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- PDB-6mn8: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Onchocerca volvu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mn8
タイトルCrystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Onchocerca volvulus with bound Halofuginone and nucleotide
要素Uncharacterized protein
キーワードLIGASE / SSGCID / ProRS / ATP-binding / aminoacylation / halofuginone / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


proline-tRNA ligase / proline-tRNA ligase activity / prolyl-tRNA aminoacylation / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) ...Proline-tRNA ligase, class IIa / Prolyl-tRNA synthetase, catalytic domain / Proline-tRNA ligase, class II, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Prolyl-tRNA synthetase, C-terminal / Proline-tRNA ligase, class IIa, archaeal-type / Prolyl-tRNA synthetase, class II / Anticodon-binding domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (G/ P/ S/T) / tRNA synthetase class II core domain (G, H, P, S and T) / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / Anticodon-binding domain superfamily / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDODIPHOSPHORIC ACID / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / GLYCINE / Chem-HFG / SERINE / proline--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Onchocerca volvulus (回旋糸状虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Prolyl-tRNA Synthetase from Onchocerca volvulus with bound Halofuginone and nucleotide
著者: Dranow, D.M. / Conrady, D.G. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,14812
ポリマ－58,2191
非ポリマー1,92911
水2,972165
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,29724
ポリマ－116,4392
非ポリマー3,85822
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_445x-y-1/3,-y-2/3,-z+1/31
Buried area9200 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area30920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.720, 159.720, 143.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 58219.285 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 54-550 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Onchocerca volvulus (回旋糸状虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2K6VKP7

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非ポリマー , 8種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-HFG / 7-bromo-6-chloro-3-{3-[(2R,3S)-3-hydroxypiperidin-2-yl]-2-oxopropyl}quinazolin-4(3H)-one / Halofuginone / (+)-ハロフギノン


分子量: 414.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H17BrClN3O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid, 薬剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-2PN / IMIDODIPHOSPHORIC ACID / イミドジホスファ-ト


分子量: 176.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5NO6P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#8: 化合物 ChemComp-SER / SERINE / セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 105.093 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: OnvoA.17194.a.B5.PW38185 at 17 mg/ml was incubated with 2 mM halofuginone, AMPPNP, and MgCl2, then was mixed 1:1 Morpheus(h12): 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0. ...詳細: OnvoA.17194.a.B5.PW38185 at 17 mg/ml was incubated with 2 mM halofuginone, AMPPNP, and MgCl2, then was mixed 1:1 Morpheus(h12): 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) MPD, 0.02 M each sodium L-glutamate, DL-alanine, glycine, DL-lysine HCl, DL-serine, 0.1 M bicine/Trizma base, pH=8.5. Tray: 389737h12, puck: lte2-7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月5日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→42.276 Å / Num. obs: 29419 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.479 % / Biso Wilson estimate: 43.814 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.003 / Net I/σ(I): 19.16 / Num. measured all: 278849 / Scaling rejects: 5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.419.5480.5983.9721660.9070.632100
2.41-2.489.5180.4924.7821020.9390.52100
2.48-2.559.5580.4285.5220320.9520.453100
2.55-2.639.5390.3367.0319790.9670.355100
2.63-2.719.5270.2957.9919430.9740.312100
2.71-2.819.5820.2349.8118690.9850.248100
2.81-2.929.5230.18912.0917910.9890.199100
2.92-3.039.5350.1613.8717390.9930.169100
3.03-3.179.50.12717.2216750.9950.134100
3.17-3.329.5380.09920.8315900.9970.105100
3.32-3.59.510.08125.3315110.9970.086100
3.5-3.729.5030.06630.1514460.9980.07100
3.72-3.979.520.05533.5513530.9980.059100
3.97-4.299.4440.05136.7112670.9980.054100
4.29-4.79.4640.04540.7411670.9990.048100
4.7-5.269.4030.04441.5810540.9980.04799.9
5.26-6.079.3120.04839.439450.9980.05100
6.07-7.439.2380.04739.558040.9980.0599.9
7.43-10.519.0390.0444.316220.9990.043100
10.51-42.2768.1480.0445.033640.9990.04397.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HVC

4hvc


解像度: 2.35→42.276 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 16.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1795 1710 6 %
Rwork0.1416 --
obs0.1438 28483 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.16 Å2 / Biso mean: 44.2288 Å2 / Biso min: 16.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→42.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3185 0 118 165 3468
Biso mean--56.67 45.67 -
残基数----399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073401
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8774635
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3312004
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3502-2.41940.23151280.18342121224992
2.4194-2.49740.20751170.17062116223393
2.4974-2.58670.20561410.15862133227494
2.5867-2.69020.2211390.15352181232096
2.6902-2.81260.19451330.15422215234896
2.8126-2.96090.17391540.15172225237997
2.9609-3.14640.20951530.14682230238398
3.1464-3.38920.19821640.14362250241499
3.3892-3.73010.15811590.12962266242599
3.7301-4.26940.14581380.12182303244199
4.2694-5.37720.15911310.116323452476100
5.3772-42.28280.18561530.16292388254199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.49821.6631-1.50335.6815-0.24348.95410.1332-0.55010.19930.8720.0285-0.1503-0.4122-0.167-0.15990.42510.0721-0.05190.3214-0.03830.3927-42.179-21.841.64
20.65010.09370.26791.39650.77313.913-0.061-0.25410.11030.0989-0.07610.1111-0.0579-0.46870.14590.23070.04090.01210.22780.02770.2658-46.036-37.14927.989
32.4315-2.33491.55252.5248-0.55434.4945-0.2070.01220.0945-0.13420.0327-0.377-0.17020.46910.1710.28830.00110.02010.2470.00670.2678-32.507-44.03813.114
41.7126-0.0427-0.39281.0680.58942.83970.0073-0.08530.088-0.00170.0105-0.0796-0.09930.0702-0.03560.1594-0.01030.00520.16280.03970.2097-35.11-42.78813.902
51.0425-1.8202-2.20525.86314.70877.50490.2440.22060.1178-0.5682-0.166-0.2426-0.6652-0.4078-0.19440.30870.0843-0.03110.32070.0920.3593-48.647-27.93610.173
61.0076-0.8374-1.10271.54511.84473.92810.038-0.04050.0985-0.15970.0861-0.0853-0.298-0.0215-0.17050.21430.0187-0.01130.25720.04750.3113-46.256-32.72416.748
73.3327-0.0226-0.84423.14920.92952.0269-0.0298-0.5689-0.05860.41740.07340.4548-0.0652-0.6973-0.01430.34050.12990.05880.62040.03030.3922-65.545-29.83644.576
89.31715.5486-5.42187.2317-4.48557.26750.25520.24881.020.17950.23020.4993-0.684-0.3878-0.48180.33910.1837-0.01250.420.03140.3789-58.973-18.58125.196
92222-5.205624.9588-6.8972-9.754211.86377.973-15.48569.390415.173-12.91390.92690.2487-0.1231.1106-0.17230.8487-57.029-38.14545.05
1022-9.2444223.7117-0.308313.0111-6.917-10.4387-5.2956-3.241811.1624-6.03765.62751.09440.43680.09141.0813-0.18920.7169-45.681-39.51642.447
11222222-4.37870.8381-17.5861-8.4896-1.2184-19.73014.689124.09635.6320.92510.07710.10521.84-0.16161.065-54.386-15.58538.987
122-3.741722221.1028-1.1932-2.5089-0.2772-0.61116.6210.06222.2866-0.56690.74070.1994-0.17881.29190.31661.0414-17.158-50.51830.772
135.99284.4854-3.35284.9822-0.66973.9587-4.21120.93446.7034-2.46850.84160.8266-19.0204-24.80873.41181.38580.2847-0.25081.3927-0.08841.1184-61.571-32.65420.098
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 47:72 )A47 - 72
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 73:109 )A73 - 109
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 110:138 )A110 - 138
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 139:216 )A139 - 216
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 217:267 )A217 - 267
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 268:353 )A268 - 353
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 354:438 )A354 - 438
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 439:461 )A439 - 461
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 607:607 )A607
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 608:608 )A608
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 609:609 )A609
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 610:610 )A610
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 611:611 )A611

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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