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万見
- PDB-6moz: Structure of acid-beta-glucosidase in complex with an aromatic py... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6moz
タイトルStructure of acid-beta-glucosidase in complex with an aromatic pyrrolidine iminosugar inhibitor
要素Glucosylceramidase
キーワードHYDROLASE / TIM-BARREL / GLYCOSIDASE / CEREZYME / HYDROLYSIS / INHIBITOR COMPLEX / PHARMACOLOGICAL CHAPERONE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / : / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration ...positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / : / termination of signal transduction / galactosylceramidase / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / sphingosine biosynthetic process / microglial cell proliferation / regulation of TOR signaling / glucosyltransferase activity / lipid storage / response to thyroid hormone / ceramide biosynthetic process / microglia differentiation / Glycosphingolipid catabolism / pyramidal neuron differentiation / lipid glycosylation / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / positive regulation of protein-containing complex disassembly / motor behavior / neuromuscular process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / hematopoietic stem cell proliferation / lysosome organization / response to dexamethasone / response to testosterone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / antigen processing and presentation / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / establishment of skin barrier / regulation of macroautophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / negative regulation of MAP kinase activity / cell maturation / : / cholesterol metabolic process / cellular response to starvation / lysosomal lumen / respiratory electron transport chain / determination of adult lifespan / trans-Golgi network / negative regulation of inflammatory response / autophagy / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / neuron apoptotic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / lysosomal membrane / signaling receptor binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JXA / PHOSPHATE ION / Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Patterson-Orazem, A.C. / Lieberman, R.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)021205 米国
引用ジャーナル: Bioorg.Chem. / 年: 2019
タイトル: Exploring substituent diversity on pyrrolidine-aryltriazole iminosugars: Structural basis of beta-glucocerebrosidase inhibition.
著者: Martinez-Bailen, M. / Carmona, A.T. / Patterson-Orazem, A.C. / Lieberman, R.L. / Ide, D. / Kubo, M. / Kato, A. / Robina, I. / Moreno-Vargas, A.J.
履歴
登録2018年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucosylceramidase
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,45044
ポリマ－111,2802
非ポリマー2,16942
水2,018112
1
A: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,82021
ポリマ－55,6401
非ポリマー1,18020
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucosylceramidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,62923
ポリマ－55,6401
非ポリマー98922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)110.280, 285.010, 91.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-637-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Glucosylceramidase / Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / D-glucosyl-N- ...Acid beta-glucosidase / Alglucerase / Beta-glucocerebrosidase / Beta-GC / D-glucosyl-N-acylsphingosine glucohydrolase / Imiglucerase


分子量: 55640.168 Da / 分子数: 2 / 変異: R514H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC, GLUC / 器官 (発現宿主): OVARY
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 152分子

#3: 化合物...
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-JXA / (2R,3S,4R)-2-{[4-(3,5-dichlorophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]methyl}pyrrolidine-3,4-diol


分子量: 329.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H14Cl2N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: HEPES pH 7.5, monobasic sodium phosphate and monobasic potassium phosphate
Temp details: room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→45.8 Å / Num. obs: 84382 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1092 / Rpim(I) all: 0.0304 / Rrim(I) all: 0.1134 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.12 Å / 冗長度: 14.2 % / Rmerge(I) obs: 0.6151 / CC1/2: 0.97 / Rpim(I) all: 0.1689 / Rrim(I) all: 0.6381 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX(1.11.1_2575)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NSX

2nsx


解像度: 2.1→45.8 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2278 3831 2.36 %
Rwork0.1998 --
obs0.2005 84382 99.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→45.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7851 0 117 112 8080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0078222
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86111230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.0966608
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0531217
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061439
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12660.35061420.30595890X-RAY DIFFRACTION100
2.1266-2.15460.37371420.29035858X-RAY DIFFRACTION100
2.1546-2.18410.32181440.2735917X-RAY DIFFRACTION100
2.1841-2.21530.36641360.26945868X-RAY DIFFRACTION100
2.2153-2.24840.30861430.26395902X-RAY DIFFRACTION100
2.2484-2.28350.31391440.24645873X-RAY DIFFRACTION100
2.2835-2.32090.29121420.24185863X-RAY DIFFRACTION100
2.3209-2.3610.31381420.2385859X-RAY DIFFRACTION100
2.361-2.40390.25011400.23515902X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.45010.24631450.21675885X-RAY DIFFRACTION100
2.4501-2.50010.24721420.22365819X-RAY DIFFRACTION100
2.5001-2.55450.29711430.22895860X-RAY DIFFRACTION99
2.5545-2.61390.28191400.23085858X-RAY DIFFRACTION99
2.6139-2.67930.29591450.22835850X-RAY DIFFRACTION100
2.6793-2.75170.27331390.21975910X-RAY DIFFRACTION100
2.7517-2.83270.25741370.2315840X-RAY DIFFRACTION100
2.8327-2.92410.24261430.21955940X-RAY DIFFRACTION100
2.9241-3.02860.24581390.22655885X-RAY DIFFRACTION100
3.0286-3.14980.26581370.22415877X-RAY DIFFRACTION100
3.1498-3.29310.24631390.21825903X-RAY DIFFRACTION100
3.2931-3.46670.20991440.20275873X-RAY DIFFRACTION100
3.4667-3.68380.22531380.17995897X-RAY DIFFRACTION100
3.6838-3.96810.19951490.16425878X-RAY DIFFRACTION100
3.9681-4.36720.15121410.15355901X-RAY DIFFRACTION100
4.3672-4.99850.1381440.14035859X-RAY DIFFRACTION100
4.9985-6.29530.21141460.17295895X-RAY DIFFRACTION100
6.2953-47.26410.19381450.1835881X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.628 Å / Origin y: 325.2127 Å / Origin z: -1.2092 Å
111213212223313233
T0.2917 Å20.0193 Å20.0274 Å2-0.2513 Å20.0108 Å2--0.2368 Å2
L0.1799 °20.0856 °20.0612 °2-0.1988 °20.0299 °2--0.2245 °2
S-0.0023 Å °-0.0231 Å °-0.0048 Å °0.0537 Å °0.0049 Å °0.0257 Å °-0.1587 Å °-0.0087 Å °-0.0026 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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