+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mw2 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | cyclo-Mle-Phe-Mle-D-Phe. D-Phe analogue of pseudoxylallemycin A. | ||||||
要素 | pseudoxylallemycin A | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / tetrapeptide / cyclic peptide / N-methyl leucine / analogue of pseudoxylallemycin A | ||||||
機能・相同性 | cyclo-Mle-Phe-Mle-D-Phe. D-Phe analogue of pseudoxylallemycin A 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xylaria (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.77 Å | ||||||
データ登録者 | Cameron, A.J. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A. / Squire, C.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2019 タイトル: Investigations of the key macrolactamisation step in the synthesis of cyclic tetrapeptide pseudoxylallemycin A. 著者: Cameron, A.J. / Squire, C.J. / Gerenton, A. / Stubbing, L.A. / Harris, P.W.R. / Brimble, M.A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6mw2.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6mw2.ent.gz | 5.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6mw2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6mw2_validation.pdf.gz | 375.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6mw2_full_validation.pdf.gz | 375.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6mw2_validation.xml.gz | 2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6mw2_validation.cif.gz | 2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mw/6mw2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6mvzC 6mw0C 6mw1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質・ペプチド | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 8.1 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / 詳細: methanol, ethanol, tetrahydrofuran, water |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.71075 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.71075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.77→20.49 Å / Num. obs: 3920 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.013 / Net I/σ(I): 32.1 |
反射 シェル | 解像度: 0.77→0.79 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Mean I/σ(I) obs: 19.1 / Num. unique obs: 290 / CC1/2: 0.992 / Rpim(I) all: 0.034 / % possible all: 95.1 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.77→20.49 Å / 交差検証法: NONE 詳細: Full least squares refinement in SHELXL with anisotropic atomic displacement parameters and riding hydrogens.
| ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.77→20.49 Å
|