.075, 115.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Photoswitchable protein Tetdron


分子量: 25455.869 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Echinophyllia sp. SC22 (無脊椎動物)
遺伝子: Dronpa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5TLG6*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.01 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM Tris pH 7.5, 0.15 M NaOAc, and 24% w/v polyethylene glycol 4,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 300 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→40 Å / Num. obs: 103458 / % possible obs: 89.5 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 42.6
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.63 / Num. unique obs: 3182 / % possible all: 90.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.396→37.373 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.65
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2108 5210 5.04 %
Rwork0.1527 --
obs0.1556 103458 60.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.396→37.373 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13810 0 0 262 14072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814178
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08319136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.4215206
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581951
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062487
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3963-2.42350.3793800.34261277X-RAY DIFFRACTION24
2.4235-2.4520.4814780.30191558X-RAY DIFFRACTION29
2.452-2.48190.3095880.26651684X-RAY DIFFRACTION31
2.4819-2.51330.3273830.2711817X-RAY DIFFRACTION33
2.5133-2.54640.28141150.27771887X-RAY DIFFRACTION35
2.5464-2.58130.30091170.28232016X-RAY DIFFRACTION37
2.5813-2.61810.3519920.27662133X-RAY DIFFRACTION39
2.6181-2.65720.3071300.26292240X-RAY DIFFRACTION41
2.6572-2.69870.33071350.24912472X-RAY DIFFRACTION45
2.6987-2.74290.27491440.24812550X-RAY DIFFRACTION48
2.7429-2.79020.25611250.23422706X-RAY DIFFRACTION49
2.7902-2.84090.29651600.23292864X-RAY DIFFRACTION53
2.8409-2.89560.29911420.22332960X-RAY DIFFRACTION54
2.8956-2.95460.25291730.22722992X-RAY DIFFRACTION55
2.9546-3.01880.30671690.223159X-RAY DIFFRACTION58
3.0188-3.0890.23671810.20033439X-RAY DIFFRACTION63
3.089-3.16630.22192090.19633672X-RAY DIFFRACTION67
3.1663-3.25180.23072080.17473912X-RAY DIFFRACTION72
3.2518-3.34740.24922090.17314085X-RAY DIFFRACTION75
3.3474-3.45540.21742280.16394352X-RAY DIFFRACTION79
3.4554-3.57880.20012180.15344375X-RAY DIFFRACTION82
3.5788-3.7220.22462440.14684563X-RAY DIFFRACTION83
3.722-3.89120.19852170.14014609X-RAY DIFFRACTION84
3.8912-4.09610.2012270.13744608X-RAY DIFFRACTION84
4.0961-4.35240.21262500.11884518X-RAY DIFFRACTION84
4.3524-4.68790.16062320.0974517X-RAY DIFFRACTION83
4.6879-5.15850.13212650.09654477X-RAY DIFFRACTION82
5.1585-5.90250.16942800.10894361X-RAY DIFFRACTION81
5.9025-7.42690.18442140.13214366X-RAY DIFFRACTION80
7.4269-37.37750.15791970.10374079X-RAY DIFFRACTION75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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