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- PDB-6mwn: Crystal structure of hepatitis A virus IRES domain V in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mwn
タイトルCrystal structure of hepatitis A virus IRES domain V in complex with Fab HAVx
要素
  • Fab HAVx Heavy Chain
  • Fab HAVx Light Chain
  • HAV dV RNA (92-MER)
キーワードRNA/Immune System / RNA / Chaperone Assisted RNA Crystallography / Phage Display / Hepatitis A Virus / IRES / Fab Antibody / RNA-Immune System Complex
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatovirus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.838 Å
データ登録者Koirala, D. / Shao, Y. / Piccirilli, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01AI081987 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM102489 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: A conserved RNA structural motif for organizing topology within picornaviral internal ribosome entry sites.
著者: Koirala, D. / Shao, Y. / Koldobskaya, Y. / Fuller, J.R. / Watkins, A.M. / Shelke, S.A. / Pilipenko, E.V. / Das, R. / Rice, P.A. / Piccirilli, J.A.
履歴
登録2018年10月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年12月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HAV dV RNA (92-MER)
B: HAV dV RNA (92-MER)
C: Fab HAVx Heavy Chain
D: Fab HAVx Light Chain
H: Fab HAVx Heavy Chain
L: Fab HAVx Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,3806
ポリマ－167,3806
非ポリマー00
水3,243180
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, gel filtration, SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15680 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area66420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.149, 100.582, 236.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: RNA鎖 HAV dV RNA (92-MER)


分子量: 29750.332 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Hepatitis A Virus IRES Domain V / 由来: (合成) Hepatovirus A (ウイルス) / 参照: GenBank: 329582
#2: 抗体 Fab HAVx Heavy Chain


分子量: 27588.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Antibody fragment (Fab) that binds to domain V of Hepatitis A Virus IRES
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Fab HAVx Light Chain


分子量: 26351.588 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033202 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033202 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.838→29.607 Å / Num. obs: 42565 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 74.9 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1004 / Rpim(I) all: 0.04158 / Rrim(I) all: 0.1088 / Net I/av σ(I): 13.89 / Net I/σ(I): 13.89
反射 シェル解像度: 2.838→2.94 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.38 / Num. unique obs: 4057 / CC1/2: 0.595 / Rpim(I) all: 0.524 / % possible all: 96.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14)精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Fab BL3-6 4KZE, 3IVK

4kze

3ivk


解像度: 2.838→29.607 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2522 1718 4.04 %
Rwork0.1856 --
obs0.1856 42533 99.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.838→29.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6696 3934 0 180 10810
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911256
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1816184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0036308
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551960
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071366
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8381-2.92150.37211350.30213208X-RAY DIFFRACTION96
2.9215-3.01570.33131410.28163347X-RAY DIFFRACTION100
3.0157-3.12340.36671430.25913387X-RAY DIFFRACTION100
3.1234-3.24830.29221410.21873370X-RAY DIFFRACTION100
3.2483-3.39590.32191430.20333380X-RAY DIFFRACTION100
3.3959-3.57470.24221420.18763395X-RAY DIFFRACTION100
3.5747-3.79820.23831410.17463351X-RAY DIFFRACTION100
3.7982-4.09080.21561440.16293406X-RAY DIFFRACTION100
4.0908-4.50120.22261430.15473415X-RAY DIFFRACTION100
4.5012-5.14960.22481450.14843444X-RAY DIFFRACTION100
5.1496-6.47670.24551460.1773482X-RAY DIFFRACTION100
6.4767-29.6090.25741540.17753630X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2866-0.2283-0.31970.6401-1.14581.9446-0.2525-0.57340.43430.34560.5698-0.0804-0.61940.2693-0.38341.3964-0.1424-0.1031.2299-0.2290.638117.869721.156855.3944
22.55090.01651.23940.68551.43635.43270.1015-0.87370.16610.24090.1716-0.3351-0.7043-0.5719-0.79081.9839-0.07580.17811.26170.01761.038113.380639.023551.5643
31.0943-0.8339-0.82241.0471.29392.32140.0154-0.76380.44590.55550.4105-0.3759-0.96910.1163-0.42721.61030.0392-0.10671.4191-0.20460.750918.388625.503161.1247
41.81151.23950.53193.22320.2291-0.1129-0.12940.49860.0334-0.27840.1409-0.45850.0498-0.1057-0.06940.7140.00690.0860.7179-0.0180.485417.665230.0226-6.4655
50.4741.5215-0.51376.1074-1.79630.85980.60960.53080.25980.8572-0.6627-1.86750.46190.4815-0.07391.0394-0.1545-0.14930.87810.14291.121517.857922.802617.6631
61.08820.05210.42821.27340.8451-0.216-0.01450.50730.079-0.22210.105-0.3936-0.05370.0553-0.21290.8254-0.02680.06890.78620.05940.483915.801617.912-12.616
70.31350.55520.40821.88872.15644.50990.2224-0.96350.65361.33420.1634-1.40350.32530.3638-0.42720.6817-0.1565-0.28570.704-0.18191.242234.47949.684320.1357
81.93060.52310.3744.4282.42544.8140.6699-0.13190.25320.0043-0.3916-1.6640.10070.6631-0.5660.5669-0.0551-0.08440.5668-0.01791.145535.310350.722811.8902
91.74980.7950.55643.52062.43724.76890.1175-0.38440.24080.40760.183-0.87960.00110.0732-0.2270.4868-0.0772-0.11430.51860.01730.996828.146649.053715.1187
100.65850.15450.08510.12920.44271.52390.5650.06940.18420.601-0.1058-0.6216-0.1760.7114-0.03731.5878-0.5157-0.81330.3933-0.50582.305234.88769.769938.7834
111.96020.51850.26346.01691.36625.1441.326-1.03190.37371.67430.3843-0.37250.3798-0.8904-0.16032.088-0.6099-0.36451.48280.29381.105519.573567.285451.076
121.22980.76-0.03633.08051.04081.61610.23870.2159-0.71030.48930.3543-1.08670.15710.41120.07872.3228-0.6263-0.77510.2713-0.71411.320829.67959.964139.4626
133.1169-1.80140.27433.29163.46066.1687-0.19460.1433-0.83211.9106-0.4888-0.85-0.01290.4495-0.08061.4589-0.0698-0.30020.747-0.02641.162323.163865.404438.9025
140.58470.20590.88752.93512.00113.24570.6216-0.6715-0.71572.3624-0.4381-0.81840.87420.37070.48142.778-0.5909-0.14320.83670.09731.037521.178160.919451.2631
150.58-0.81540.39385.50133.323.9570.8812-0.4043-0.2781.00750.7558-1.49951.17711.0536-0.45791.7443-0.4506-0.48921.3754-0.0571.435332.644261.651846.6312
161.4237-1.2267-0.29264.86922.60275.38610.41080.11510.48260.2085-0.33890.3258-0.5394-0.72750.09350.4915-0.0710.03640.60680.0370.68379.297952.907212.6694
171.5492-0.6229-0.42414.88181.75484.83230.3417-0.1590.61560.6688-0.42010.50271.26470.0252-0.03860.6111-0.1346-0.02450.56080.08410.679410.601545.344217.2262
181.3117-0.6348-0.84164.71382.56945.5750.0940.10221.11580.72160.5761-0.49420.6549-0.3348-0.10360.6143-0.0688-0.05870.49420.0280.753114.133451.453215.755
193.1303-2.53251.16232.81391.01575.5135-0.0037-0.81110.39251.61080.59080.2069-0.2822-1.05760.82231.338-0.33340.26990.7463-0.37380.80833.914960.677732.3545
201.92150.3041-1.01322.17692.5594.25221.0937-0.38220.5682.0787-0.2739-0.36280.2811-0.21780.02352.0093-0.2464-0.14730.66-0.12581.07916.788973.461745.2306
212.2370.3486-0.05575.88933.64355.72270.2660.18580.20241.61460.3485-0.5954-1.399-0.3838-0.11651.80130.20830.21850.96150.11160.892113.355171.073638.4381
220.74050.06120.5153.72362.43423.50880.0419-0.40420.88961.2928-0.2209-0.1030.0326-0.1517-0.05921.995-0.21760.00580.9169-0.20571.024114.620678.607947.8373
232.7390.2734-0.33564.15891.92366.42980.2332-0.1588-0.08680.27990.0884-0.8332-0.21350.7155-0.27750.5252-0.1105-0.12490.7853-0.10550.609632.93891.906732.9444
241.37670.7973-0.21771.89133.1617.8868-0.0018-0.5644-0.49110.36180.2178-0.0260.66630.8011-0.4950.58440.1840.05410.67230.05980.977134.3249-18.21359.0913
254.9515-2.07670.01155.96260.19966.63020.59080.64180.2993-0.5959-0.45190.07280.4996-0.4368-0.25160.50810.06570.06650.55140.08250.56418.9751-15.7645-2.7834
263.69110.83081.25122.60980.54935.3288-0.31150.010.4861-0.10810.2585-0.1262-0.25250.3461-0.06370.48910.06740.08750.44430.03850.67926.168-10.73822.9906
272.9121-0.19342.70923.30711.13446.83950.6811-0.5302-0.130.6579-0.40450.0420.86660.08370.14910.6614-0.1240.09260.61670.17220.33897.0322-3.689333.9525
282.35630.49371.5532.92741.50883.36340.0249-0.354-0.06080.31060.0012-0.1219-0.52480.05740.00790.5659-0.00140.01660.5859-0.01880.288211.75574.489332.1127
293.007-2.88-0.66913.03521.26498.3813-0.0259-0.9821-0.43521.48991.1644-1.41-0.3821-0.236-0.13640.7914-0.0192-0.11350.91870.11030.576720.07050.339742.0598
300.62641.40321.03934.03244.25116.78680.0642-0.0275-0.5483-0.24550.2842-0.24510.0237-0.42720.10510.50880.1050.00550.4484-0.06630.45174.0501-8.48316.4931
312.8114-1.8403-0.17395.23721.99193.186-0.0613-0.094-0.0028-0.1280.3195-0.62460.28130.1742-0.1290.50310.00130.07340.32480.00490.471916.4532-21.91373.7842
324.5434-0.6365-0.4634.82691.53082.5781-0.03390.0321-0.431-0.59090.0754-0.06690.1470.0007-0.0460.569-0.05340.11190.43880.03220.430613.8643-24.44834.4602
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 594 through 623 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 624 through 653 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 654 through 684 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 594 through 623 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 624 through 633 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 634 through 684 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 4 through 43 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 44 through 86 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 87 through 125 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 126 through 138 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 139 through 159 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 160 through 171 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 172 through 189 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 190 through 208 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 209 through 228 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 2 through 39 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 40 through 76 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 77 through 102 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 103 through 114 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 115 through 151 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 152 through 173 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 174 through 214 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 4 through 125 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 126 through 138 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 139 through 159 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 160 through 228 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'L' and (resid 2 through 26 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'L' and (resid 27 through 91 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'L' and (resid 92 through 102 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'L' and (resid 103 through 114 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'L' and (resid 115 through 151 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'L' and (resid 152 through 214 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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