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- PDB-6mua: Crystal structure of Csm1-Csm4 subcomplex in the type III-A CRISP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mua
タイトルCrystal structure of Csm1-Csm4 subcomplex in the type III-A CRISPR-Csm interference complex
要素
  • Uncharacterized protein Csm1
  • Uncharacterized protein Csm4
キーワードIMMUNE SYSTEM / Type III-A CRISPR-Cas system / Csm1-Csm4 subcomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR type III-associated RAMP protein Csm4 / CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 / Csm1, subunit domain B / Csm1 subunit domain B / HD domain profile. / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / HD domain / HD domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CRISPR system single-strand-specific deoxyribonuclease Cas10/Csm1 (subtype III-A) / CRISPR system Cms protein Csm4
類似検索 - 構成要素
生物種Thermococcus onnurineus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Jia, N. / Patel, D.J.
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Type III-A CRISPR-Cas Csm Complexes: Assembly, Periodic RNA Cleavage, DNase Activity Regulation, and Autoimmunity.
著者: Ning Jia / Charlie Y Mo / Chongyuan Wang / Edward T Eng / Luciano A Marraffini / Dinshaw J Patel /
要旨: Type ΙΙΙ CRISPR-Cas systems provide robust immunity against foreign RNA and DNA by sequence-specific RNase and target RNA-activated sequence-nonspecific DNase and RNase activities. We report on ...Type ΙΙΙ CRISPR-Cas systems provide robust immunity against foreign RNA and DNA by sequence-specific RNase and target RNA-activated sequence-nonspecific DNase and RNase activities. We report on cryo-EM structures of Thermococcus onnurineus Csm binary, Csm-target RNA and Csm-target RNA ternary complexes in the 3.1 Å range. The topological features of the crRNA 5'-repeat tag explains the 5'-ruler mechanism for defining target cleavage sites, with accessibility of positions -2 to -5 within the 5'-repeat serving as sensors for avoidance of autoimmunity. The Csm3 thumb elements introduce periodic kinks in the crRNA-target RNA duplex, facilitating cleavage of the target RNA with 6-nt periodicity. Key Glu residues within a Csm1 loop segment of Csm adopt a proposed autoinhibitory conformation suggestive of DNase activity regulation. These structural findings, complemented by mutational studies of key intermolecular contacts, provide insights into Csm complex assembly, mechanisms underlying RNA targeting and site-specific periodic cleavage, regulation of DNase cleavage activity, and autoimmunity suppression.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein Csm1
B: Uncharacterized protein Csm4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,0962
ポリマ－122,0962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area42230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.433, 156.433, 187.275
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein Csm1


分子量: 89750.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 遺伝子: TON_0893 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YWB8
#2: タンパク質 Uncharacterized protein Csm4


分子量: 32345.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermococcus onnurineus (古細菌) / 遺伝子: TON_0896 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B6YWC1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2, 5% PEG3000, 25% 1,2-propanediol, and 10% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.2051 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2051 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 30293 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.2 % / Rpim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 21.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / Num. unique obs: 2973 / Rpim(I) all: 0.376

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6MUR

6mur


解像度: 2.91→49.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / SU B: 20.502 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27772 1499 5 %RANDOM
Rwork0.22897 ---
obs0.2314 28746 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 91.563 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.97 Å2-0.98 Å20 Å2
2---1.97 Å20 Å2
3---6.38 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.91→49.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7631 0 0 0 7631
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0157826
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0177158
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0621.74610560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.3831.6916751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9455941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.54516.221307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.319151138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0241576
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.5589.1883803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.5589.1883804
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.31413.7614731
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other7.31313.7614731
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4089.6854022
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4079.6864023
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.35614.3235830
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.2368738
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.2358739
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.91→2.985 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 102 -
Rwork0.316 2055 -
obs--98.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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