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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mke
タイトルCrystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase from Naegleria fowleri with bound FK506
要素Peptidylprolyl isomerase
キーワードISOMERASE / SSGCID / peptidylprolyl isomerase / Naegleria fowleri / FK506 / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chitinase A; domain 3 - #40 / : / Chitinase A; domain 3 / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / peptidylprolyl isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Peptidylprolyl Isomerase from Naegleria fowleri with bound FK506
著者: Dranow, D.M. / Bertolin, B.A. / Fox III, D. / Lorimer, D.D. / Horanyi, P.S. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidylprolyl isomerase
B: Peptidylprolyl isomerase
C: Peptidylprolyl isomerase
D: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0418
ポリマ－56,8254
非ポリマー3,2164
水6,918384
1
A: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0102
ポリマ－14,2061
非ポリマー8041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0102
ポリマ－14,2061
非ポリマー8041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0102
ポリマ－14,2061
非ポリマー8041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Peptidylprolyl isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,0102
ポリマ－14,2061
非ポリマー8041
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.050, 60.160, 73.340
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.120, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Peptidylprolyl isomerase


分子量: 14206.163 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
遺伝子: NF0084240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2H4A315, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-FK5 / 8-DEETHYL-8-[BUT-3-ENYL]-ASCOMYCIN / K506 / タクロリムス


分子量: 804.018 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C44H69NO12 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.93 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: NafoA.18272.a.B1.PS38284 at 22.7 mg/ml was incubated with 5 mM FK-506, then was mixed 1:1 MCSG1(e12): 2.4 M sodium malonate, pH=7.0. Tray: 303683e12, puck: pvb8-5.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月2日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→48.683 Å / Num. obs: 31313 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 16.751 % / Biso Wilson estimate: 30.287 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rrim(I) all: 0.062 / Χ2: 0.914 / Net I/σ(I): 37 / Num. measured all: 524516 / Scaling rejects: 9290
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.05-2.112.2540.2598.4128257239823060.9820.2796.2
2.1-2.1613.8010.2339.9430777229022300.990.24297.4
2.16-2.2214.0680.3549.4329374225520880.9720.36892.6
2.22-2.2912.3970.17135.4725290216620400.9890.17994.2
2.29-2.3716.060.24413.1129631213718450.9910.25286.3
2.37-2.4517.5010.12620.2134826201919900.9980.1398.6
2.45-2.5418.7460.1321.1836648198419550.9970.13498.5
2.54-2.6518.8630.10425.4835237189518680.9980.10698.6
2.65-2.7618.7920.08929.9233958182918070.9990.09298.8
2.76-2.918.8410.07135.8732595174617300.9990.07399.1
2.9-3.0618.7980.05844.2631524169116770.9990.0699.2
3.06-3.2418.9110.05249.31292171557154510.05399.2
3.24-3.4718.7810.04456.63276641480147310.04599.5
3.47-3.7415.3640.06265.321126138213750.9990.06499.5
3.74-4.118.2960.04467.68229061273125210.04598.4
4.1-4.5818.4780.0384.9216011172116910.03199.7
4.58-5.2918.6260.0385.3191291027102710.031100
5.29-6.4818.5270.03180.141604486686610.032100
6.48-9.1718.040.02979.171221367867710.0399.9
9.17-48.68316.5370.02595.06649939639310.02699.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B4P

6b4p


解像度: 2.05→48.683 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 1965 6.28 %
Rwork0.2134 --
obs0.2162 31308 97.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.9 Å2 / Biso mean: 29.2184 Å2 / Biso min: 1.39 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→48.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3600 0 228 388 4216
Biso mean--23.63 34.29 -
残基数----468
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.05-2.10120.28691180.23252095221396
2.1012-2.1580.31451350.2682091222697
2.158-2.22160.50951460.34841976212293
2.2216-2.29330.54551300.48681991212194
2.2933-2.37520.45151260.3371905203188
2.3752-2.47030.26021420.23332093223598
2.4703-2.58270.27511370.20952106224399
2.5827-2.71890.24711410.20472162230399
2.7189-2.88920.26451290.20632120224999
2.8892-3.11230.27081550.21092137229299
3.1123-3.42540.23051530.19222130228399
3.4254-3.92090.24631510.174621522303100
3.9209-4.93910.15121480.13122159230799
4.9391-48.69650.14551540.143322262380100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7516-1.0108-0.39746.2195-2.60481.64740.0903-0.4846-0.01991.2595-0.2846-0.27270.15820.1649-0.04170.2816-0.0479-0.03660.20310.11440.16685.9785-8.36816.5601
26.1039-0.76921.5316.7178-0.48432.9262-0.0091-0.51740.33910.5456-0.0051-0.3882-0.41040.03430.03530.2749-0.0202-0.05730.2116-0.0210.11034.7121.31716.6633
33.19811.61192.82353.04320.77832.67960.0422-0.98030.46330.74360.07680.4733-0.1604-0.52440.04570.29890.07890.11450.4349-0.05430.3371-10.6860.705616.1803
41.0539-0.0998-0.17650.42150.03680.03020.03380.00040.16560.1094-0.01320.0157-0.0223-0.0043-0.21230.1108-0.014-0.00540.05590.04910.2698-1.60054.34874.42
51.8541-1.33980.58351.0991-0.24520.41860.04840.13330.4804-0.1075-0.0569-0.1819-0.07510.08120.05340.083-0.0150.04240.09210.0340.30527.00066.2708-0.2463
61.6653-0.635-1.52522.55490.54211.4862-0.15560.3332-0.0831-0.12940.16810.4701-0.0032-0.3095-0.03750.0747-0.0049-0.00510.26160.11390.2243-7.4385-0.20481.5778
71.72191.35631.32331.6993-0.01732.8040.0149-0.14780.03210.0635-0.00980.1945-0.0437-0.28190.0030.0905-0.01440.00270.06370.02150.2491-0.8047-1.550311.2727
85.9257-0.12480.03821.5098-0.63557.70910.09720.4990.0409-0.0848-0.18350.0014-0.05680.25190.10060.1154-0.0116-0.02690.0735-0.01330.17248.1651-8.0746-2.1036
91.104-0.7021-0.40590.45370.33020.91640.0446-0.02850.31220.02380.00830.0501-0.0959-0.2562-0.04170.06850.01580.00960.14190.01270.3465-1.97543.72448.7819
103.3238-1.51852.17935.7844-0.55671.88160.09410.6115-0.6174-0.6887-0.2208-0.09980.96610.1618-0.18970.28070.01820.07560.2021-0.11640.311118.0961-15.19892.0277
112.17260.71071.86986.7586-0.27273.80950.17310.9383-0.1383-0.5656-0.36590.0216-0.4183-0.17810.05820.22530.07260.03250.2941-0.04750.160524.647-8.2887-1.524
123.2636-0.60690.64781.5322-0.70851.4366-0.0040.099-0.1305-0.3388-0.2194-0.310.30810.25490.05630.1230.04470.09570.15240.06750.297431.5949-5.47797.8538
130.33350.5104-0.33691.23970.39263.07310.0618-0.2134-0.33450.1791-0.0662-0.41790.20370.47020.15220.14380.02750.02760.18030.10180.317735.0924-10.234514.4519
142.3905-0.1890.69971.9922-0.05361.6320.0220.1438-0.1948-0.0889-0.1333-0.06570.26160.09160.04090.13750.02390.03090.04730.01940.171225.6861-8.981310.3058
156.1867-1.43031.64215.22151.35693.0280.2753-0.7253-0.10260.6478-0.4543-0.102-0.016-0.16450.1530.3461-0.12950.0080.1972-0.00540.212529.2885-3.468649.6066
160.37431.27030.53344.61132.52532.4486-0.0733-0.50170.5250.1714-0.44110.99070.0096-0.85570.51250.2669-0.07990.09270.3464-0.16990.404718.80495.063745.4133
171.2974-0.3692-0.23021.2013-0.60891.98680.00030.1560.4949-0.115-0.09530.0556-0.299-0.03460.05290.2551-0.0198-0.04830.0850.00580.233527.21416.235232.3697
184.698-0.76160.73563.30550.83822.06150.0650.0880.19210.068-0.20960.0926-0.0213-0.11730.12210.2084-0.0154-0.02740.04950.00430.131228.58090.696737.877
192.8623-0.4541.52021.90191.51162.486-0.40390.4801-0.6102-1.23760.19450.30750.7173-0.04260.00280.5683-0.12660.05940.2856-0.15510.4649-4.9261-10.3845-32.391
206.33910.69050.36024.73-0.99899.0634-0.3170.8869-0.2559-0.2481-0.0932-0.71650.12611.12180.37480.43370.0610.10110.4071-0.0020.28478.943-8.3675-31.0286
211.9281-2.63540.44213.8177-0.52552.9776-0.20890.06350.4084-0.0017-0.095-0.2338-0.48170.71850.29830.3011-0.148-0.03290.30620.02140.22116.6531.0646-22.3665
221.5926-0.18490.71783.46571.2353.66-0.2947-0.02841.1571-0.1623-0.2563-0.2273-1.00930.46330.4250.4271-0.1242-0.06620.26250.03850.3240.61558.4458-22.5586
236.34290.62720.21657.19190.89323.88760.0454-0.0412-0.19010.13410.0336-0.23640.08360.4119-0.08670.1976-0.0555-0.02230.23910.06020.1556.1447-6.3372-18.8849
245.1116-0.8543-0.80952.54650.37633.4047-0.05230.3946-0.0713-0.16390.05080.13580.12270.33290.08620.1866-0.1043-0.01660.2341-0.02140.2032-0.962-5.0263-24.8673
258.327-0.9675-2.24762.63580.37944.2461-0.2675-0.24480.42290.04470.0949-0.1315-0.08520.35820.08310.252-0.0906-0.06030.18010.00820.17410.32350.1207-21.7313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 14 )A3 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 20 )A15 - 20
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 21 through 32 )A21 - 32
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 33 through 42 )A33 - 42
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 43 through 54 )A43 - 54
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 55 through 68 )A55 - 68
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 69 through 88 )A69 - 88
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 89 through 108 )A89 - 108
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 109 through 119 )A109 - 119
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 14 )B3 - 14
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 15 through 20 )B15 - 20
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 21 through 54 )B21 - 54
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 55 through 68 )B55 - 68
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 69 through 119 )B69 - 119
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 3 through 14 )C3 - 14
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 15 through 32 )C15 - 32
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 33 through 68 )C33 - 68
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 69 through 119 )C69 - 119
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 3 through 14 )D3 - 14
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 15 through 32 )D15 - 32
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 33 through 42 )D33 - 42
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 43 through 54 )D43 - 54
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 55 through 76 )D55 - 76
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 77 through 97 )D77 - 97
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 98 through 119 )D98 - 119

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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