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- PDB-6msq: Crystal structure of pRO-2.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6msq
タイトルCrystal structure of pRO-2.3
要素pRO-2.3
キーワードDE NOVO PROTEIN / Computational Design / helical bundle
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Boyken, S.E. / Sankaran, B. / Bick, M.J. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: De novo design of tunable, pH-driven conformational changes.
著者: Boyken, S.E. / Benhaim, M.A. / Busch, F. / Jia, M. / Bick, M.J. / Choi, H. / Klima, J.C. / Chen, Z. / Walkey, C. / Mileant, A. / Sahasrabuddhe, A. / Wei, K.Y. / Hodge, E.A. / Byron, S. / ...著者: Boyken, S.E. / Benhaim, M.A. / Busch, F. / Jia, M. / Bick, M.J. / Choi, H. / Klima, J.C. / Chen, Z. / Walkey, C. / Mileant, A. / Sahasrabuddhe, A. / Wei, K.Y. / Hodge, E.A. / Byron, S. / Quijano-Rubio, A. / Sankaran, B. / King, N.P. / Lippincott-Schwartz, J. / Wysocki, V.H. / Lee, K.K. / Baker, D.
履歴
登録2018年10月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月29日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct.title
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年3月18日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pRO-2.3
B: pRO-2.3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9782
ポリマ－16,9782
非ポリマー00
水4,522251
1
A: pRO-2.3

A: pRO-2.3

A: pRO-2.3


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Protein elutes as a monodisperse peak at the expected volume for the homotrimer., SAXS, experimental curve matches the theoretical curve for the homotrimer
  • 25.5 kDa, 3 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4663
ポリマ－25,4663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
2
B: pRO-2.3

B: pRO-2.3

B: pRO-2.3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4663
ポリマ－25,4663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area6180 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.566, 50.566, 130.753
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-156-

HOH

21B-156-

HOH

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要素

#1: タンパク質 pRO-2.3


分子量: 8488.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2M di-sodium tartrate and 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.999913 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月26日
放射モノクロメーター: Double-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999913 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→43.79 Å / Num. obs: 48515 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 3.554 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2430 / CC1/2: 0.428 / Rpim(I) all: 1.536 / Rrim(I) all: 3.88 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3112: ???)精密化
XDSJun 17, 2015データ削減
XDSJun 17, 2015データスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Computational Design Model

解像度: 1.28→43.79 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1944 1657 4.08 %
Rwork0.1726 --
obs0.1736 40645 83.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→43.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1145 0 0 251 1396
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071182
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7311605
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.755446
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044202
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005209
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.28-1.31770.5024900.49982183X-RAY DIFFRACTION56
1.3177-1.36020.4191980.392412X-RAY DIFFRACTION62
1.3602-1.40880.45921260.40082797X-RAY DIFFRACTION72
1.4088-1.46520.31141190.30312710X-RAY DIFFRACTION71
1.4652-1.53190.34631250.25053018X-RAY DIFFRACTION77
1.5319-1.61270.21141420.16373430X-RAY DIFFRACTION88
1.6127-1.71370.18181380.15453599X-RAY DIFFRACTION93
1.7137-1.84610.1931590.16453653X-RAY DIFFRACTION94
1.8461-2.03180.19781660.17393668X-RAY DIFFRACTION94
2.0318-2.32580.18451650.15343795X-RAY DIFFRACTION98
2.3258-2.93020.16171720.1523886X-RAY DIFFRACTION100
2.9302-43.81730.16761570.15533837X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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