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- PDB-6mtj: Crystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mtj
タイトルCrystal Structure of HIV-1 BG505 SOSIP.664 Prefusion Env Trimer Bound to Small Molecule HIV-1 Entry Inhibitor BMS-378806 in Complex with Human Antibodies 3H109L and 35O22 at 2.9 Angstrom
要素
  • (Envelope glycoprotein ...) x 2
  • 35O22 scFv heavy chain portion
  • 35O22 scFv light chain portion
  • 3H109L Fab heavy chain
  • 3H109L Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM/INHIBITOR / HIV-1 Envelope Prefusion Trimer / Entry Inhibitors / IMMUNE SYSTEM-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-83G / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.336 Å
データ登録者Lai, Y.-T. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Lattice engineering enables definition of molecular features allowing for potent small-molecule inhibition of HIV-1 entry.
著者: Lai, Y.T. / Wang, T. / O'Dell, S. / Louder, M.K. / Schon, A. / Cheung, C.S.F. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Lin, B. / McKee, K. / Peng, D. / Yang, Y. / Zhang, B. / Herschhorn, A. / Sodroski, J. ...著者: Lai, Y.T. / Wang, T. / O'Dell, S. / Louder, M.K. / Schon, A. / Cheung, C.S.F. / Chuang, G.Y. / Druz, A. / Lin, B. / McKee, K. / Peng, D. / Yang, Y. / Zhang, B. / Herschhorn, A. / Sodroski, J. / Bailer, R.T. / Doria-Rose, N.A. / Mascola, J.R. / Langley, D.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2018年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Envelope glycoprotein gp160
D: 35O22 scFv heavy chain portion
E: 35O22 scFv light chain portion
G: Envelope glycoprotein gp160
H: 3H109L Fab heavy chain
L: 3H109L Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,16326
ポリマ－147,8616
非ポリマー8,30220
水1,36976
1
B: Envelope glycoprotein gp160
D: 35O22 scFv heavy chain portion
E: 35O22 scFv light chain portion
G: Envelope glycoprotein gp160
H: 3H109L Fab heavy chain
L: 3H109L Fab light chain
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein gp160
D: 35O22 scFv heavy chain portion
E: 35O22 scFv light chain portion
G: Envelope glycoprotein gp160
H: 3H109L Fab heavy chain
L: 3H109L Fab light chain
ヘテロ分子

B: Envelope glycoprotein gp160
D: 35O22 scFv heavy chain portion
E: 35O22 scFv light chain portion
G: Envelope glycoprotein gp160
H: 3H109L Fab heavy chain
L: 3H109L Fab light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)468,48978
ポリマ－443,58418
非ポリマー24,90560
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)132.180, 132.180, 316.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11G-728-

HOH

21G-729-

HOH

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要素

-
Envelope glycoprotein ... , 2種, 2分子 BG

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 17146.482 Da / 分子数: 1 / 断片: gp41 / 変異: I559P, A605C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6
#4: タンパク質 Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 54021.250 Da / 分子数: 1 / 断片: gp120 / 変異: N137A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6

-
抗体 , 4種, 4分子 DEHL

#2: 抗体 35O22 scFv heavy chain portion


分子量: 14663.281 Da / 分子数: 1 / 変異: E10T, L11T, K12T, A16S, I68N, K83T, F84S, / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 35O22 scFv light chain portion


分子量: 12358.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 3H109L Fab heavy chain


分子量: 26255.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 3H109L Fab light chain


分子量: 23416.145 Da / 分子数: 1 / 変異: E184M, S188M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
糖 , 5種, 19分子

#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1072.964 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#9: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#10: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-2)-alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1721.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-2DManpa1-2DManpa1-3[DManpa1-2DManpa1-6[DManpa1-3]DManpa1-6]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,10,9/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-g1_d2-e1_e2-f1_g3-h1_g6-i1_i2-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(2+1)][a-D-Manp]{}}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#11: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 77分子

#12: 化合物 ChemComp-83G / 1-[(2R)-4-(benzenecarbonyl)-2-methylpiperazin-1-yl]-2-(4-methoxy-1H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-3-yl)ethane-1,2-dione / BMS-378806


分子量: 406.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H22N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#13: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.2 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 75mM Imidazole pH6.5 3.75% MPD 6.25% PEG 3,350 150mM LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 71849 / % possible obs: 54 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 28.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.139 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.155 / Χ2: 0.72 / Net I/σ(I): 6 / Num. measured all: 355894
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.33-2.371.70.6651010.4910.5850.8890.5381.5
2.37-2.412.21.4012720.3911.1181.8010.644.1
2.41-2.462.50.6064380.6620.4410.7520.6626.6
2.46-2.512.70.6216140.7480.430.7580.5749.3
2.51-2.563.10.758300.7220.4850.8980.58312.5
2.56-2.623.50.8210800.7480.4970.9630.58416.2
2.62-2.693.80.85413480.7290.4860.9880.62520.3
2.69-2.7640.96717040.7830.5371.1120.62825.4
2.76-2.844.20.72421060.8550.390.8260.61231.9
2.84-2.944.40.67826390.8750.3560.7680.63639.5
2.94-3.044.50.67933850.9250.3550.7690.63751.4
3.04-3.164.50.63746650.9250.330.720.6670
3.16-3.314.80.6464010.9080.3230.7180.6696.2
3.31-3.485.30.47466440.950.2320.5290.6899.9
3.48-3.75.40.31366320.9560.1530.3490.729100
3.7-3.985.40.23866520.9640.1170.2660.8199.8
3.98-4.385.40.18166680.970.090.2030.88599.9
4.38-5.025.30.14766510.9610.0730.1650.9299.8
5.02-6.325.40.11966740.970.0570.1320.71199.9
6.32-505.10.08763450.9840.0410.0960.50494.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.336→43.266 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 29.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2815 2544 4.96 %
Rwork0.233 48765 -
obs0.2354 51309 38.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 145.83 Å2 / Biso mean: 39.8407 Å2 / Biso min: 0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.336→43.266 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9639 0 548 76 10263
Biso mean--56.43 23.84 -
残基数----1243
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3362-2.38110.275220.339249511
2.3811-2.42970.268870.38571711782
2.4297-2.48250.3338140.37312492634
2.4825-2.54030.4869220.38614054276
2.5403-2.60380.4297310.38955826138
2.6038-2.67420.4626410.367374878911
2.6742-2.75280.3433470.382494799414
2.7528-2.84170.3199560.35291157121317
2.8417-2.94320.3363730.32231418149120
2.9432-3.0610.3949910.33381750184125
3.061-3.20030.39391100.29392139224931
3.2003-3.3690.38651390.26722655279438
3.369-3.580.3241790.24623542372151
3.58-3.85620.3222830.23455587587080
3.8562-4.2440.26653630.23016935729899
4.244-4.85740.22733690.19986920728999
4.8574-6.1170.24083680.209169387306100
6.117-43.27350.24953490.20756573692294

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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