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万見
- PDB-6mum: Murine PI3K delta kinsae domain - cpd 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mum
タイトルMurine PI3K delta kinsae domain - cpd 3
要素Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
キーワードTRANSFERASE / PHOSPHOINOSITIDE 3-KINASE / ISOFORM-SPECIFIC INHIBITORS / INFLAMMATORY DISORDERS
機能・相同性
機能・相同性情報


Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex ...Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / Interleukin receptor SHC signaling / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PIP3 activates AKT signaling / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of signaling by CBL / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RET signaling / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol 3-kinase / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / B cell activation / phosphatidylinositol-mediated signaling / B cell homeostasis / homeostasis of number of cells / defense response to fungus / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of angiogenesis / chemotaxis / cell migration / kinase activity / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / cell differentiation / inflammatory response / phosphorylation / negative regulation of gene expression / innate immune response / positive regulation of gene expression / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 ...PI3Kdelta, catalytic domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / PI3-kinase family, p85-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase, adaptor-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase adaptor-binding (PI3K ABD) domain profile. / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K47 / Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Fischmann, T.O.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Structure Overhaul Affords a Potent Purine PI3K delta Inhibitor with Improved Tolerability.
著者: Methot, J.L. / Zhou, H. / Kattar, S.D. / McGowan, M.A. / Wilson, K. / Garcia, Y. / Deng, Y. / Altman, M. / Fradera, X. / Lesburg, C. / Fischmann, T. / Li, C. / Alves, S. / Shah, S. / ...著者: Methot, J.L. / Zhou, H. / Kattar, S.D. / McGowan, M.A. / Wilson, K. / Garcia, Y. / Deng, Y. / Altman, M. / Fradera, X. / Lesburg, C. / Fischmann, T. / Li, C. / Alves, S. / Shah, S. / Fernandez, R. / Goldenblatt, P. / Hill, A. / Shaffer, L. / Chen, D. / Tong, V. / McLeod, R.L. / Yu, H. / Bass, A. / Kemper, R. / Gatto, N.T. / LaFranco-Scheuch, L. / Trotter, B.W. / Guzi, T. / Katz, J.D.
履歴
登録2018年10月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月22日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
B: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,5264
ポリマ－215,6472
非ポリマー8792
水00
1
A: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2632
ポリマ－107,8241
非ポリマー4401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2632
ポリマ－107,8241
非ポリマー4401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.350, 220.680, 78.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.02, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit delta isoform


分子量: 107823.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pik3cd / 細胞株 (発現宿主): SF21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3UDT3, UniProt: O35904*PLUS, phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase
#2: 化合物 ChemComp-K47 / [(3S)-3-{[8-(1-ethyl-5-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-9-methyl-9H-purin-6-yl]oxy}pyrrolidin-1-yl](oxan-4-yl)methanone


分子量: 439.511 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N7O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.87 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M Na-MES pH 6.8, 30 mM Na2HPO4, 5% v/v MPD, 13% w/v PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.055→31.04 Å / Num. obs: 34556 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 105.96 Å2 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.055→3.066 Å / 冗長度: 3.3 % / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
BUSTER2.11.7精密化
BUSTER-TNT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WXF

2wxf


解像度: 3.06→30.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.494
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 1734 5.02 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.232 34523 93.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 97.93 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.8767 Å20 Å2-11.4429 Å2
2--4.8798 Å20 Å2
3---7.9969 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.06→30.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13294 0 64 0 13358
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00826987HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9748785HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5959SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4220HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it26987HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.63
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.47
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1698SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact28123SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.06→3.08 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 -4.92 %
Rwork0.2607 657 -
all0.2657 691 -
obs--97.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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