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Yorodumi- PDB-6mls: Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with 4-hydro... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mls | ||||||
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Title | Citrobacter freundii tyrosine phenol-lyase complexed with 4-hydroxypyridine and aminoacrylate from L-tyrosine | ||||||
Components | (Tyrosine phenol- ...) x 2 | ||||||
Keywords | LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / aminotransferase fold | ||||||
Function / homology | Function and homology information tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Citrobacter freundii (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.77 Å | ||||||
Authors | Phillips, R.S. | ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2020 Title: Pressure and Temperature Effects on the Formation of Aminoacrylate Intermediates of Tyrosine Phenol-lyase Demonstrate Reaction Dynamics Authors: Phillips, R.S. / Craig, S. / Kovalevsky, A. / Gerlits, O. / Weiss, K. / Iorgu, A.I. / Heyes, D.J. / Hay, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mls.cif.gz | 433 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mls.ent.gz | 352.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mls.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mls_validation.pdf.gz | 1001.8 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6mls_full_validation.pdf.gz | 1014.5 KB | Display | |
Data in XML | 6mls_validation.xml.gz | 42 KB | Display | |
Data in CIF | 6mls_validation.cif.gz | 62.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ml/6mls | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6mmeC 6mo3C 6mpdC 6mqqC 6nv8C 2vlfS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Tyrosine phenol- ... , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 51508.754 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Citrobacter freundii (bacteria) / Gene: tpl / Plasmid: pLATE11-TPL / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase |
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#2: Protein | Mass: 51736.871 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Citrobacter freundii (bacteria) / Gene: tpl / Plasmid: pLATE11-TPL / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase |
-Non-polymers , 5 types, 626 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-0JO / | #6: Chemical | ChemComp-P33 / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.77 Å3/Da / Density % sol: 55.63 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 0.05 M triethanolamine-HCl, pH 8.0, 0.2 M KCl, 0.5 mM PLP, 1 mM DTT, 36-40% PEG 5000 MME |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jun 15, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.77→55.049 Å / Num. obs: 111770 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 20.171 % / Biso Wilson estimate: 40.519 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rrim(I) all: 0.131 / Χ2: 1.074 / Net I/σ(I): 13.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2VLF Resolution: 1.77→55.049 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.16
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 141.3 Å2 / Biso mean: 45.8956 Å2 / Biso min: 20.17 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.77→55.049 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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