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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mjk
タイトルCrystal Structure of dUTP pyrophosphatase protein, from Naegleria fowleri in complex with deoxyuridine
要素dUTP pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / dUTP pyrophosphatase protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE / PYROPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of dUTP pyrophosphatase protein, from Naegleria fowleri in complex with deoxyuridine
著者: Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2018年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年10月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: dUTP pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2985
ポリマ－16,8431
非ポリマー4554
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)74.230, 74.230, 74.230
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

MG

21A-359-

HOH

31A-413-

HOH

41A-431-

HOH

51A-439-

HOH

61A-461-

HOH

71A-463-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 dUTP pyrophosphatase / NafoA.01242.a.B1


分子量: 16843.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1Z0YU86
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUR / 2'-DEOXYURIDINE


分子量: 228.202 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12N2O5
#4: 化合物 ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE


分子量: 177.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H4O7P2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: JCSG+ C6: 40% PEG 300 + 100mM Sodium phosphate dibasic / sodium citrate pH 4.2:cryo:direct. PW37974 22.5mg/mL, 0.4+0.4, 6 mM dUTP + 6 mM MgCl2 puck xbp1-8, tray286723C6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月15日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→33.197 Å / Num. obs: 24498 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.992 % / Biso Wilson estimate: 21.781 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 46.35 / Num. measured all: 416266
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.45-1.4916.9770.4975.7918010.9590.512100
1.49-1.5316.8740.4157.2217370.9740.427100
1.53-1.5717.0050.3259.216980.9830.335100
1.57-1.6217.0710.251216680.9880.258100
1.62-1.6717.1590.19515.615860.9940.201100
1.67-1.7317.1480.15719.4815430.9960.162100
1.73-1.817.2220.12524.5115010.9970.129100
1.8-1.8717.2040.09432.5114440.9990.096100
1.87-1.9617.1070.07539.813970.9990.077100
1.96-2.0517.2280.05850.4413020.9990.06100
2.05-2.1617.2140.04859.89126510.049100
2.16-2.2917.0170.04169.57120710.042100
2.29-2.4517.10.03676.56111910.037100
2.45-2.6516.8590.03383.9105910.034100
2.65-2.917.10.02796.8897110.028100
2.9-3.2417.0470.022109.3988710.023100
3.24-3.7416.8950.019124.4178910.019100
3.74-4.5916.7360.016130.7567010.017100
4.59-6.4816.1140.017128.9453310.018100
6.48-33.19713.0030.0211632110.02199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc2_3191: ???)精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OOP

4oop


解像度: 1.45→33.197 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1698 2039 8.33 %
Rwork0.1339 --
obs0.1369 24472 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→33.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 0 27 166 1275
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7831652
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.627461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081186
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004233
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4499-1.48370.18271290.12961510X-RAY DIFFRACTION100
1.4837-1.52080.16911230.12521476X-RAY DIFFRACTION100
1.5208-1.56190.20191510.1191469X-RAY DIFFRACTION100
1.5619-1.60780.17221460.121455X-RAY DIFFRACTION100
1.6078-1.65970.18751500.11741467X-RAY DIFFRACTION100
1.6597-1.7190.18271290.11541496X-RAY DIFFRACTION100
1.719-1.78790.17471300.11961471X-RAY DIFFRACTION100
1.7879-1.86920.15191020.12371515X-RAY DIFFRACTION100
1.8692-1.96780.1691270.12421494X-RAY DIFFRACTION100
1.9678-2.0910.15761430.1261485X-RAY DIFFRACTION100
2.091-2.25250.16651400.1281489X-RAY DIFFRACTION100
2.2525-2.47910.17881530.13651500X-RAY DIFFRACTION100
2.4791-2.83760.16021460.1491493X-RAY DIFFRACTION100
2.8376-3.57440.16971390.14291518X-RAY DIFFRACTION100
3.5744-33.20540.16831310.14111595X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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