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- PDB-6mtu: Crystal structure of human Scribble PDZ1:pMCC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtu
タイトルCrystal structure of human Scribble PDZ1:pMCC complex
要素
  • Colorectal mutant cancer protein
  • Protein scribble homolog
キーワードCELL ADHESION / Cell Polarity / MCC / PDZ domain / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation ...extrinsic component of postsynaptic density membrane / neurotransmitter receptor transport postsynaptic membrane to endosome / establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / establishment of apical/basal cell polarity / cochlear nucleus development / synaptic vesicle targeting / Scrib-APC-beta-catenin complex / astrocyte cell migration / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of epithelial cell migration / protein localization to adherens junction / myelin sheath abaxonal region / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / post-anal tail morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / activation of GTPase activity / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / auditory receptor cell stereocilium organization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / positive regulation of receptor recycling / positive chemotaxis / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / receptor clustering / negative regulation of activated T cell proliferation / CDC42 GTPase cycle / immunological synapse / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / signaling adaptor activity / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / adherens junction / wound healing / establishment of protein localization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Wnt signaling pathway / cell-cell adhesion / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of type II interferon production / cell-cell junction / cell migration / presynapse / cell junction / lamellipodium / signaling receptor activity / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / postsynaptic density / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / glutamatergic synapse / signal transduction / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Harmonin-binding protein USHBP1, PDZ-binding domain / Harmonin-binding protein USHBP1-like / Harmonin-binding protein USHBP1, PDZ-binding domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain ...Harmonin-binding protein USHBP1, PDZ-binding domain / Harmonin-binding protein USHBP1-like / Harmonin-binding protein USHBP1, PDZ-binding domain / Leucine Rich Repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Colorectal mutant cancer protein / Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.141 Å
データ登録者Caria, S. / Stewart, B.Z. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
資金援助 オーストラリア, 2件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1103871 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT130101349 オーストラリア
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural analysis of phosphorylation-associated interactions of human MCC with Scribble PDZ domains.
著者: Caria, S. / Stewart, B.Z. / Jin, R. / Smith, B.J. / Humbert, P.O. / Kvansakul, M.
履歴
登録2018年10月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scribble homolog
B: Protein scribble homolog
C: Colorectal mutant cancer protein
D: Colorectal mutant cancer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,10421
ポリマ－26,8344
非ポリマー1,27117
水79344
1
A: Protein scribble homolog
D: Colorectal mutant cancer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,25614
ポリマ－13,4172
非ポリマー83912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1630 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area7680 Å2
手法PISA
2
B: Protein scribble homolog
C: Colorectal mutant cancer protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8487
ポリマ－13,4172
非ポリマー4315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area7210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.600, 53.600, 214.454
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-904-

PEG

21A-1003-

HOH

31A-1017-

HOH

41B-1012-

HOH

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Protein scribble homolog / hScrib / Protein LAP4


分子量: 12437.953 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 700-816 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SCRIB, CRIB1, KIAA0147, LAP4, SCRB1, VARTUL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14160
#2: タンパク質・ペプチド Colorectal mutant cancer protein / Protein MCC


分子量: 978.916 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 822-829 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P23508

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非ポリマー , 5種, 61分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.12 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: Phosphate/citrate, PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月14日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.141→42.884 Å / Num. obs: 8817 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 5.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.141→2.475 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 461 / CC1/2: 0.641 / Rpim(I) all: 0.616 / % possible all: 69.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VWC

5vwc


解像度: 2.141→42.884 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 55.24 / 位相誤差: 26.46
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2549 902 10.24 %Random selection
Rwork0.197 ---
obs0.2066 8810 53.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.141→42.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1611 0 79 44 1734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5162245
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.0021005
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046246
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002290
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1868-2.32380.5829150.3131112X-RAY DIFFRACTION100
2.3238-2.50320.3424450.302355X-RAY DIFFRACTION100
2.5032-2.75510.3249820.2553825X-RAY DIFFRACTION32
2.7551-3.15370.27662260.21631968X-RAY DIFFRACTION75
3.1537-3.97280.22272590.18092301X-RAY DIFFRACTION90
3.9728-42.8840.27092650.19882346X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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