PDB-6mw5: UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase with b...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mw5

タイトル

UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase with bound UDP and Platinum

要素

UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / GT-A fold

機能・相同性

機能・相同性情報

glycosyltransferase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pythium ultimum (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Kim, H.W. / Wood, Z.A. / West, C.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: A terminal alpha 3-galactose modification regulates an E3 ubiquitin ligase subunit in Toxoplasma gondii .
著者: Mandalasi, M. / Kim, H.W. / Thieker, D. / Sheikh, M.O. / Gas-Pascual, E. / Rahman, K. / Zhao, P. / Daniel, N.G. / van der Wel, H. / Ichikawa, H.T. / Glushka, J.N. / Wells, L. / Woods, R.J. / ...

履歴

登録	2018年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2020年10月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mw5.cif.gz	114.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mw5.ent.gz	88 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mw8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6mw8-1 5zdb-d 5u0z-d 3vt2-1 4isr-1 5v7a-d 4kbb-2 5u13-d 1iuo-1 4url-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (2) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (2) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase

ヘテロ分子

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase

ヘテロ分子

A: UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: assay for oligomerization, Analytical ultracentrifugation
61.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.780, 83.780, 75.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-416- HOH
2	1	A-427- HOH
3	1	A-453- HOH

#1: タンパク質	UDP-galactose:glucoside-Skp1 alpha-D-galactosyltransferase 分子量: 30105.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pythium ultimum (真核生物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: K3WC47, N-acetyllactosaminide 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION 分子量: 195.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物	ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₂O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 8-12% PEG4000, 0.4M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate PH範囲: 4.0-4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1.85 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.85 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→46.7 Å / Num. obs: 29424 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 13.5 % / B_iso Wilson estimate: 45.2 Å² / Net I/σ(I): 28.6
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 6.2 % / Num. unique obs: 2114 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
PHENIX	(1.13_2998)	位相決定
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
Coot	0.8.6.1	モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.1→46.686 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.67

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2419	1476	5.03 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.1983	29359	97.48 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.686 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1915	0	30	54	1999

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.786	2743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.253	711
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	293
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	345

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1002-2.168	0.4165	129	0.3506	2530	X-RAY DIFFRACTION	97
2.168-2.2455	0.4652	122	0.3548	2266	X-RAY DIFFRACTION	88
2.2455-2.3354	0.5367	124	0.4322	2282	X-RAY DIFFRACTION	88
2.3354-2.4417	0.2833	137	0.229	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4417-2.5704	0.266	142	0.2032	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5704-2.7314	0.2318	138	0.1862	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7314-2.9423	0.2561	133	0.1885	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9423-3.2383	0.2293	133	0.1874	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2383-3.7067	0.2507	137	0.1746	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7067-4.6694	0.1902	142	0.1498	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6694-46.6978	0.1747	139	0.1725	2602	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9163	-0.5645	-0.227	1.473	-0.4067	1.1112	-0.1301	-0.3769	0.2356	0.998	0.0305	0.0789	-0.3512	-0.0275	-0.1264	0.3997	0.0116	0.0799	0.1993	-0.0267	0.255	22.6188	38.8371	24.5716
2	1.2753	0.5343	-0.066	1.05	-0.9471	1.0859	0.3345	-0.5796	0.2661	1.097	-0.3718	0.1718	-0.2363	0.0718	0.0729	0.9097	0.1232	0.0463	0.3717	-0.1459	0.204	22.5823	44.4975	33.3115
3	0.7877	-0.7476	-0.0642	1.513	0.7678	0.6681	-0.2078	-0.7817	-0.3676	1.3046	0.2954	0.1231	0.6145	-0.3406	0.3642	0.6785	0.043	0.2165	0.2684	0.0225	0.2109	22.3885	29.069	26.9659
4	0.4061	-0.4959	0.0165	0.6777	-0.3434	0.6668	-0.1806	0.1874	0.1066	0.1252	0.1216	-0.0122	0.0813	-0.0922	-0.0021	0.2773	-0.0454	0.0809	0.2545	-0.0201	0.2945	21.9459	31.1398	11.3741
5	0.6596	0.2964	0.1856	0.2554	0.1325	0.3464	-0.2301	0.0931	-0.3036	0.3683	0.1124	-0.1582	0.4894	0.044	-0.0232	0.5512	-0.0143	0.1046	0.2128	0.0166	0.3184	26.8997	20.0034	19.7563
6	0.9277	-0.2837	1.5337	0.2533	-0.616	2.7357	-0.4475	0.0621	-0.1568	-0.1768	-0.0402	-0.6652	0.2247	1.1283	-0.1247	0.3944	0.0397	0.1198	0.3888	-0.0069	0.4728	36.59	21.8869	14.2516
7	0.5516	0.0516	-0.2118	0.2731	-0.1347	0.1189	-0.0988	0.3267	-0.0318	-0.2352	-0.078	0.1994	0.1967	-0.2949	-0.113	0.3608	-0.0892	0.1174	0.2079	-0.0547	0.2776	24.0954	25.599	5.7831
8	0.3861	0.0379	-0.4785	0.8152	0.0258	0.4739	0.0892	0.2823	0.1903	-0.0162	0.0461	-0.1974	-0.321	0.1516	0.0053	0.347	-0.0821	0.0556	0.3621	0.0043	0.3889	30.3128	43.4386	6.1702
9	0.3165	-0.1388	0.5062	0.0785	-0.4374	3.0877	0.11	-0.0354	0.2196	0.1357	0.1859	-0.0815	-0.6789	-0.4128	0.1144	0.5477	-0.0323	0.1524	0.172	0.0022	0.4356	23.4975	52.1598	19.2568

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 8 through 48 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 49 through 62 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 63 through 112 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 113 through 147 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 148 through 170 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 171 through 186 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 187 through 206 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 207 through 246 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 247 through 266 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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