PDB-6mr3: Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superf...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6mr3

タイトル

Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superfamily protein from Streptococcus mutans

要素

Putative competence-damage inducible protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / ALPHA/BETA PROTEIN / COMPETENCE / DAMAGE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTUAL GENOMICS / MCSG / PSI-BIOLOGY / PUTATIVE nicotinamide mononucleotide deamidase / NMN / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Competence-induced protein CinA / CinA, KH domain / Damage-inducible protein CinA KH domain / CinA-like / CinA, C-terminal / CinA-like, C-terminal / Competence-damaged protein / Maf protein / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Streptococcus mutans serotype c (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Cuff, M. / Xu, X. / Cui, H. / Di Leo, R. / Yim, V. / Chin, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superfamily protein from Streptococcus mutans
著者: Stogios, P.J.

履歴

登録	2018年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年5月13日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6mr3.cif.gz	311.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6mr3.ent.gz	261.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6mr3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6mr3_validation.pdf.gz	456.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6mr3_full_validation.pdf.gz	467.7 KB	表示
XML形式データ	6mr3_validation.xml.gz	34.1 KB	表示
CIF形式データ	6mr3_validation.cif.gz	48.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mr3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2i1v-d 2dwo-d 2ziv-d 1g8f-d 4hoq-d 2axn-d 3qpv-d 5dxj-1 1x9z-d 5gkd-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative competence-damage inducible protein

B: Putative competence-damage inducible protein

C: Putative competence-damage inducible protein

ヘテロ分子

138 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative competence-damage inducible protein

ヘテロ分子

B: Putative competence-damage inducible protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative competence-damage inducible protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.030, 54.507, 111.013
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative competence-damage inducible protein 分子量: 46067.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159) (バクテリア) 株: ATCC 700610 / UA159 / 遺伝子: cinA, SMU_2086 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q8DRX2
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M bis-tris ph5.5, 0.2M ammonium acetate, 25%PEG3350, papain protease

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97904 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97904 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 54303 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.7 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.49
反射シェル	解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Num. unique obs: 2619 / R_sym value: 0.482 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
直接法		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.05→41.212 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 20.82 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2152	1735	3.77 %	RANDOM
R_work	0.1857	-	-	-
obs	0.1868	45969	98.02 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 1.1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→41.212 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5635	0	4	536	6175

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	5730
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.777	7728
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.22	2122
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	905
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	982

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.1233	0.2447	166	0.2156	4239	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1233-2.2083	0.2667	167	0.2057	4278	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2083-2.3088	0.2379	172	0.1967	4359	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3088-2.4305	0.2399	171	0.1953	4381	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4305-2.5828	0.2189	174	0.1987	4417	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5828-2.7821	0.218	175	0.2003	4459	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7821-3.062	0.229	175	0.1995	4462	X-RAY DIFFRACTION	99
3.062-3.5049	0.2307	177	0.1922	4502	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5049-4.415	0.1847	178	0.1648	4533	X-RAY DIFFRACTION	100
4.415-41.2207	0.1942	180	0.1691	4604	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2571	2.4071	0.5403	2.5356	2.5451	4.398	-0.1578	-0.2956	-0.136	0.3583	-0.1695	-0.7041	0.5069	0.9077	0.2511	0.258	0.0302	-0.0334	0.5152	0.1825	0.4016	42.7305	16.1869	75.1605
2	5.1091	2.5362	-0.7157	4.0337	-0.3067	3.9197	-0.0072	-0.7742	0.0631	0.2854	-0.4401	-1.3261	-0.3871	1.2608	0.3756	0.3403	-0.522	-0.1928	0.6978	0.3628	0.9408	52.6472	27.2759	73.8929
3	0.9631	-1.4053	1.2992	3.1787	-1.2502	2.1199	-0.0367	-0.2735	-0.9325	0.1516	-0.3538	-0.8859	0.4064	0.944	0.0356	0.4381	0.104	-0.0997	0.9404	0.3935	0.7655	47.6162	15.5446	76.1448
4	3.9297	-1.3381	2.8137	2.1248	-2.3635	5.1893	-0.0914	-0.5799	-0.1122	0.4691	-0.1038	-0.3236	-0.2498	0.3867	0.0685	0.3111	-0.0447	-0.0509	0.4076	0.0706	0.2427	34.0437	21.8456	74.8833
5	2.1097	0.2295	-0.5484	3.7546	-1.5765	2.3824	0.0711	-0.1408	0.1088	0.1431	-0.0408	0.1177	-0.1074	-0.0688	-0.0476	0.0914	-0.005	-0.0122	0.1201	-0.0239	0.1185	20.8828	32.3644	53.2833
6	3.3046	-1.2807	-1.8281	3.665	-0.0077	3.5598	0.0096	-0.0657	0.1999	0.1456	-0.1272	-0.2943	-0.1157	0.0201	0.0243	0.1612	-0.0497	-0.0446	0.2152	-0.0079	0.2363	32.7188	36.5296	55.2164
7	7.0615	-1.7664	-3.5884	4.8421	2.4508	2.8413	0.0809	-0.274	0.2989	0.4424	-0.0315	-0.107	-0.0251	-0.3107	-0.0235	0.1619	-0.0054	-0.0504	0.238	0.03	0.1694	30.1029	29.5588	64.2418
8	3.759	1.0888	-0.9281	0.3433	-0.309	3.6474	0.1868	0.2913	-0.0488	0.2204	0.0335	0.7895	0.0355	-0.5334	-0.1829	0.3104	-0.0752	0.1138	0.2685	0.0198	0.5913	-27.9468	23.0863	54.7949
9	3.2302	0.2889	-0.035	2.7804	-0.952	5.4186	0.4327	-0.4907	0.2961	0.5655	-0.0541	0.6813	-0.1798	-0.2631	-0.3006	0.4297	-0.1357	0.1924	0.3125	-0.097	0.4668	-28.4952	26.9935	61.8594
10	3.4307	0.3835	-1.0168	2.5012	-0.5107	2.8729	-0.0022	-0.1305	-0.1231	0.3218	-0.0491	0.3565	0.0661	-0.0761	0.0266	0.1525	0.0023	0.0222	0.1203	-0.0147	0.2238	-14.6707	47.0408	49.5895
11	4.9075	-1.5307	-2.7912	4.046	1.4124	4.4118	-0.0331	0.0661	-0.054	0.0201	0.0247	-0.1133	-0.0812	0.1831	0.0018	0.1105	-0.0098	-0.0637	0.1392	0.0096	0.1911	3.3596	46.2459	44.6008
12	5.8965	3.0558	3.1773	8.1299	3.5583	4.4379	0.0135	0.2619	-0.7755	-0.0341	0.3903	-0.2617	0.2981	0.3307	-0.2917	0.1558	0.0001	0.0037	0.1099	-0.0327	0.315	-3.0503	34.5141	43.9456
13	6.1135	-0.0875	-1.7166	6.7933	0.1354	6.5331	0.2246	-0.5632	-0.3582	0.6976	0.0299	-0.1244	0.2919	0.0492	-0.2935	0.1552	-0.0462	0.0079	0.1033	0.0206	0.2537	-10.8427	37.9475	51.9623
14	2.4586	0.5824	0.3151	5.2753	4.7395	4.4855	-0.012	-0.0516	-0.0183	0.9692	0.1268	0.3621	1.8873	0.1187	0.0484	1.334	0.1321	0.0222	0.4632	-0.0904	0.2354	-5.3819	-27.6705	78.518
15	6.5719	5.5408	3.3435	7.8244	2.3044	3.7899	0.0534	-0.0453	0.1142	-0.3478	0.0581	0.1664	0.3162	0.0195	-0.1074	0.6088	0.1167	-0.0369	0.5849	-0.0901	0.2726	-4.4199	-18.3726	73.1729
16	5.9145	-1.7684	-0.7222	4.6802	1.3663	4.7981	-0.1208	0.1562	0.7059	-0.0946	-0.1818	0.0763	-0.5012	-0.1852	0.2614	0.4035	0.0304	-0.0844	0.3163	-0.015	0.3627	3.8098	5.6172	89.3638
17	6.8352	-0.3982	-0.5257	7.1134	-0.7598	2.7681	-0.0882	-0.2284	0.0157	0.2968	-0.063	0.7001	-0.223	-0.3091	0.1556	0.2899	0.0221	0.0064	0.3349	-0.1036	0.2909	-3.8375	-4.2481	90.4325

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 174 through 187 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 188 through 200 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 201 through 226 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 227 through 279 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 280 through 355 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 356 through 391 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 392 through 418 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 174 through 214 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 215 through 254 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 255 through 308 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 309 through 355 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 356 through 391 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 392 through 418 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 174 through 226 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 227 through 271 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 272 through 355 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 356 through 414 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)