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- PDB-6mpx: Twelve chloride ions induce formation and stabilize the NC1 hexam... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mpx
タイトルTwelve chloride ions induce formation and stabilize the NC1 hexamer of collagen IV assembled from transition state trimers
要素fusion protein of non-collagenous domains of collagen type IV
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


retinal blood vessel morphogenesis / collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / renal tubule morphogenesis / Crosslinking of collagen fibrils / glomerular basement membrane development / Collagen chain trimerization / platelet-derived growth factor binding / basement membrane organization / Extracellular matrix organization ...retinal blood vessel morphogenesis / collagen type IV trimer / Anchoring fibril formation / renal tubule morphogenesis / Crosslinking of collagen fibrils / glomerular basement membrane development / Collagen chain trimerization / platelet-derived growth factor binding / basement membrane organization / Extracellular matrix organization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Laminin interactions / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / Signaling by PDGF / NCAM1 interactions / blood vessel morphogenesis / Scavenging by Class A Receptors / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / extracellular matrix structural constituent / neuromuscular junction development / branching involved in blood vessel morphogenesis / endodermal cell differentiation / Collagen degradation / Non-integrin membrane-ECM interactions / basement membrane / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / epithelial cell differentiation / negative regulation of angiogenesis / extracellular matrix organization / response to activity / cellular response to amino acid stimulus / brain development / angiogenesis / collagen-containing extracellular matrix / molecular adaptor activity / endoplasmic reticulum lumen / DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Collagen IV, non-collagenous / Collagen IV, non-collagenous domain superfamily / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagen / Collagen IV carboxyl-terminal non-collagenous (NC1) domain profile. / C-terminal tandem repeated domain in type 4 procollagens / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Collagen alpha-1(IV) chain / Collagen alpha-2(IV) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Bauer, R. / Boudko, S.P. / Hudson, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)RDK18381-45 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)5T32DK007569-30 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: A chloride ring is an ancient evolutionary innovation mediating the assembly of the collagen IV scaffold of basement membranes.
著者: Pedchenko, V. / Bauer, R. / Pokidysheva, E.N. / Al-Shaer, A. / Forde, N.R. / Fidler, A.L. / Hudson, B.G. / Boudko, S.P.
履歴
登録2018年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年5月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fusion protein of non-collagenous domains of collagen type IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,19822
ポリマ－76,3101
非ポリマー1,88821
水7,927440
1
A: fusion protein of non-collagenous domains of collagen type IV
ヘテロ分子

A: fusion protein of non-collagenous domains of collagen type IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,39644
ポリマ－152,6192
非ポリマー3,77642
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area17000 Å2
ΔGint-365 kcal/mol
Surface area39360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.160, 121.160, 106.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 fusion protein of non-collagenous domains of collagen type IV / Collagen alpha-2(IV) chain / Collagen alpha-1(IV) chain


分子量: 76309.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COL4A1, COL4A2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P02462, UniProt: P08572

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非ポリマー , 7種, 461分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.75 % / Mosaicity: 0.63 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: .085 M HEPES (pH 7.5), 1.68 M ammonium sulfate, and 1.5% (w/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年3月16日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→85.673 Å / Num. all: 62515 / Num. obs: 62515 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 28.9 Å2 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.129 / Rsym value: 0.122 / Net I/av σ(I): 3.6 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 558146
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
1.9-290.4431.790000.1540.470.443100
2-2.1290.3072.485610.1060.3250.307100
2.12-2.2790.2263.280240.0770.2390.226100
2.27-2.4590.1923.574990.0650.2030.192100
2.45-2.6990.1624.169390.0540.1710.162100
2.69-390.144.662800.0460.1470.14100
3-3.4790.134.855840.0430.1370.1399.9
3.47-4.258.90.115.747450.0360.1160.1199.8
4.25-6.018.80.0956.737310.0320.1010.09599.7
6.01-40.3878.10.0619.821520.0210.0650.06198.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LI1

1li1


解像度: 1.9→39.893 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 16.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1767 3162 5.07 %
Rwork0.1478 --
obs0.1492 62346 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.23 Å2 / Biso mean: 35.159 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→39.893 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5187 0 106 440 5733
Biso mean--49.92 41.76 -
残基数----673
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.92840.25741440.209925212665100
1.9284-1.95850.25261380.189825502688100
1.9585-1.99060.21831180.171325802698100
1.9906-2.02490.20561320.17225202652100
2.0249-2.06180.23421460.164625332679100
2.0618-2.10140.21741770.16624942671100
2.1014-2.14430.20991270.157125502677100
2.1443-2.19090.19961290.158925462675100
2.1909-2.24190.1931480.149325582706100
2.2419-2.29790.1751180.155725602678100
2.2979-2.36010.22121340.162525432677100
2.3601-2.42950.21021330.153725592692100
2.4295-2.50790.18351580.153625242682100
2.5079-2.59750.17741310.143126052736100
2.5975-2.70150.19261350.145125332668100
2.7015-2.82440.18371460.147125782724100
2.8244-2.97330.17111290.147625752704100
2.9733-3.15950.15421280.14425962724100
3.1595-3.40330.17581250.141526062731100
3.4033-3.74560.16921370.129326092746100
3.7456-4.28710.13751350.124226282763100
4.2871-5.39910.12791400.12782655279599
5.3991-39.90210.19461540.18022761291598
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.6292 Å / Origin y: 24.2647 Å / Origin z: 17.6963 Å
111213212223313233
T0.2685 Å2-0.016 Å20.0037 Å2-0.3011 Å2-0.0011 Å2--0.1846 Å2
L0.9891 °2-0.0738 °20.0334 °2-1.2002 °2-0.0358 °2--0.5587 °2
S-0.0143 Å °-0.3134 Å °0.0107 Å °0.2452 Å °0.0369 Å °0.0397 Å °0.0088 Å °-0.0699 Å °-0.0181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resseq 4:676)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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