+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6mjr | ||||||
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Title | Azurin 122W/124F/126Re | ||||||
Components | Azurin | ||||||
Keywords | ELECTRON TRANSPORT / Electron Hopping | ||||||
Function / homology | Function and homology information transition metal ion binding / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding / zinc ion binding / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.012 Å | ||||||
Authors | Takematsu, K. / Zalis, S. / Gray, H.B. / Vlcek, A. / Winkler, J.R. / Williamson, H. / Kaiser, J.T. / Heyda, J. / Hollas, D. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: ACS Cent Sci / Year: 2019 Title: Two Tryptophans Are Better Than One in Accelerating Electron Flow through a Protein. Authors: Takematsu, K. / Williamson, H.R. / Nikolovski, P. / Kaiser, J.T. / Sheng, Y. / Pospisil, P. / Towrie, M. / Heyda, J. / Hollas, D. / Zalis, S. / Gray, H.B. / Vlcek, A. / Winkler, J.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6mjr.cif.gz | 221.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6mjr.ent.gz | 186.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6mjr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6mjr_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6mjr_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 6mjr_validation.xml.gz | 27.4 KB | Display | |
Data in CIF | 6mjr_validation.cif.gz | 39.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/6mjr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/6mjr | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 14020.887 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: W48F, Y72F, H83Q, Y108F, K122W, T124F, T126H Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (bacteria) Strain: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 Gene: azu, PA4922 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P00282 #2: Chemical | ChemComp-CU / #3: Chemical | ChemComp-REQ / ( #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.59 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion / pH: 4.5 Details: 0.1 M NaOAc, 120 mM/150 mM Li2SO4, and 48.6% PEG 400/27.7% PEG 8000 at pH 4.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.5406 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 25, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5406 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.01→45.95 Å / Num. obs: 34806 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 21.54 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.089 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 98612 / Scaling rejects: 31 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.012→22.973 Å / FOM work R set: 0.8862 / SU ML: 0.17 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / Phase error: 17.75 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 91.22 Å2 / Biso mean: 26.97 Å2 / Biso min: 8.71 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.012→22.973 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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