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万見
- PDB-6mvp: HCV NS5B 1b N316 bound to Compound 18 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mvp
タイトルHCV NS5B 1b N316 bound to Compound 18
要素Genome polyprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / Hepatitus C / NS5B
機能・相同性
機能・相同性情報


hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase ...hepacivirin / host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated transformation of host cell / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / SH3 domain binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral nucleocapsid / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / symbiont-mediated activation of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : ...Hepatitus C virus, Non-structural 5a protein, C-terminal / Hepatitis C virus NS5A, 1B domain superfamily / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, C-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2, N-terminal domain / Hepatitis C virus non-structural protein NS2 / HCV NS5a protein C-terminal region / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus, Core protein, N-terminal / Hepatitis C virus core protein, chain A superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural protein NS4b / Hepatitis C virus capsid protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS2 / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein / Hepatitis C virus, Non-structural 5a protein, domain 1a / Hepatitis C virus non-structural 5a, 1B domain / NS5A domain 1a superfamily / : / Hepatitis C virus non-structural 5a protein membrane anchor / Hepatitis C virus non-structural 5a zinc finger domain / Hepatitis C virus non-structural 5a domain 1b / NS3 RNA helicase, C-terminal helical domain / Hepacivirus nonstructural protein 2 (NS2) protease domain profile. / Hepatitis C virus, Non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus non-structural protein NS4a / Hepatitis C virus, Core protein, C-terminal / Hepatitis C virus core protein / Hepatitis C virus, Non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus non-structural protein E2/NS1 / Hepatitis C virus, Envelope glycoprotein E1 / Hepatitis C virus envelope glycoprotein E1 / RNA dependent RNA polymerase, hepatitis C virus / Viral RNA dependent RNA polymerase / Hepatitis C virus, NS3 protease, Peptidase S29 / Hepatitis C virus NS3 protease / Hepacivirus/Pegivirus NS3 protease domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K4S / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Hepatitis C virus genotype 1b
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
Model detailsHCV NS5B 1b N316 bound to Compound 18
データ登録者Williams, S.P. / Kahler, K. / Price, D.J. / Peat, A.J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Design of N-Benzoxaborole Benzofuran GSK8175-Optimization of Human Pharmacokinetics Inspired by Metabolites of a Failed Clinical HCV Inhibitor.
著者: Chong, P.Y. / Shotwell, J.B. / Miller, J. / Price, D.J. / Maynard, A. / Voitenleitner, C. / Mathis, A. / Williams, S. / Pouliot, J.J. / Creech, K. / Wang, F. / Fang, J. / Zhang, H. / Tai, V.W. ...著者: Chong, P.Y. / Shotwell, J.B. / Miller, J. / Price, D.J. / Maynard, A. / Voitenleitner, C. / Mathis, A. / Williams, S. / Pouliot, J.J. / Creech, K. / Wang, F. / Fang, J. / Zhang, H. / Tai, V.W. / Turner, E. / Kahler, K.M. / Crosby, R. / Peat, A.J.
履歴
登録2018年10月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Genome polyprotein
B: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,3134
ポリマ－129,2682
非ポリマー1,0452
水9,512528
1
A: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1562
ポリマ－64,6341
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Genome polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1562
ポリマ－64,6341
非ポリマー5221
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.399, 107.311, 126.241
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 563 / Label seq-ID: 3 - 565

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Genome polyprotein


分子量: 64634.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hepatitis C virus genotype 1b (isolate BK) (C型肝炎ウイルス)
株: isolate BK / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26663, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA ...参照: UniProt: P26663, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, hepacivirin, nucleoside-triphosphate phosphatase, RNA helicase, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-K4S / (4-{[5-cyclopropyl-2-(4-fluorophenyl)-3-(methylcarbamoyl)-1-benzofuran-6-yl](methylsulfonyl)amino}phenyl)boronic acid


分子量: 522.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H24BFN2O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.45 % / Mosaicity: 0.448 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M Na Citrate pH5.0, 10% glycerol, 15% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 79393 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 576039
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.077.30.48979170.9871100
2.07-2.157.30.36679221.0021100
2.15-2.2570.28379121.237199.9
2.25-2.3770.24979251.141100
2.37-2.527.50.16779321.0191100
2.52-2.717.50.12479790.9931100
2.71-2.997.50.08979820.9881100
2.99-3.427.40.07580341.0321100
3.42-4.3170.05973960.997191.3
4.31-307.10.04283941.012199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.6.0081精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→29.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 8.907 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.2229 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.223 / ESU R Free: 0.176
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2424 5457 7 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.2197 72491 97.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.07 Å2 / Biso mean: 28.068 Å2 / Biso min: 15.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å2-0 Å20 Å2
2--1.15 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8356 0 74 528 8958
Biso mean--28.08 33.06 -
残基数----1098
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198637
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.21.97111774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.041318530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.32851100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.00323.164335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.855151377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.5771557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.21345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219742
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021941
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 64778 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 401 -
Rwork0.246 5425 -
all-5826 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3835-0.10550.34220.1418-0.08040.89830.0904-0.04180.01640-0.0552-0.02340.1091-0.031-0.03520.052-0.0335-0.01220.0480.01220.011711.58146.03447.082
20.49160.08770.16820.1710.06970.65960.06310.05040.0130.0078-0.03720.02830.04840.0417-0.02590.03040.0247-0.00520.0337-0.01160.0081-11.59946.196-7.851
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 563
2X-RAY DIFFRACTION1A601
4X-RAY DIFFRACTION2B1 - 563
5X-RAY DIFFRACTION2B601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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