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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6mkv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Retinal-bound holo Q108K:K40L:T51W domain-swapped dimer of human cellular retinol binding protein 2 | ||||||
![]() | Retinol-binding protein 2 | ||||||
![]() | LIPID BINDING PROTEIN / iLBP / Protein Switch / CYTOSOLIC PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() vitamin A metabolic process / retinoid binding / retinal binding / retinol binding / epidermis development / fatty acid transport / Retinoid metabolism and transport / fatty acid binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ghanbarpour, A. / Geiger, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineering the hCRBPII Domain-Swapped Dimer into a New Class of Protein Switches. 著者: Ghanbarpour, A. / Pinger, C. / Esmatpour Salmani, R. / Assar, Z. / Santos, E.M. / Nosrati, M. / Pawlowski, K. / Spence, D. / Vasileiou, C. / Jin, X. / Borhan, B. / Geiger, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 97.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 944.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 951.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6e50C ![]() 6e51C ![]() 6e5eC ![]() 6e5qC ![]() 6e5rC ![]() 6e5sC ![]() 6e6lC ![]() 6e7mC ![]() 6mcuC ![]() 6mcvC ![]() 6mlbC ![]() 6on5C ![]() 6on7C ![]() 6on8C ![]() 2rcqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15667.587 Da / 分子数: 4 / 変異: Q108K,K40L,T51W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Bacterial expression vector pBEN1-SGC (その他) 参照: UniProt: P50120 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.8 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000, Sodium acetate, Ammonium acetate / PH範囲: 4-4.8 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.107→39.17 Å / Num. obs: 29781 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.109 / Net I/σ(I): 14.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.107→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 2740 / Rrim(I) all: 0.66 / % possible all: 91.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2RCQ 解像度: 2.107→39.167 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.78
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.107→39.167 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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