+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6msi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12 | ||||||
![]() | TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12 | ||||||
![]() | ANTIFREEZE / ANTIFREEZE POLYPEPTIDE / MUTANT / ICE BINDING PROTEIN / THERMAL HYSTERESIS PROTEIN / GLYCOPROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Deluca, C.I. / Davies, P.L. / Ye, Q. / Jia, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The effects of steric mutations on the structure of type III antifreeze protein and its interaction with ice. 著者: DeLuca, C.I. / Davies, P.L. / Ye, Q. / Jia, Z. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 21.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 13.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 377.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 377.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6996.325 Da / 分子数: 1 / 変異: A16R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 4.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED IN 50-55% AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4-4.5 PH範囲: 4-4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jia, Z.,(1995) Protein Sci., 4, 1236. / PH range low: 4.5 / PH range high: 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月11日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 8057 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 20.96 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.71 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.53 / Rsym value: 0.39 / % possible all: 89.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 7041 / Num. measured all: 26882 / Rmerge(I) obs: 0.067 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ISOMORPHOUS 開始モデル: 1MSI 解像度: 1.65→50 Å / 交差検証法: FREE-R REFINEMENT / σ(F): 1
| ||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→50 Å
| ||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 最高解像度: 1.65 Å / Total num. of bins used: 8 | ||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 7041 / Rfactor obs: 0.215 / Rfactor Rfree: 0.28 | ||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |