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万見
- PDB-6mos: Structure of thioredoxin 1 from the thermophilic eubacterium Ther... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mos
タイトルStructure of thioredoxin 1 from the thermophilic eubacterium Thermosipho africanus TCF52B
要素Thioredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / thermophile / Thermosipho africanus / protein stability / catalysis
機能・相同性Thioredoxin / Thioredoxin domain / Thioredoxin-like superfamily / Thioredoxin
機能・相同性情報
生物種Thermosipho africanus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.80013732031 Å
データ登録者Sahtout, N. / Kuttiyatveetil, J.R. / Sanders, D.A.R.
引用
ジャーナル: Biochim Biophys Acta Proteins Proteom / 年: 2019
タイトル: Structure and function of the putative thioredoxin 1 from the thermophilic eubacterium Thermosipho africanus strain TCF52B.
著者: Sahtout, N. / Kuttiyatveetil, J.R.A. / Sanders, D.A.R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Putative thioredoxin Trx1 from Thermosipho africanus strain TCF52B: expression, purification and structural determination using S-SAD.
著者: Sahtout, N. / Kuttiyatveetil, J.R. / Fodje, M. / Sanders, D.A.
履歴
登録2018年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0122
ポリマ－13,8491
非ポリマー1631
水37821
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area210 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area5800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.454, 41.023, 55.822
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin


分子量: 13848.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermosipho africanus (strain TCF52B) (バクテリア)
株: TCF52B / 遺伝子: THA_37 / 細胞株 (発現宿主): BL21-CodonPlus-RIL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7IEN1
#2: 化合物 ChemComp-TAM / TRIS(HYDROXYETHYL)AMINOMETHANE / 3-アミノ-3-(2-ヒドロキシエチル)-1,5-ペンタンジオ-ル


分子量: 163.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.55 % / 解説: large irregular-shaped trapezoid crystals
結晶化温度: 289 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.2 M MgCl2 , 0.1 M bis-tris pH 6.5, 25%(w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→41.02 Å / Num. obs: 8989 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 25.4388546055 Å2 / Net I/σ(I): 28.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique obs: 1198 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称分類
autoPROCデータ収集
SCALAデータスケーリング
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.80013732031→33.0566043115 Å / SU ML: 0.154539013252 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.33595773055 / 位相誤差: 30.8445965544
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24563185947 433 4.84123434705 %
Rwork0.210661817761 --
obs0.212317242433 8944 98.8396507901 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.5232942362 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.80013732031→33.0566043115 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数730 0 11 21 762
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00623932333739761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.843075747141028
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0544356261178120
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00405494837583127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2951731028485
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8001-2.06060.2753319768721350.1905398229592728X-RAY DIFFRACTION96.722972973
2.0606-2.5960.2781803368731420.2369815435932819X-RAY DIFFRACTION99.7977755308
2.596-33.06220.230478433371560.2050981594022964X-RAY DIFFRACTION99.935938501

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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