PDB-6mra: Diversity in the type II Natural Killer T cell receptor repertoir...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mra

タイトル

Diversity in the type II Natural Killer T cell receptor repertoire and antigen specificity leads to differing CD1d docking strategies

要素

TCR alpha chain
TCR beta-chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / NKT cells / CD1d molecule / microbial lipid antigen

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sundararaj, S. / Le Nours, J. / Praveena, T. / Rossjohn, J.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Distinct CD1d docking strategies exhibited by diverse Type II NKT cell receptors.
著者: Almeida, C.F. / Sundararaj, S. / Le Nours, J. / Praveena, T. / Cao, B. / Burugupalli, S. / Smith, D.G.M. / Patel, O. / Brigl, M. / Pellicci, D.G. / Williams, S.J. / Uldrich, A.P. / Godfrey, D.I. / Rossjohn, J.

履歴

登録	2018年10月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2019年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mra.cif.gz	184.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mra.ent.gz	151.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mra.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mra_validation.pdf.gz	427.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mra_full_validation.pdf.gz	430.4 KB	表示
XML形式データ	6mra_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	6mra_validation.cif.gz	33.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mra ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mra	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mssC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dfv-1 6lir-2 4uat-d 2q86-1 6xqq-1 6fur-2 4g8f-d 5wjo-1 6dfq-3 5iw1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TCR alpha chain

B: TCR beta-chain

50.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.447, 74.229, 115.578
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	TCR alpha chain 分子量: 22644.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	TCR beta-chain 分子量: 27412.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 481 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 10-20% PEG3350 4% tacsimate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→45.6 Å / Num. obs: 47656 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.9 % / B_iso Wilson estimate: 24.37 Å² / R_pim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 16.2
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.6 % / Num. unique obs: 6830 / R_pim(I) all: 0.308 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→45.46 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU R Cruickshank DPI: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.115 / SU R_free Blow DPI: 0.111 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.105

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	2408	5.06 %	RANDOM
R_work	0.181	-	-	-
obs	0.183	47590	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2206 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.607 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.3864 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.7→45.46 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3235	0	0	481	3716

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	3390	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.06	4644	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1538	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		599	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		3390	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	4.14
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.51
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		446	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4221	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.71 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2643	-	5.67 %
R_work	0.2157	898	-
all	0.2186	952	-
obs	-	-	99.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4051	1.1363	0.0682	1.4792	-0.0418	0.2696	-0.0695	-0.0509	-0.2556	-0.0945	0.0228	-0.176	0.0923	-0.003	0.0467	-0.0384	0.0015	0.0284	-0.038	0.0101	-0.0373	38.7407	73.4161	4.3462
2	0.5027	0.5193	-0.2434	0.9377	-0.3621	0.4865	0.0539	-0.0579	-0.0295	0.1069	-0.0577	-0.0259	-0.0519	-0.0489	0.0038	-0.0489	0.0199	0.0092	0.0122	0.017	-0.0692	33.4259	78.4396	21.579

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)