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Yorodumi- PDB-6mr3: Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superf... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mr3 | ||||||
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Title | Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superfamily protein from Streptococcus mutans | ||||||
Components | Putative competence-damage inducible protein | ||||||
Keywords | STRUCTURAL GENOMICS / ALPHA/BETA PROTEIN / COMPETENCE / DAMAGE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTUAL GENOMICS / MCSG / PSI-BIOLOGY / PUTATIVE nicotinamide mononucleotide deamidase / NMN / Midwest Center for Structural Genomics | ||||||
Function / homology | Function and homology information Competence-induced protein CinA / CinA, KH domain / Damage-inducible protein CinA KH domain / CinA-like / CinA, C-terminal / CinA-like, C-terminal / Competence-damaged protein / Maf protein / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily ...Competence-induced protein CinA / CinA, KH domain / Damage-inducible protein CinA KH domain / CinA-like / CinA, C-terminal / CinA-like, C-terminal / Competence-damaged protein / Maf protein / MoaB/Mog domain / MoaB/Mog-like domain superfamily / Probable molybdopterin binding domain / Probable molybdopterin binding domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Streptococcus mutans serotype c (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Stogios, P.J. / Cuff, M. / Xu, X. / Cui, H. / Di Leo, R. / Yim, V. / Chin, S. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: Crystal structure of the competence-damaged protein (CinA) superfamily protein from Streptococcus mutans Authors: Stogios, P.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mr3.cif.gz | 311.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mr3.ent.gz | 261.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mr3.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mr3_validation.pdf.gz | 456.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mr3_full_validation.pdf.gz | 467.7 KB | Display | |
Data in XML | 6mr3_validation.xml.gz | 34.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6mr3_validation.cif.gz | 48.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mr3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mr/6mr3 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 46067.746 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Streptococcus mutans serotype c (strain ATCC 700610 / UA159) (bacteria) Strain: ATCC 700610 / UA159 / Gene: cinA, SMU_2086 / Plasmid: p15Tv lic / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / References: UniProt: Q8DRX2 #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1M bis-tris ph5.5, 0.2M ammonium acetate, 25%PEG3350, papain protease |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97904 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Dec 21, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97904 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→50 Å / Num. obs: 54303 / % possible obs: 99.2 % / Redundancy: 4.7 % / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 13.49 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→1.98 Å / Redundancy: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.41 / Num. unique obs: 2619 / Rsym value: 0.482 / % possible all: 98.2 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.05→41.212 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / Phase error: 20.82 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 1.1 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→41.212 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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