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- PDB-6mtk: Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Elizabethk... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtk
タイトルCrystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
要素Tryptophanyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / SSGCID / Structural Genomics / Elizabethkingia anophelis / BD94_0195 / Tryptophanyl-tRNA synthetase / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


tryptophan-tRNA ligase / tryptophanyl-tRNA aminoacylation / tryptophan-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle ...: / Tryptophan-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tryptophan--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Tryptophanyl-tRNA synthetase from Elizabethkingia anophelis NUHP1
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月19日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: refine_ls_restr
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,5011
ポリマ－37,5011
非ポリマー00
水2,216123
1
A: Tryptophanyl-tRNA synthetase

A: Tryptophanyl-tRNA synthetase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,0022
ポリマ－75,0022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area3480 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area26720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.070, 105.920, 94.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-473-

HOH

21A-499-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Tryptophanyl-tRNA synthetase


分子量: 37500.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Elizabethkingia anophelis NUHP1 (バクテリア)
遺伝子: BD94_0195 / プラスミド: ElanA.00743.a.B1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A077EER2, tryptophan-tRNA ligase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.3 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22.6 mg/mL ElanA.00743.a.B1.PS38400 + Molecular Dimensions Morpheus screen, condition C10 (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 30 mM each NPS, 100 mM bicine/Trizma base, pH 8.5, sodium ...詳細: 22.6 mg/mL ElanA.00743.a.B1.PS38400 + Molecular Dimensions Morpheus screen, condition C10 (10% w/v PEG8000, 20% v/v ethylene glycol, 30 mM each NPS, 100 mM bicine/Trizma base, pH 8.5, sodium nitrate, 0.3 M disodium hydrogen phosphate, 0.3 M ammonium sulfate), cryoprotectant: direct, Tray 299155c10, puck OVZ1-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月14日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.095 Å / Num. obs: 22221 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.517 % / Biso Wilson estimate: 45.669 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.043 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 33.22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2-2.058.3630.5074.1916430.950.5499.9
2.05-2.119.250.3925.7915640.970.41699.7
2.11-2.1710.0960.3047.9215610.9840.32199.7
2.17-2.2410.6060.25110.0214770.9880.26399.3
2.24-2.3111.1910.19412.3214530.9960.20398.9
2.31-2.3912.0150.16315.1114020.9960.17199.2
2.39-2.4813.710.13518.8713460.9980.1498.5
2.48-2.5814.4130.1123.4912920.9990.11498.6
2.58-2.714.4170.09526.6712530.9990.09998.7
2.7-2.8314.4430.07532.5512000.9990.07898.8
2.83-2.9814.4260.06337.8811220.9990.06698.5
2.98-3.1614.3850.05344.9410990.9990.05599.9
3.16-3.3814.270.0456.96102810.04299.8
3.38-3.6514.230.03566.2197010.03799.9
3.65-414.020.03176.1188010.03399.5
4-4.4713.9360.02882.0681510.02999.9
4.47-5.1614.150.02684.6971510.02799.9
5.16-6.3213.8240.02682.3262410.02799.8
6.32-8.9413.5030.02486.6848910.025100
8.94-47.09511.8540.02686.962880.9990.02799

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
ARP/wARPモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3TZL as per MoRDa

3tzl


解像度: 2→47.095 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.03
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2451 1936 8.72 %0
Rwork0.1998 ---
obs0.204 22197 99.24 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 115.07 Å2 / Biso mean: 50.5227 Å2 / Biso min: 23.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2394 0 0 126 2520
Biso mean---48.05 -
残基数----311
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062461
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7683347
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0681490
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0001-2.05010.35791180.273714661584100
2.0501-2.10550.3171980.26114451543100
2.1055-2.16750.31341300.249714571587100
2.1675-2.23740.27021430.23481408155199
2.2374-2.31740.33041230.23981452157599
2.3174-2.41020.3421220.25051438156099
2.4102-2.51990.29521280.23891418154698
2.5199-2.65270.30621350.25721412154798
2.6527-2.81890.33241600.23481427158799
2.8189-3.03650.30731530.23881427158099
3.0365-3.3420.25121530.217714261579100
3.342-3.82540.22721640.178714681632100
3.8254-4.81880.21221320.153514861618100
4.8188-47.1080.18571770.168815311708100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4006-0.52880.29316.7519-1.62811.27860.1519-0.009-0.1207-0.4041-0.2578-0.20510.3056-0.10290.12140.3098-0.05790.01830.31970.00190.266821.725337.4725-0.0774
2-0.8435-0.1968-0.32067.0505-6.35515.9969-0.01080.0769-0.0261-0.01110.29470.3513-0.1212-0.5251-0.38080.456-0.069-0.050.48810.02260.414815.827830.11510.8111
30.5497-0.4292-0.07115.0555-2.08192.36470.0984-0.0043-0.12390.2346-0.3349-0.45610.11040.10450.17760.2645-0.0269-0.03080.2862-0.03350.247323.370318.25168.301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 145 )A0 - 145
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 146 through 214 )A146 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 215 through 321 )A215 - 321

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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