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- PDB-6mt2: Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase from Medicago trun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mt2
タイトルCrystal structure of Inorganic Pyrophosphatase from Medicago truncatula (I23 crystal form)
要素Soluble inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / pyrophosphate / PPA / autoproteolysis
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
inorganic diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Ruszkowski, M. / Grzechowiak, M. / Dauter, Z.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of plant inorganic pyrophosphatase, an enzyme with a moonlighting autoproteolytic activity.
著者: Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sliwiak, J. / Szpotkowski, K. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.
履歴
登録2018年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Soluble inorganic pyrophosphatase
B: Soluble inorganic pyrophosphatase
C: Soluble inorganic pyrophosphatase
D: Soluble inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,6254
ポリマ－98,6254
非ポリマー00
水1,38777
1
A: Soluble inorganic pyrophosphatase
B: Soluble inorganic pyrophosphatase

A: Soluble inorganic pyrophosphatase
B: Soluble inorganic pyrophosphatase

A: Soluble inorganic pyrophosphatase
B: Soluble inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,9376
ポリマ－147,9376
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area17680 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area39750 Å2
手法PISA
2
C: Soluble inorganic pyrophosphatase
D: Soluble inorganic pyrophosphatase

C: Soluble inorganic pyrophosphatase
D: Soluble inorganic pyrophosphatase

C: Soluble inorganic pyrophosphatase
D: Soluble inorganic pyrophosphatase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,9376
ポリマ－147,9376
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area12920 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area42450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)235.202, 235.202, 235.202
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-322-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Soluble inorganic pyrophosphatase


分子量: 24656.223 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Medicago truncatula (タルウマゴヤシ)
遺伝子: 25500596, MTR_8g024050
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: A0A072TMB0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.45 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 4% Tacsimate pH 6.0, 12% PEG 3350 crystal after 3 months 20% Ethylene glycol as cryoprotectant MtPPA1 at 16.3 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月11日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. obs: 48141 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 16 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rrim(I) all: 0.14 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 2.89→3.07 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 1.7 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 7620 / CC1/2: 0.65 / Rrim(I) all: 1.8 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4lug

4lug


解像度: 2.89→48.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 20.492 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.2 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19529 1060 2.2 %RANDOM
Rwork0.17227 ---
obs0.17278 47082 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.382 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.89→48.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5737 0 0 77 5814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0195883
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.461.9747968
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.944313003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7285703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.74824.786280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.796151040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8871525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216498
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021259
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6226.5442830
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6216.5442829
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.4759.7973527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.4759.7983528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9417.0113053
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9417.0123054
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.98910.3384442
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.37151.2436212
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.3751.2356207
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.892→2.967 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.488 75 -
Rwork0.459 3329 -
obs--96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.55040.24180.01991.54270.67560.31720.0440.02490.00130.1755-0.0374-0.03120.0937-0.0311-0.00660.1504-0.0336-0.08150.0921-0.02490.10834.0816.03841.398
21.0420.54380.43980.32930.39180.8840.09260.0524-0.02190.06040.0864-0.0891-0.01120.1898-0.17890.1511-0.0323-0.11530.1857-0.11690.223663.70738.18344.875
30.66930.14430.24171.92120.58060.74860.00880.00880.027-0.18010.0531-0.20410.03710.0625-0.06190.15360.0233-0.01790.0633-0.00560.104936.601-9.89720.209
40.5754-0.38410.43981.3118-0.23721.5995-0.2998-0.19080.06850.14340.1842-0.0769-0.1469-0.13640.11560.25250.1245-0.12530.18420.02680.171641.559-28.02655.241
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A29 - 208
2X-RAY DIFFRACTION2B30 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3C33 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4D33 - 210

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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