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- PDB-6mrv: Sialidase26 co-crystallized with DANA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mrv
タイトルSialidase26 co-crystallized with DANA
要素Sialidase26
キーワードHYDROLASE / Sialidase / microbiome / Neu5Ac / sialic acid / inflammation / Neu5Ac2en / DANA
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity
類似検索 - 分子機能
Sialidase, N-terminal / N-terminal domain of BNR-repeat neuraminidase / Immunoglobulin-like - #1290 / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase ...Sialidase, N-terminal / N-terminal domain of BNR-repeat neuraminidase / Immunoglobulin-like - #1290 / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種unidentified bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Zuniga, C. / Chang, G. ...Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Zuniga, C. / Chang, G. / Varki, A. / Zengler, K.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1444435 米国
引用
ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Gut bacteria responding to dietary change encode sialidases that exhibit preference for red meat-associated carbohydrates.
著者: Zaramela, L.S. / Martino, C. / Alisson-Silva, F. / Rees, S.D. / Diaz, S.L. / Chuzel, L. / Ganatra, M.B. / Taron, C.H. / Secrest, P. / Zuniga, C. / Huang, J. / Siegel, D. / Chang, G. / Varki, A. / Zengler, K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2018年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42020年4月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.type
改定 1.52020年7月29日Group: Derived calculations / カテゴリ: struct_site / struct_site_gen / 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Sialidase26
A: Sialidase26
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,9994
ポリマ－123,4162
非ポリマー5832
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4450 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area37200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.040, 116.700, 113.636
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.338, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Space group name HallC2y(x,y,-x+z)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#4: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Sialidase26


分子量: 61708.102 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) unidentified bacterium (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4S2B4D9*PLUS
#2: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 6000, 0.1 M Tris-HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.99995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→60.78 Å / Num. obs: 106390 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 17.76 Å2 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BOSデータ収集
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX1.13_2998位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q6K

4q6k


解像度: 1.8→60.78 Å / SU ML: 0.2345 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 23.206
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2292 9376 4.92 %
Rwork0.2023 --
obs0.2036 106029 90.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→60.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8134 0 40 421 8595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00388360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.780111348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05051279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421455
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.49914996
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.820.36982940.33875897X-RAY DIFFRACTION88.33
1.82-1.840.34892890.32335892X-RAY DIFFRACTION88.38
1.84-1.860.31953150.30865903X-RAY DIFFRACTION88.8
1.86-1.890.32593230.29115897X-RAY DIFFRACTION88.35
1.89-1.910.27563280.27865889X-RAY DIFFRACTION88.75
1.91-1.940.30863280.28015935X-RAY DIFFRACTION89.06
1.94-1.970.26982850.26935927X-RAY DIFFRACTION89.19
1.97-20.29413190.25155976X-RAY DIFFRACTION89.19
2-2.030.25753210.2465969X-RAY DIFFRACTION89.69
2.03-2.060.26332810.24586008X-RAY DIFFRACTION89.61
2.06-2.10.27573370.24955934X-RAY DIFFRACTION89.75
2.1-2.130.28422970.23476009X-RAY DIFFRACTION90.19
2.13-2.180.2713380.23085967X-RAY DIFFRACTION90.08
2.18-2.220.2543150.2195993X-RAY DIFFRACTION89.91
2.22-2.270.24512870.20856025X-RAY DIFFRACTION90.38
2.27-2.320.21693000.20516097X-RAY DIFFRACTION90.31
2.32-2.380.22713330.20286019X-RAY DIFFRACTION90.61
2.38-2.440.23893110.20596060X-RAY DIFFRACTION90.88
2.44-2.510.2163200.19856054X-RAY DIFFRACTION90.8
2.51-2.60.22572770.20016151X-RAY DIFFRACTION91.38
2.6-2.690.22653020.20546026X-RAY DIFFRACTION91.35
2.69-2.80.25013240.19636131X-RAY DIFFRACTION91.6
2.8-2.920.2172530.19946177X-RAY DIFFRACTION91.83
2.92-3.080.24963180.20056114X-RAY DIFFRACTION91.81
3.08-3.270.21873110.20756179X-RAY DIFFRACTION92.16
3.27-3.520.20253340.19786048X-RAY DIFFRACTION91.43
3.52-3.880.21693210.17886096X-RAY DIFFRACTION91.03
3.88-4.440.17523270.14786107X-RAY DIFFRACTION92.24
4.44-5.590.16253400.12796420X-RAY DIFFRACTION96.23
5.59-60.810.17473480.15256445X-RAY DIFFRACTION96.86

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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